停放二號機原型機的機房中，實驗室中大量的電子屏上顯示著測試者的各項身體數據。而明日香在所有的克隆體制中，擁有著最好的身體素質。即便沒有受過系統性的訓練，身體素質也如同是久經訓練的戰士一般。隰 這是解開了基因鎖之后，體內的基因對自身的身體進行了自行調整。不光是身體素質，包括身材和容貌也都會進行優化，如果能夠進行對比的話就會發現兩次輪回之中。碇真嗣和明日香都比上一次輪回稍微好看了一些。
這種優秀的身體素質在同齡人之中，可以說是獨一無二的，但光是有這一點是不夠的，真正能否駕駛二號機，最重要的還是取決于與二號機之間的同步率。
雖然訓練可以將同步率提升少許，但這東西更多的是取決于天生，天生的同步率如果不夠高的話，就算再怎么訓練，也難以成為一名合格的駕駛員。
而隨著同步的開始，明日香與二號機之間的同步率起初相當之低，幾乎是無法同步的狀態，通常情況下，只有內心比較封閉的孩子，才會和機體有比較高的同步率。
但隨著神經連接的深度加深，二號機與明日香的精神開始有了較為緊密的連接和碰撞，這讓明日香下意識感到了危險，與此同時，一直以來都沉寂著的基因鎖這個時候卻突然爆發了出來。
隨著基因鎖裂開一道縫隙，明日香的潛力被部分的開發了出來，與此同時，原本一直維持在百分之十以下的同步率飛快標準，只是眨眼間就突破了一半，緊接著直奔百分之九十而去，這是經過了專業的訓練之后都難以達到的同步率，直逼百分之百。
同時只是一個血肉骨架的二號機，竟然緩緩的動了起來，眼看竟然要從固定它的架子上掙脫下來。隰 “不好！同步率過高，快斷開連接。”
負責監控連接深度的工作人員滿頭冷汗：“不行，斷開失敗，無法執行緊急協議，駕駛員有著強烈敵意，我們對她內心的窺探似乎被他當成了一種攻擊！”
“那就快點啟用備用預案！釋放液氮，將機體冰凍。”站在最高處的實驗負責人當機立斷，下達了緊急措施的命令。
與此同時，二號機所在的房間之中大量液氮噴射出來。這些用奇怪生物的血肉制造的機甲本身就擁有著失控的危險，因此在實驗設施之中，時刻都有保護措施。
第三新東京市的保護措施是堅固的合金防御墻壁，即便是失控的零號機，瘋狂的對墻壁進行攻擊，也無法打破。而德國的實驗基地采用的就是大量的液氮。效果更加顯著。
在超低溫之下，分子熱運動的強度降低到了一個極低的程度，二號機就算是想要發起攻擊，身體也被徹底凍住，無法移動。
隨后明日相與二號機之間的連接被物理切斷，現在的明日香還不至于做到那種站在機甲之外都能夠遠程控制的程度，因此物理連接切斷之后，二號機很快就平靜了下來。隰 在緊急情況處理完畢之后，所有人都是驚喜的看著有些迷茫的從駕駛艙中爬出來的明日香，沒有經過訓練就可以將同步率提升到這種程度，甚至是在沒有穿戴作戰服的情況下，就完成了對二號機的啟動和駕駛，這簡直就是天生的駕駛員。
和她相比，就算是明日香的本體也不算什么了，于是明日香順利的成為了二號機的第一適格者，而隨后的訓練更是給在場的科學家們一個巨大的驚喜。
明日香展現出來的不只是極高的同步率，同時還對各種戰斗技巧一學就會，雖然還是一個小學生的模樣，但就算是成年人在她面前，也走不過幾招就會被制服。
而隨著更多的訓練，明日香原本就非常優秀的身體素質，也在這個過程中變得更加優秀，全方位的素質都不遜色于該領域中最優秀的運動員。
在對戰模擬的測試之中，打敗了難度最高的人工智能，更是沒有任何人能夠在模擬測試之中，和她的對戰之中取得勝利。
