“杰克哥哥，這是一份錄像，是我特意保存留給你的，你按一下那個桌子旁邊的紅色按鈕就能夠看了，雖然很多人都說你已經死在和新人類的最后一場決戰之中，但是百靈我相信，你一定會活下來，并且終有一天，會來見我的，可惜的是我每天都在期盼你的回歸，直道480年后，我的生命即將結束，我已經確定自己沒有福氣等到能親自見你的那一天了，我好想你，杰克哥哥，好想再回到杰克哥哥的懷抱，并且讓你親吻我的面頰。”全息圖像在主控室內，微笑的講道，并且用手指給杰克指了指身旁控制桌上的一個紅色的按鈕。杰克聽著小百靈的話，感覺內心酸酸的不是滋味，自己沉睡的三千年，看來可害苦了自己的女伴們，現在杰克唯一知道的就是小百靈的消息，一個可愛的小女孩，在苦等了自己將近五百年后，直道死亡，也沒有等到自己這個不稱職的哥哥回去見她最后一面。
并且這個當年可愛的小女孩，為了給自己留下一份信息，居然和小啞一同建設了這個基地，放著她自己的全息圖像，來等待自己。杰克帶著沉重的心情，按下了紅色的按鈕。瞬間，整個實驗室內，變成了原本暗黑家族的房間內的圖像，而自己的幾位女伴，連同老婆先后出現在其中，暗菲利絲，林達，楓思思，小百靈，戴利，小啞，珍妮，木靈，慕容雪等人，每一位都在這個全息圖制造的空間內出現，并且給自己留下了一句又一句的祝福和情感的話語。“杰克，我愛你，我會等你一生。”“杰，快回來吧。”
“杰克，再不回來，我可就要生氣了。”“杰克我們過得都很好，如果有一天你看到了這些，不用去傷感……”
杰克看著幾位女友的給自己的留言，在明知道自己可能已經死亡的情況下，她們居然還苦苦的等候著自己。
杰克感動的流下了眼淚。在暗黑家族內的全息圖像逐漸消失，隨后是由小百靈講述的三千年前，宇宙局勢的改變和發生的重大事情：
在新人類和人類聯盟，最后一戰結束后，也就是杰克自己消失那天開始，小啞以強悍的人造人軍隊，本著和人類共同生活的意愿，和三大帝國政府簽署了人造人，人類生存條約。隨后，雖然三大帝國，人類聯盟中，有很多人對人類和人造人平等生存的條約抱著不滿的情緒，但是因為面對新人類一戰，各方勢力都損傷極大，現在的三大帝國，根本就沒有一方，膽敢挑戰小啞的在新人類決戰中，展現出強大實力的人造人軍團，而三大帝國的人民，也得到了短暫的和平。小啞的人造人軍團，和暗黑家族剩余的軍隊，在穩定了內亂之后，開始在浩瀚的宇宙中尋找杰克救生艙的蹤跡。
但是奈何，外太空宇宙實在是太過寬廣，并且杰克當年登上的救生艙的求救信號發射器，在撤出戰艦爆炸的一瞬間已經損壞，根本一點線索沒有留給其他人。但是搜索部隊，并沒有因此放棄，反而逐漸的增添前來搜索杰克救生艙戰艦的數目。可是新人類戰爭后的第4年間，這個搜索被打斷了，造成了完全失去找回杰克哥哥你蹤跡的災難。黑龍帝國，外太空，在第四年初的一個夜晚，在邊境星系，突然出現了一個巨大的空間裂痕。
并且周圍的宇宙磁場的方向全部錯亂。當黑龍帝國派探測艦前往后，開始意識到這個裂痕內部所存在的危機的恐怖。這個裂痕，經過學者鑒定，是一個通往另一個遙遠宇宙不明地點的，在宇宙氣流和磁場長期壓迫中產生的空間門。而那個宇宙內，經過探測艦的記錄，發現內部存在的，是完全和人類種族不想同的，擁有殘暴的外形野獸，體型從人體那么小，到行星那么巨大的都存在，并且數量初步估計可以以億來計算的外星野獸。
