經歷了身邊無數人的死亡，踐踏了這么多人的心意，找到了越來越多的真相，岡部胸膛中的心臟終于在歸來的IBN5100面前恢復了活力。
影響世界線變動的D-mail都被自己一一消除，只剩下通過IBN5100入侵SERN服務器，將上面關于自己發出的第一封被截獲的D-mail刪除，世界就會回到原來的模樣，真由理就再也不用因為世界線的收束而死去。
“第一封D-mail嗎……就是那封吧？我被殺了什么的那封。”
但是在紅莉棲的話語中，岡部終于察覺了來自世界的最大惡意，他難以置信地睜大了雙眼，因為恐懼的事實，瞳孔幾乎要縮成了針尖。
“取消至今為止的所有D-mail，將世界線恢復原樣，那是SERN統治世界的反烏托邦不會出現的世界線，真由理不會死的世界線，然后在那條世界線上，牧瀨紅莉棲……會死。”
從岡部在廣播館外馬路上發出的第一封D-mail開始埋下的伏筆終于張開了自己猙獰的爪牙。
因為岡部的D-mail，中鈸博士停止了見面會，牧瀨紅莉棲因此沒有死去，如果消除了那一封D-mail，他身前帶著笑容，無數次地幫助著他的紅莉棲，就會死去。
這是何等殘酷的現實。本村哉志被這個從第一集埋下直到二十集才揭露出來的伏筆震撼了，就算是一個個將D-mail造就的命運的鐵環從世界線上取下，最終通向的世界線，也是那樣嚴酷的世界。
鳳凰院兇真，在這種情況下，該如何做出自己的選擇？
意識到了這一點，岡部暫停了刪除SERN服務器中D-mail。他在猶豫，在糾結，在痛苦中想要找到自己想要的答案。但他只是岡部倫太郎，而不是設定中那個狂氣的科學家鳳凰院兇真。
夏日的鳴蟬孜孜不倦地發出自己生命中最絢爛的音樂，卻又像是在嘲笑人類的不自量力。紅莉棲察覺了岡部心中痛苦和糾結，在岡部沉重的話語里，獲知了這個橫亙在她，岡部和真由理之間最殘酷的選擇。
救真由理，自己會死。
“你應該馬上去見她，我的事情就算是現在討論，也不會有任何結論，所以你才一直一個人煩惱對吧？”紅莉棲強裝著鎮定，帶著顫音的話語卻在勸說岡部去找真由理。
“既然是這樣，那你應該去找真由理，就算在這里被你擔心，也只會傷我的自尊心！我先走了。”紅莉棲怕自己下一刻就會維持不住自己偽裝的冷靜，不想讓岡部看到自己臉上的動搖，她匆匆地離開了天臺。
岡部注視著這樣的她，卻只能沉默。
岡部找到了在奶奶墓前的真由理，一次接一次的時間跳躍中，自己的心與真由理越來越遠，但是真由理卻一直在心中牽掛著自己。當初Lab只有自己和真由理的時光隨著真由理對墓碑的訴說浮上心頭。岡部終于做出了這個艱難的抉擇。
找到了紅莉棲，這個被害羞的自己稱為“克里斯蒂娜”的天才少女，這個在一次次時間輪轉中支持著自己，理解著自己，分擔著自己心中的痛苦和壓力的少女，面對這個少女，岡部堅定地訴說著自己的心情：“我絕不會忘記你，我不會忘記最重要的人！”
兩人終于互相表明了在漫長的時間糾葛中暗生的心意，岡部和紅莉棲，鳳凰院兇真和克里斯蒂娜，狂氣的科學家和他的助手，兩人彼此相擁，彼此追尋著對方的心。
但是在這樣的心情下，卻是未來的殘酷。
分明是溫馨的場景，本村哉志卻不禁流下了眼淚。剛剛表明了彼此的心意，就要面對無法相遇的離別，世界上感人的愛情莫過于此。
對于鳳凰院兇真來說，真由理是從小劫持的人質，她是特別的。但是克里斯蒂娜卻也是助手，同樣的心無法衡量兩個人之間的重量，就算是本村哉志想要讓岡部選擇紅莉棲，也無法對他選擇真由理說出指責的話語。
在無數次重復的時間輪回中，最痛苦的不是別人，而是那個曾經中二的岡部倫太郎。
人類的情感能夠經得起這么多時光和悲劇的消磨嗎？就像是OP歌詞中所言一般，岡部倫太郎丟失了自己鳳凰院兇真的人格，變成了渾身傷痕累累的孤獨觀測者。也正是看到了這一點，紅莉棲面對無法做出抉擇的岡部，才主動地放棄了自己。
不想面對最后的離別，紅莉棲趕往飛往米國的飛機，在秋葉原地鐵站外的廣場上，她向岡部贈別了Dr.pepper，用力擲出的碳酸飲料在空中劃過高高的拋物線，落在了岡部的身后，就在岡部撿起這份離別的禮物時，紅莉棲對岡部的背影說出了永別。
回首看去，紅莉棲的身影已經消失在空空蕩蕩的廣場上。
“在1%的對面，我一定存在著，岡部。”
遙望著白鴿飛過的天空，紅莉棲獨自等待著地鐵，在心中訴說著自己的心意。
Lab小小的房間里，阿至終于入侵到SERN的服務器中，找到了那封被SERN截獲的最初的D-mail。
“世界……將得到重構……”
一番中二的發言中，狂氣的鳳凰院兇真痛苦而堅定地宣告著貝露丹迪作戰的最終階段，手指顫抖著在回車鍵上輕輕地按下。
就在這時，腳步聲在Lab外響起，紅莉棲氣喘吁吁地沖進了Lab，在岡部吃驚的目光中，紅莉棲在最后說出了自己的心意：
“岡部，我也……喜歡……岡部！”
世界線變遷，真空管中的數字重新回到了1.130205，超越了1%的境界線，世界線從β回到了岡部倫太郎與牧瀨紅莉棲初次相遇的α，但是這個世界，卻是不存在紅莉棲的世界。
白大褂的左肩被紅莉棲用粉線胡亂縫好的破口消失了，Lab又回到了原來的模樣，真由理依舊在執著于制作cos的服裝，阿至在電腦前敲擊著鍵盤，但是岡部意識到，Lab中另一個熟悉的身影卻再也不可能出現。
“真由理，研究所成員NO.004是誰？”
“004？嗯……沒有004這個人哦！”真由理疑惑地說道。
可惡！助手，真的就這樣死去了嗎？
本村哉志握緊了拳頭，無處發泄的憤怒和無力感在胸中淤積著，這部動畫，就連大人都看得如此沉重！搬運工做出這部動畫來，到底是為了什么？！
世界恢復了常規，IBN5100被岡部送走，時間機器也被他棄置。犧牲了無數人的心意和生命換來的世界線，成為了岡部最珍視的存在。
但是在這時，時間旅行者阿萬音鈴羽，卻再次來到了2010年的秋葉原。