五月初十，李自成在面對順軍大敗的結果后，只能在僅剩下的兩千多名騎兵保護下，一路疾馳撤回到了通州，而順軍其余的降臨也都損失慘重，李過是等到五月十一才撤回到通州，而劉宗敏因為傷重的緣故，一直到五月十二才撤回。
至于李自成的義子李雙喜則在突圍過程中身受重傷，最終選擇自刎而亡，而他麾下的將士們在圍困中獎劉宗敏送出了包圍，然后便反身沖回了敵陣，擋住了清軍進攻的道路。
當李自成撤回到通州的時候，點驗剩下的軍隊時，卻不由得吐了一口老血——出征的六萬老營將士，回到通州的只剩下不到兩萬人，且人人身上帶傷，混亂疲憊，再無絲毫可戰之力。
這一次跟先前攻京城時不同，這一次死得都是老營將士，而當時圍攻京城，老營將士也只是傷亡了數千人而已，即便加上追擊騎兵的傷亡，滿打滿算也才四五千人的樣子，只能說傷及皮毛，而這一次卻是徹徹底底的傷筋動骨。
更關鍵的是，清軍已經開始朝著京城的方向進發，最遲到五月十五的樣子就會攻到通州，到時候只怕全軍覆沒也近在眼前，因此李自成駐下以后，不顧疲憊萬分，立即給牛金星送去密諭命他火速準備守城作戰。
接下來李自成命令李過整頓兵馬，收容潰散的士卒，并且安排了五百騎兵護送劉宗敏、劉體純等人先行動身會京城，至于通州城的防務，李自成安排養子英侯張鼐據城而守，給他留下了五千士卒，為京師的大順撤退預留下時間。
至此之后，李自成便開始動身返回京師，他讓蘄侯谷可成率領一千騎兵在前面開路，然后安排中軍主力大軍護送傷兵，最后讓李過率領三千騎兵斷后，大軍雖然軍紀依然嚴整，可是人人身上帶傷，面色更是難看無比。
等到進了京城之后，李自成仍然是出京時的裝束，身邊還放著一柄黃傘，只是此時的李自成面色黧黑，滿臉塵垢，而座下的烏龍駒顯然連日過分疲勞，瘦骨棱棱，毛色看上去也黯淡無光。
而此時負責留守牛金星也沒有想到順軍竟然敗得這么快這么慘，他雖然已經大致知道了交戰經過，可是依然不敢相信大順軍竟然不是清軍的對手。
“陛下，眼下臣已經安排人彈壓地面，絕不容許京城人心騷亂，只是那些明廷降臣似乎看出了一些問題，他們這幾日一直在密謀串聯，似乎有些陰謀舉動......”
李自成頓時冷哼一聲，他知道那些墻頭草們靠不住，當下臉上殺氣四溢，道：“朕早就知道，像這樣心懷二心之臣根本靠不住，所幸汝侯已經拷掠了一遍，你待會下去挑幾個跳得歡的殺了，好好震懾一下這些人！”
“是，陛下。”
李自成微微沉默，還沒等他繼續說話的時候，宋獻策、李巖等人也都到了，他們先是急急忙忙向李自成行禮，繼而宋獻策便急聲道：“適才得到探報，東虜大軍已經抵達通州，正在猛攻通州，只怕最遲后天就會抵達京城，如今或走或守，今日必須決定……”
聽到這番話后，李自成輕輕嘆了一口氣，自從在京師登基當了皇帝之后，這段日子堪稱是他人生中最為美好也最為志得意滿的時間，可是這才過了沒多久，他就不得不倉皇逃離京師，實在讓他多有不甘。
可即便再不甘心，李自成也不得不接受這樣的結果，畢竟薊州一戰已經完全使得李自成從心底認清了當下的局勢。
五月十四，軍情更加緊急，英侯張鼐已經傳遞了消息，通州已經堅守不住，因此李自成不斷地在武英殿分別召見重要將領，面授機宜。宋獻策、李巖一直留在他的身邊，隨時商議大計。
李巖在這個時候獻上了自己的建議，他認為眼下直隸肯定保不住，可以先東守固關，北守大同，保護全晉，如果全晉不可守，那么就退保陜西，重點就在于一定要守住關中，而想要守住關中，潼關、榆林和商洛便是重中之重。
“陛下，可以安排臨朐伯去守榆林，此地關系到晉豫二省，責任重大，萬一三晉不守，河南萬不可失。倘若失去河南，潼關、商洛也都難守。”
聽到李巖這一番建議后，李自成微微點頭，道：“長安與山西僅僅只是隔著一條黃河，如果要保住關中，山西便萬萬不可失去。只是朕有些擔心，姜瓖此人似乎有些不可靠......”
說到底，姜瓖作為明軍降將，同唐通關系也比較好，如今唐通在先前大戰中可能已經投降了東虜，那么很可能到時候清廷會安排唐通去勸降姜瓖，到時候姜瓖肯定不會死守大同，而一旦大同叛變，則太原危急，屆時想守住榆林也困難，畢竟從大同向西從潢川渡河，不管是進攻榆林，還是南下進攻米脂都很容易。
然而針對這個問題，眾人都想不到更好的辦法，畢竟姜瓖此輩乃反復小人，根本不值得信賴。
終于，宋獻策還是給出了自己的建議，那就是派李過率三千騎兵今夜出發，從居庸關外走宣化去大同，一方面協助姜瓖防守大同，另一方面也是對姜瓖的監視，如果發現姜瓖有投敵跡象，就從偏關往西過河，或守榆林，或守延安，總之要堵住清軍過河的想法。
至此，李自成率領大順文武高層在五月十五上午正式出城，只是在他出了城門之時，心中卻不免有些后悔，若是當是聽從李巖的建議，先留在長安鞏固自身勢力，不要急匆匆北伐，恐怕今日也不會出現這般的結果。
只是如今已經沒有后悔藥可以吃，李自成也只能在心里嘆了一口氣，率領大軍出城而去。
等到五月十六日，清軍騎兵已經率先抵達了京城，而此時京師在經過這幾次戰爭磨難之后，再也沒有抵御敵軍的勇氣，京城再一次易手，而這一次跨入京城的人則是從李自成換成了多爾袞。
京城東郊的明廷原來的降臣和士紳們也紛紛出迎，他們神情歡喜地望著前來的清軍，只覺得好時代來臨了。
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