新東京市的本部中。
碇源堂收到了來自松代的消息，冬月耕造在一旁匯報道：
“三號機被第十三使徒寄生，里面的駕駛員生死未卜。碇，麻煩事來了呢。”
“真嗣回來了嗎？”他冷靜地問。
“已經在安排專機回來了。”
“二號機的駕駛員……”碇源堂似乎想到了什么，他頓了頓說：“給初號機加裝上傀儡系統。”
上次的機體互換實驗中雖然出了事故，但大體上還算是成功的，至少驗證了克隆人駕駛機體的可行性。給初號機加裝傀儡系統，只是為了某種保障罷了。如果初號機的駕駛員心慈手軟的話……碇源堂的眼神冷冽下來，正是考慮到這種可能性，他才會臨時加裝上傀儡系統。
從松代到東京的路程不遠。
在專機的護送下，一行人很快就返回了地下都市。
此時的指揮室里，碇源堂正端坐在高臺上，一旁冬月副司令側立著，難得見兩個司令都到齊，平常就算有使徒來襲，也不見他們兩個的身影，責任全交到葛城美里和赤木律子的身上。碇真嗣有時覺得自己這個父親說不定只是個吉祥物，像是什么點心店前擺著的攬客玩偶。
在他想這些有的沒的時，赤木律子朝那邊看了看，也沒說什么，而是開始嘗試救出明日香的方法。
“發出信號，強制彈出三號機的駕駛艙。”
在松代的時候。
三號機一下子就跑得沒影了。
赤木律子打算讓東京這邊給三號機發出信號，看能不能先把駕駛艙弄出來，首先要保證明日香的安全才行。至于使徒，在她心中重要性反而不大，反而到最后也會被真嗣的初號機打倒。
“信號指令無法識別，彈出失敗。”
“駕駛員呢？”赤木律子沉聲問道。
“雖然還能偵測到里面駕駛員的呼吸和心跳，但恐怕……”
這可麻煩了。
連一旁的葛城美里都為此皺起了眉頭，明日香還在三號機體內，投鼠忌器之下，很多作戰計劃都無法實施，現在使徒寄生的三號機已經離東京很近了，需要盡快想出辦法，不然就要在城區開戰了。
但這時卻有人忽然說：
“從現在開始，完全放棄eva三號機，識別為第十三使徒，將其完全摧毀。”是碇司令，他直接下達了命令，“初號機和零號機出擊，消滅掉使徒。”
碇真嗣沒有動彈。
旁邊的綾波麗本來下意識地想動身，但瞥見他的反應后，女孩的腳步便偷偷停了下來。碇真嗣看了葛城美里一眼，但美里小姐似乎還沉浸在碇源堂剛剛的命令中，這位女少校難得發問道：
“碇司令，這……”
碇源堂聽見這個下屬的發問，莫名有些不爽。
怎么回事？
他才是司令啊！為什么駕駛員們只聽葛城這個作戰部部長的命令？難道說在他不知道的時候，NERV的司令和副司令已經變成葛城美里和赤木律子了嗎？這個中年男人不得不將話再次重復一遍，
“沒聽到嗎？我說出擊，把使徒完全消滅掉。”
葛城美里看起來似乎還想說些什么，碇源堂感覺自己的耐心正在快速消失，而就在這時候，有人越俎代庖地發號施令道：
“能解除三號機和明日香的神經連接么？”
“不行，還是無法切斷。”
工作人員下意識地照做，屏幕上各項數據亮起，隨后才意識到這命令來自初號機的駕駛員碇真嗣，而非高臺上的碇司令。工作人員悄悄地看了一眼碇司令的臉色，見他面沉似水，心里不禁咯噔一聲。
不好！
我這是被卷進本部的權力漩渦了嗎？要選哪邊站？是不是應該提前去買個保險？啊不對早就買過了啊，第一只使徒入侵東京市那天就買了。工作人員不禁松了口氣。
其他同事就沒有他聯想力這么豐富了。
整個指揮室的氣氛頓時壓抑起來。
“就這么出擊的話，里面的明日香怎么辦？”碇真嗣主動挑破這個令人糾結的問題。
“那也沒辦法了。”
父子兩人再一次地對視。
碇真嗣的眼神極為平靜，但卻隱隱燃燒著怒火，高臺上的碇源堂淡然地望著他。之前在幫霧島真名的時候，碇真嗣還在感慨那導彈連同那臺機器人的駕駛員一起消滅，沒想到馬上輪到自己做類似的抉擇，人生還真是無常，他繼續開口說：
“不需要完全消滅，我會把明日香救出來的。”
“要是做不到呢？”
“我能做到。”碇真嗣又重復了一遍，“我一定會做到。”
“你……”
“你說沒辦法了不是嗎？”