得知了這點的黑龍帝國，立刻向小啞的人造人軍團和其他帝國要求增援，并且向整個宇宙展示了這個信息。隨后，面對這個強大的威脅，搜說杰克哥哥你的事情，不得不暫時放下，開始集結全軍，去空間裂痕點，抵御龐大數量的外 太空野獸的進攻，還好這些野獸們雖然數量龐大，但是沒有太高的智慧，面對人類集結著數百萬的戰艦的集體主炮的攻擊之下，幾乎沒有幸存。這個對外星生物的戰役，一直持續了三十年之久，直到小啞研制成功了空間裂痕封閉炸彈，完全封閉了對這些外太空野獸空間連接點的通道，才宣告結束。隨后三大帝國再次進入休整階段，再次啟動尋找杰克哥哥你的計劃，可是經過三十年的間隔，再想找到你已經很困難了。
杰克哥哥，聽說新人類的政府在當年大戰后的 第一百二十年后，曾經聯系到過小啞，并且當時新人類政府的執政人，對小啞說他們就是你的父母，并且開始派兵幫助小啞，來尋找你的救生艙，是不是真實的消息，這點小啞和我就不能確定了，一切等你自己未來蘇醒后在去巡查好了。對了杰克哥哥，還有一點忘記告訴你了，這個基地內部，按照我的遺愿，應該保存著一個我的學生的學生的學生的身體，我當年為了暫時抵消對你的想念之情，開始研究基因科技，并且從采集來的外太空野獸標本基因中，得到了些突破，有了制造人類最終兵器少女的想法。可是這個想法和設計量實在是太過復雜，就是我終期一生，也不可能完成。于是我就收了幾個小女孩當我的接班人，并且叮囑她們，要一代一代，堅持研制這個最終兵器少女，并且在研究成功后，使自己陷入沉睡，以便未來，這個最終兵器少女的制造者能夠幫組到你，組建新的生化人勢力軍團。
杰克哥哥，這個最終兵器少女是百靈我送給哥哥的最后一個禮物，希望他能幫組哥哥你在你蘇醒后的世界中，安全的生活下去，未來如果有一天你還活著，身邊卻沒有一艘戰艦保護你，那你一定會很郁悶的。杰克聽著小百靈虛擬圖像的講解和觀看著播放的戰爭錄像，感覺一切就像一場漫長的電影，原來自己被冰封后發生了那么多的事情，外太空野獸的進攻，還有新人類方面的統治者，居然聲稱是自己的父母。這些等到有機會，自己一定要去新人了的生物星系去調查一番。伴著小啞全息圖像的結束，主控制室內的，沉睡在液體中的小女孩的玻璃罩開啟。
一個20多歲的小女孩，光著身體，摔在杰克的懷里。“小妹妹，你沒事吧”杰克搖晃著懷里的小女孩的身體，并且脫下外套，給她披上。要是換作平時，杰克一定會先占些這個漂亮的小女孩一些便宜，先模摸再說。可是今天的杰克，在剛剛見到小百靈的虛擬圖像后，得知小百靈已經離開人世這個悲痛的消息，并且腦中一時間，就灌輸了三千年的發生的數件驚人的事件。現在杰克的心，已經亂的沒有再去和懷里這個長得還不錯的少女的想法，而給她披一件衣服，是因為這個少女是小百靈送給自己的最后禮物的緣故多些。
少女逐漸蘇醒。“杰克，你就是杰克前輩吧，我在百靈師祖那里看過你的照片。”小女孩剛說了一句話，就兩眼一翻，再次昏倒。這個吧杰克嚇了一跳，要是小百靈心心苦苦送自己的禮物，上來就讓自己弄死了可就完了。還好腦中的凱特發現，這個剛剛蘇醒的小女孩是強度的營養不良的緣故，并且身體素質，適應不了剛剛蘇醒的環境。
杰克立刻按照凱特的指示，給這個小女孩注射了數個營養液，并且把她抱回了自己的機甲之內，從主控室內下載取出了些有用的信息后，開始返航。在回歸的路途中的知，這個小女孩名字叫做雅絲尼，她已經完成了最終兵器少女的試驗，并且把按照當年祖師的遺愿，把自己沉睡在這個基地，等待著杰克的到來。而現在外部流傳的最終兵器，很有可能是她的那個不成材的師姐，后來的弟子制造出來的偽劣品。杰克立刻修改戰艦和機甲上的記錄程序，給這個叫雅絲尼的少女隱藏一個虛假的身份，就寫在外太空遇到，并且從機器人手中救就出來的，正在逃離機器人追捕部隊的，生活在機器人統治下的奴隸人類中的一員。