所有人都相信明日香將成為最優秀的駕駛員，至于與此同時，初號機的駕駛員這邊……
碇唯親自與初號機進行同步實驗，而在實驗的過程中，意外發生，碇唯的同步率驟然提高到了百分之四百，實驗室之中全都是一片紅色的警報。隰 但這個時候就算是停止實驗也做不到了，工作人員緊急彈出了插入栓，可將插入栓打開之后，里面空空如也，碇唯已經徹徹底底的融入到了初號機之中，靈魂成為了初號機的一部分。
年幼的碇真嗣雖然在基地之中生活，但卻并沒有目睹這一幕，只是他的直覺已經強到了一定程度，本能的預感到今天會有不好的事情發生，憑借自己的記憶，很快就找到了實驗室所在的位置，然后就看到他的父親臉上露出了前所未有陰沉的表情，那眼神不論是看向任何人，都會帶來恐懼。
碇真嗣平靜的看著那雙眼睛，同時也從中讀出了許多東西，他的母親在實驗的意外之中永遠的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母親是如何消失的，很可能就是因為這時受到的沖擊太大，導致了記憶失去。
但這次碇真嗣對每一個細節都記得一清二楚，在他的父親將他趕出去之前，就已經飛快掃了一遍實驗室中所有的屏幕，并且將實驗室中所有人的對話清晰的聽在耳朵中記下來。
而此時他已經是雙眼一片茫然的狀態，母親的消失父親的異樣表現對他的刺激終于讓他第一次解開了基因鎖。
解開基因鎖之后獲得的不只是戰斗本能，人的記憶力，理解能力，學習能力，都將提高到一個常人難以企及的地步，在這種狀態下，人類會全方位的變成超人，幾乎沒有任何弱項。
而這狀態也不只能用來戰斗，同樣可以用來記憶，碇真嗣記住了這房間中的一切，包括屏幕上的每一個圖像。桌面上的每一個文件，上面的每一個字符。隰 即便他現在還不認識所有字，還無法理解這一切，但卻已經將這一切牢牢的記在了腦子之中，當他能夠讀懂這些東西，并且理解他們的時候，他就能夠從回憶之中將細節翻找出來，搞清楚今天究竟發生了什么？
“出去！”嚴厲的呵斥聲響在他的耳邊，碇真嗣最后朝著實驗室的窗口看了一眼，那里停放著一臺紫色的巨大機體，身高遠遠超出常人的超級巨人，他看到了巨人也看到了巨人后頸位置的插入栓，努力的記住了每一個細節之后，碇真嗣才轉頭離開。
心中不好的預感，讓他迫切的想要了解自己之前所看到的一切，但很快他了解這一切的機會就消失了，碇源堂可不會有心思照顧孩子，碇真嗣也不適合獨自待在這樣一個機密區域，于是他被送出了第三新東京，被送到了一所寄宿制學校之中，在這所學校之中進行學習同時也受到監視和保護。
雖然離開了第三新東京市地下的特殊研究機構，但碇真嗣依舊牢牢的記住了那一天看到的一切：“父親一定有什么事情瞞著我，母親究竟去了哪里？那天究竟發生了什么？我要將這一切都搞清楚。”
而下定了決心，又解開了基因鎖的強者，行動力是非常夸張的，寄宿制學校的班主任驚愕的發現，新來的轉學生竟然是一個超級勤奮好學的家伙，只是小學二年級，就把整個小學全部的課程用了一周時間打包全都學完了。
而這也意味著碇真嗣基本掌握了讀寫能力，記憶中那些文件上面寫的內容他已經可以看懂，可惜他能看到的都只有文件中的第一頁，只能大致看出來，正在進行的是一場同步測試實驗，參與實驗的分別是他的母親和名為初號機的巨大機體。