在碇司令說話前碇真嗣就打斷了他，但高臺上的中年人沒有什么被打斷說話的惱怒感，只是就這么凝視著他，你有這個自信嗎？你能確保新東京市不會受到使徒的威脅嗎？你拿什么來保證？碇源堂什么也沒說，只是注視著這個兒子的眼睛。
“我去了。”
碇真嗣說。
兩人沒有再賭氣下去。
因為這種時候就不應該繼續賭氣，碇真嗣自認為不是任性的人，說一聲如果你不答應XXX我就不駕駛了當然輕松，但他不是撂挑子不干的人。況且沒了初號機的話，還怎么救出明日香和消滅使徒？在他動身之后，縮在旁邊試圖降低存在感的綾波麗也終于行動起來，她小心翼翼地看了眼指揮室，然后把目光又投向自己喜歡的這個男孩。
兩人前往更衣室的方向，要在那里面換上作戰服。
只是這一次沒有明日香一起并肩作戰了。
指揮室里陷入長久的死寂。
工作人員們連大氣也不敢喘一下。呼，還好，只是家庭倫理劇，還沒到權力斗爭那一步。真是不幸中的萬幸啊。這就是城門失火殃及池魚嗎？要是現在在指揮室里大聲說句話，會不會明天就因為左腳邁進本部而被司令開除？
“做好初號機和零號機的迎戰準備。”
良久后還是赤木律子打破了氣氛的僵局。
指揮室里的工作人員們終于敢開口說話了，不過都是輕聲匯報數據，生怕驚擾了在高臺上似乎在假寐著的碇司令。
機庫中。
初號機和零號機正在被運送往地面。
到達地面后，它們將被專用運輸機拉到第十三使徒的前進路線上，碇真嗣此時就在駕駛艙內，思考著該如何作戰。雖然是夸下海口了，但他對于作戰也只是隱隱約約有個想法罷了。明日香的駕駛艙還在被寄生的三號機體內，相當于是要從恐怖分子的手中救下無辜的人質。
這又不是美式救援。
況且還有個相當重要的問題。
三號機是在和明日香的啟動同步實驗中，被使徒寄生的。
神經連接切不斷的話，也就是說，對第十三使徒造成的傷害，里面的明日香很可能也會同步感覺到。而有一個不知道是好是壞的消息是，明日香和三號機的同步率應該不會很高……要是能再低點就好了。
碇真嗣心里忽然升起這樣的想法。
如果要強的明日香知道了的話，肯定會對他生氣的吧。但要是同步率高到像他這種程度的話，碇真嗣不知道自己還能不能忍心下手。這個德國大小姐也不知道有沒有體驗過那樣的疼痛，嗯，某種生理期的疼痛可不算。
明日香……痛就痛點吧，總比死掉好。
“我會去醫院探望你的。”
碇真嗣先雙手合十地在心里給她道歉了，執行部曾經向他們這批實習學員強調過，龍化后的混血種就不再是人類這一方，他過去也親眼見證過一些這方面的事情，和現在這副場景是何等的相似，唯一的不同就是人質還有救出來的希望。他或許內心會感慨，但絕不至于下不去手。
初號機這時已經能在天空中看見遠處正走過來的黑色機體了。當然，這里并不是預設的戰場——附近沒有武裝大樓，自然也沒有機體供電電纜。
等使徒進入預設戰場時，已經是十幾分鐘后的事情了。
初號機和零號機擋在它的面前。
又是黃昏之時。
火燒云將天空染成一片血紅。
一般的作戰時，都是由初號機或者二號機作為主攻手。零號機身為一臺原型機，明日香話糙理不糙，零號機不太適合正面戰斗是真的，所以一直以來都是打輔助位。此時二號機因為缺少駕駛員無法出戰，主攻的位置自然是碇真嗣的。
他觀察著這臺黑色機體駕駛艙的位置。
總之，這次的任務就是在不嚴重傷害到明日香的情況下，將使徒消滅掉，而且任何攻擊都需要避開駕駛艙的位置。
他能做到嗎？
“——初號機，出擊！”
碇真嗣在心里說了一句，為自己加油。
第十三使徒追尋著第一使徒亞當的目光投向這邊，它似乎意識到了眼前的兩臺機體會阻止自己，忽地停下了腳步。幾乎是同一時間，初號機和零號機端起了突擊步槍，瞄準了這寄生了三號機的使徒，打算先行以遠程攻擊讓它露出破綻。
使徒還沒展示過AT力場呢。
戰斗一觸即發。
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