深水之中初號機身上的一身行頭。都是東拼西湊出來的，他身上使用的探照燈，甚至都是從墜毀的戰斗機上拆下來的，有多個戰斗機的探照燈組合而成。
至于說能源也不是由岸上與初號機相互連接的電纜提供，而是初號機本身提供了自身幾乎無窮無盡的能源，與其連接的電纜只用于信號傳輸。
紅色的海洋有一定程度的隔絕信號的能力，在底部執行任務，如果沒有這樣一根電纜連接的話，很可能徹底與岸邊失去聯系。
在初號機入水的同時，岸邊的巨大絞盤也在緩緩放出電纜，這不只是初號機和岸上通訊的線路，同樣是緊急撤離使用的線路，倘若初號機在水下遇到危險，電纜中的鋼筋，就會立刻繃緊，絞盤會在剛剛恢復的電力驅動的電機之下飛快轉動，將初號機從水里拉出來。
碇真嗣駕駛著初號機降落在水底之后，將探照燈的功率開到了最大，但也只能看清自己身前不遠的位置，紅色的海水能見度要比正常的海水低得多，他只能在一片黑暗的水底慢慢摸索。
“盡量將燈光照到更多地方，我們正在根據你探索的區域繪制地形圖，圖片正在由人工智能自動生成，我們需要你傳來盡可能清晰的照片，盡可能是多角度的照片來還原水下的全貌。”藍諾有條不紊的指揮著探索行動。
人工智能是他臨時編寫的，在這里絕大部分能力都能發揮出來的他，思維速度本身就已經不遜色于超級計算機，通過自己的人腦來編寫人工智能并不是什么困難的事情，無非就是輸入到計算設備之中的時候，稍微花費了一點時間。
如今幸存者營地使用的計算設備是從廢墟之中搶救出來的幾臺服務器搭建成的，計算力遠遠沒有超級計算機那么夸張。這也是需要三賢人系統的重要原因之一，由三個人格構成的人工智能，在藍諾看來也就一般，甚至顯得非常任性，遠不如他自己編寫出來的好用，真正珍貴的反而是計算設備的硬件。
藍諾肯定是不準備把一整個幸存者營地乃至是整個人類的命運，交給一個喜怒無常還戀愛腦的女人，三賢人系統使用的人工智能，分別是曾經的赤木直子的三個人格，正常情況下，處理大多數問題的時候，這三個人格都是靠譜的。
但一旦遇到了碇源堂，這個赤木直子曾經深愛過的渣男，三賢人系統就會變得非常不可靠，如果不是他沒有一個帶觸手的冰箱作為外設，多半會進化成史上數一數二的燒機。
相比之下，就算是藍諾們早期獲得的火焰女皇，都要比她更靠譜的多。
深水之下，初號機探照燈照耀的位置都是一片廢墟，在第三次沖擊發生之前，nerv總部就已經被人類政府的軍隊進攻了一遍。威力堪比核彈的超級炸彈，將他們的頂棚徹底炸爛，使徒都難以打穿的防御，在人類的攻擊面前卻是毫無反抗之力，隨后還有接連不斷的導彈從天而降，對這里進行覆蓋性轟炸。
就連基地最中心的大金字塔，此時也只剩下殘垣斷壁，初號機雖然巨大，但在大金字塔的廢墟面前，體積其實也只能算是一般，只能一點點的。將金字塔的碎片清理出來。
值得慶幸的是，這里是水下，水的浮力相當程度的抵消了重力，初號機并不需要耗費多大的力氣，就可以把破碎的建筑碎片一點點轉移。
“我找到了基地的入口，不過以我現在的體型是很難從這個入口進去的。”碇真嗣找到了基地正常的入口，但那里是讓人進入的，不是讓他這種巨大的機體進入的，如果從這個入口擠進去的話，絕對會把這里弄塌。
“繞到金字塔另一面，根據之前記錄到的圖片顯示，你們從地下彈射出擊，走的就是那邊的通道，那邊應該有直接通往基地深處的豎直甬道。”藍諾將坐標發給了碇真嗣。