除此之外，他能夠理解的還有一部分關于初號機的情報，那是人類為了對抗某種巨型生物而打造出來的巨型戰爭兵器，需要有駕駛員進行操控才可以參與到戰斗之中，而駕駛員對這種巨型兵器的操控效率，很大程度的就取決于同步率。隰 小學課程中的內容大概也只夠他看懂這些，那設備上復雜的圖表，眾多不斷變化著的參數都不是他現在的學識能夠解釋的。
于是碇真嗣開始搜集更多的書籍，分析那些圖表之中圖案所代表的意義。
而很快他就認出了里面一個相當具有標志性的圖案，那就是DNA的雙螺旋結構，測試同步率的顯示器上，就有這樣的圖案標志。
“不對勁，那臺巨大的機甲好像并不是機械體，不然的話，為什么要用這樣的標志？”
碇真嗣開始了查詢實驗室之中其他的標志，然后驚訝地發現其中除了一些基礎的物理符號之外，竟然還有許多神學方面的標志性圖案和文字。
“難道說神話是真實存在的？初號機和神話有什么關系？”這部分的理論是最難搞懂的，碇真嗣暫時將這些只能猜測的東西擱置在一邊，而是盡可能的理解實驗室之中其他設備上的圖像代表的意義。
而這就需要相當高深的知識了，即便是這個時代的大學之中，想要找到全部的相關知識恐怕也并不容易，好在雖然被送到了寄宿制學院，但因為碇源堂的關系，碇真嗣想要借閱各種書籍并沒有什么困難，老師和同學只是驚訝于班級里竟然多出了這樣一個超級天才。隰 而隨著一次又一次接觸遠超他這個年齡段應該接觸的知識，一次又一次短暫的開啟基因鎖輔助他的記憶，碇真嗣已經逐漸揭開了那天實驗室中的秘密。
甚至已經比那天實驗室中許多人都更加了解究竟發生了什么。
“那是一次實驗室，媽媽溶解了？就溶解在初號機里，我要將她救出來。”
碇源堂大概做夢也不會想到自己兒子竟然會誕生出這樣的念頭來，當然，就算是他知道了以這家伙的性格，復活碇唯的事情也絕對不會讓任何其他人插手，哪怕那個人是自己的兒子也是一樣。
想要救回自己母親的碇真嗣，卻一時之間陷入了迷茫之中，他發現現在的自己根本什么都做不到，就算能夠學習大量的知識，變得比大多數成年人還要博學的多。也不足以讓他一個小學生踏入第三新東京市的地下實驗基地。
學校門口的長椅上，碇真嗣迷茫的坐在那里，雙眼一片茫然，卻一時間想不出自己該如何深入地參與到有關初號機的實驗之中，他現在還是個孩子，就算是展現出再高的才能，也終究是難以被人信任的。
就在這時，一片陰影籠罩了他：“小子，想什么呢？”藍諾拍了拍他的肩膀，坐在了他身邊，世界重啟已經過去八年，碇真嗣的成長甚至有些出乎了藍諾們的預料，如今這個年紀的他已經掌握了大學本科的知識，而且不是一個科目的知識，而是生物學領域和機械學領域乃至是計算機科學領域的諸多科目的本科階段知識。隰 尋常人要學會這些東西，恐怕十年時間都未必夠，而碇真嗣只用了十個月，這里面固然有他解開基因鎖的功勞，但更重要的是他已經有了為之努力的目標。
“大叔不懂的。”碇真嗣搖搖頭，這么說并不是因為他自閉，重生之后的碇真嗣比起以往已經開朗了太多，他并沒有說出自己苦惱的事情，最大的原因是這些事情涉及到了許多機密，他自己知道沒有關系，告訴其他人很可能是害了對方。
“你不說出來怎么就知道我不懂？說說看，是不是想媽媽了？”
碇真嗣撓撓頭：“算是吧，不過恐怕很難再見到了。”
藍諾看了眼碇真嗣手中的照片，那是他一家三口的照片，此時看起來紙張都有些泛黃了。
“不用擔心，你們以后一定會有辦法見面的，我是這里的保安，以后遇到什么麻煩了都可以隨時來找我。”藍諾說話之間，已經伸手指了指旁邊的崗亭。雖說碇真嗣身邊其實有許多暗中跟隨的保鏢，但就算是全世界的保鏢加在一起，恐怕也沒有藍諾的保護力度強。