隨后在他的視野之上就有一個紅點標注了他接下來要前進的方向。
“我想起來了！之前和雨天使對戰的時候，我們就被困在過那條通道中，那是所有使徒里面唯一一個可以用槍殺死的，我懷疑那一次就算我們三個不出擊，人類也可以依靠軍隊的力量將那個使徒殺死。”碇真嗣回憶起當初他在基地中的作戰，三位駕駛員如果不是受困于地形，在直上直下的通道之中被雨天使腐蝕性的眼淚襲擊，大概只需要一梭子子彈，就可以將這個最菜的使徒秒了。
根據視野之中的紅點，碇真嗣很快就找到了之前戰斗過的豎井，這里是EVA出擊所用的通道，因此使用的材料都是最為堅固的，即便是在導彈轟炸之中也沒有垮塌。
“這里面的路我認識！我想起來了，上次停電的時候就是從這里出來的，從這進去的話，我應該能夠找到三賢人系統的主機。”
碇真嗣像是攀巖運動員一樣，在通道之中攀爬，不斷的下降，有之前在這里面作戰的經驗，他對于這一切也算是輕車熟路，比較輕易的就找出了通往基地深處的道路。
藍諾看了一眼絞盤上所剩不多的鋼纜，對碇真嗣道：“接下來的行動之中，你可能要失去來自地面的支援了，我們的電纜所剩不多。
如今幸存者營地才剛剛建立，搜集到的電纜加起來也只有這么長，基地內部的地形復雜，恐怕過一會兒電纜就徹底不夠用了，那時候你必須要獨自完成任務，做好這個心理準備了嗎？”
碇真嗣點點頭：“放心吧，我已經記住進來的路了，就算是失去聯絡，我也能從下面離開的。”
隨著他的前進，他也發現，自己身后牽著的電纜的拉力越來越強，那是因為原本可以飄蕩在水中的電纜，因為長度不夠，已經逐漸被他拉直，自然也就導致拉力越來越強。
終于在走過幾個轉彎之后，電纜徹底無法繼續延伸，碇真嗣最后和地面進行了一次聯絡之后，拔掉了，插在初號機上的電纜，同時來自地面的情報支援也隨之斷掉，屏幕上出現了一堆雪花，雖然基地厚重的外殼和深水，隔絕了與外界的無線電波，他已經與地表失去聯系。
換做以往的話，碇真嗣可能會因此而感到恐懼，感到不知所措，甚至可能會被嚇得躲在角落，然后等到氧氣耗盡，維生系統無法繼續維持，等到初號機暴走，但現在他肯定不會了，失去了電纜的束縛，他的行動反而更加的順暢。
在探照燈所能夠帶來的有限的視野下，飛快的深入基地，很快就找到了之前的指揮大廳，他對這里還算是比較熟悉，當初也駕駛著初號機闖進來過一次。
那次是力天使入侵，碇真嗣駕駛初號機在千鈞一發之際撞碎了指揮大廳的墻壁，將力天使從指揮大廳中打了出去。
對于這段戰斗他的印象還是比較深刻的，在一次次和使徒的對戰之中，這也算得上是他的高光時刻了，單挑最強使徒，然后借用發射EVA的彈射裝置硬生生把兩個人送到地面，避免了進一步破壞。
在沒有其他兩位駕駛員支援的情況下，獨自面對力天使甚至是差一點戰而勝之，如果不是后來沒電了，他真的有可能靠著自己的力量將力天使的S2機關摧毀。
不過也是因為后來沒電了，力天使成了諸多使徒之中死的最慘的一個，被硬生生的吃掉了，現在初號機體內正在使用的S2機關，也正是力天使的那一個。
對那場戰斗印象深刻的碇真嗣，自然也清晰的記得指揮大廳內部的地形圖，事實上那場戰斗距離現在并沒有太久時間，指揮大廳的一側墻壁上還能夠看到臨時將大洞修補起來的預制板。
初號機輕松的將這層臨時補上去的墻壁拆開，在指揮大廳的下方，就是三賢人系統的主機，即便是已經被淹沒，指揮大廳的地面還閃爍著一陣陣微光，那是設備指示燈，作為人類最重要的堡壘之一，這里的防護是足以對抗核打擊的，即便是第三次沖擊，也沒能讓這里的設備停機。
初號機從自己的身上取下特質的大號改錐，開始對基地進行拆除，只要將指揮中心的艦橋拆除下來，就可以取出里面的主機了。
作為在這里生活學習了許久的駕駛員，他對于這片區域還算是比較熟悉，巨大的指揮中心艦橋。此時在他的眼中大小也不過就相當于車輛的引擎蓋，只要把幾個固定區域的螺栓撬開，就可以將里面的主機取出來了。
只是他并沒有注意到主機正在運轉，甚至還保留了對基地的相當程度的操控能力。
正常人也不會覺得，已經泡在水里的主機還能做些什么，能讓指示燈亮起來就已經相當夸張了。
與此同時，一個隱秘的空間之中，一塊塊石碑浮現出來，石碑上面是一張擁有七只眼睛的面具，蛇，以及蘋果，同時還有若隱若現的大腦圖案浮現在上面，不同的數字編號代表著不同的人，此時正在這片空間之中交流著。
他們正是新世紀福音戰士這個世界中最神秘的組織之一，seele！
一直以來這些人都在暗中掌控著人類，各國的政府內部都有他們的眼線和臥底，科技水平更是首屈一指，技術領先全人類的nerv，也只不過是他們推到前臺的特務機構罷了。
此時這些石碑正在閃爍之中交流。
“劇本出現了問題，這次又不是我們期待的結局。”
“那盡快進行重啟吧！”
“那孩子正在嘗試拯救這個世界，初號機被重新啟動了，這也不在劇本之中。”
“不必管他，繼續進行重啟，盡快派出量產機打撈莉莉絲遺體，亞當胚胎正在蘇醒，當他蘇醒后，人類就無法成為融合的主導者了，不要節外生枝。”
“但三賢人系統似乎正在作出反應。”
“那個瘋女人嗎？隨他去吧。”
完成了這一系列對話之后，石碑又重新暗淡了下去，仿佛什么都沒有發生一般，然而，在巨型綾波麗砸出的大坑之中，正有一只只禿鷲一般的量產機，在天空中盤旋，手持量產版的朗基努斯之槍，俯沖到海水之中，嘗試對莉莉絲的身體進行打撈。
藍諾已經觀測到了這一幕，不過并沒有打算出手，seele能夠在一次又一次重啟的過程中，將自己的記憶保留下來，那他們自然也可以找到辦法將記憶保留。
正好世界重啟也可以讓那些因為使徒而死去的人復活過來，未必就是一件壞事，阻止seele和這個世界其他的災難，完全可以在重啟之后進行。而且這剛好可以作為對碇真嗣的一場考驗……
nerv的指揮大廳之中，綠色的指示燈閃爍的越來越急促，緊接著指示燈竟然驟然轉化成了紅色，整個指揮大廳之中都亮起了醒目的紅色燈光，似乎是意味著即將有什么危險要發生。
碇真嗣也感到了極度不安，只覺得整個基地仿佛都對他充滿了惡意，此時他已經成功拆除了指揮大廳的外殼，面前那個直徑五六米的球體，就是系統的主機了。只要把這東西帶回地面，就算任務完成。
然而一聲聲爆炸和斷裂的聲音在他的耳邊響起，鋼筋斷裂摩擦的聲音接連不斷，指揮大廳的棚頂也開始扭曲起來，原本就已經只剩下殘垣斷壁的基地，這時候仿佛是要徹底崩潰掉了一般。
碇真嗣一把抱住主機，將上面連接的電纜全部扯了下來，隨后朝著房間的角落翻滾而去，不得不說，作為一個地震多發的國家，有關于遇到地震之后應該如何躲避的教育已經深入人心，碇真嗣下意識的就來到了房間的角落，在這里就算是棚頂塌下最多也就是將他困在這個角落之中，墻角的結構可以有效的保護他，然而他不理解的是，剛剛基地為什么突然啟動了自爆程序，那接連不斷的爆炸聲明顯不是正常現象。