宇智波雨與絕來到雨忍村，發現這里已燃燒起熊熊的火燃，看來雨之國山椒魚半藏的時代徹底結束了。
佩恩六道與小南出現在兩人身后，望著這場大火默然無語。殺掉半藏和與半藏有關聯的人，并沒有讓兩人嘗到復仇的快感，反而讓兩人深深的明白，他們手中已經沾滿了血腥，再也回去不當初那樣，追逐美好夢想的時刻了。
“小南老師。”宇智波雨走了過來，輕輕牽起小南的手，對方并沒有任何反應。
“小南老師，無論如何，你還有我和長門。”宇智波雨看到小南默然的模樣，不覺有些心疼，輕輕的安慰著小南。
“謝謝你，雨……”
由于宇智波雨的出現，佩恩幾人提前展開了復仇，此時的宇智波鼬還是個未長大的小鬼，赤砂之蝎也隱藏在水面之下，忍界表面仍是風平浪靜的，所以帶土暫時并沒有提及擴充曉組織的想法，而是吩咐佩恩等人先建設雨之國。
自上次一戰，雨之國的頂端戰力多了佩恩，小南，宇智波雨等影級強者，可是從上忍到下忍直接出現斷層的情況，目前來說，恢復國力與養精蓄銳才是尤為重要的。
經幾人商議，佩恩決定全面封鎖雨之國，以神的名義治理整個國家，小南則作為神之天使，代替長門作為名面上的首領人物。帶土與絕對此絲毫不感興趣，不知道在謀劃些什么，已經很久不曾出現了。
佩恩強制整合了雨之國的剩余勢力，讓其充當維護雨之國正常運轉的工具。而且收養雨之國眾多的孤兒，把他們培養為接替雨之國的下一代忍者，例如紫陽花，睡蓮，芙蓉等人。
而宇智波雨則帶上面具，擔任雨之國暗部的獵殺首領，替佩恩處理一些暗地里的任務，如外村的間諜，刺客。
至于首領什么的，則是雨自己稱呼自己的，因為在新的雨之國中，高中端戰力稀缺，為了情報保密，所謂的暗部，目前只有他一人。
三年后……
“雨哥哥，今天能指導我的紙遁忍術嗎。”紫陽花摟著宇智波雨的胳膊，她在國之國唯有的親人便是宇智波雨等人，所以每次當宇智波雨有空時，她總喜歡纏著宇智波雨教她忍術。
宇智波雨已經十一歲了，火影世界相對來說發育的都比較早，原著中宇智波鼬十一歲便加入了暗部，十三歲便屠殺了全族，當時的外貌已與成年人無異。
這三年來宇智波雨不斷幫佩恩小南做一些暗殺任務，如今的他渾身散發著冰冷的氣息，微長的頭發扎了起來，與原著中佐助的發型相似，刀削的五官，冷漠的氣質，是一個不折不扣的冰山帥哥……
“紫陽花啊，好吧……”看著紫陽花期待的眼神，盡管連日的任務讓他感到很疲憊，宇智波雨仍開口答應下來。
經過三年的建設改造，雨之國的面貌好了很多，但這個國家仍然十分貧窮落后，平民穿的衣服大都是粗布短衫，比起火之國遠遠不如，這不是短時間內能改變的，不過走在街道上，偶爾就能看到雨之國居民的笑容。安居樂業，遠離戰亂，無疑能很快恢復國家的元氣，相信這樣下去，雨之國會變得越來越好。
“開封術·紙吹雪！”雨之訓練場，紫陽花召喚出大量紙片吹向前方，如同一陣紙風暴一樣，白色的紙片紛飛。
“不錯，紫陽花，不過這個忍術只能用來掩人耳目，傷害不高，所以使用的機會一定要適合。”
“是啊，雨哥哥，”紫陽花得到雨的稱贊，顯得很是高興，他雙手掐決，高喊一聲 “通靈術！”
這是…白霧散去，一個體型強壯的熊貓出現，與一般的熊貓不同，紫陽花通靈出的熊貓表情顯得十分猙獰。
熊貓看到紫陽花，露出開心的表情，上前蹭了蹭紫陽花的手。這時它忽然注意到雨的存在，小心的把紫陽花護在身后，開始對宇智波雨呲牙利嘴起來。
“干什么呢，大笨熊，這是我哥哥。”紫陽花拍了一下熊貓的腦袋。
“不錯的通靈獸，即便感知到危險存在，卻仍把主人擋在身后。”宇智波雨輕輕贊嘆一聲。
“是的，雨哥哥，大笨熊雖然長的丑死了，但心地確很好。它是我執行任務時發現的。它受了很重的傷，仍對我呲牙咧嘴，我當時很害怕，但看到它這么難受，我鼓起勇氣幫它包扎傷口，喂養了一段時間。”紫陽花撫摸面著熊貓的毛發，向雨介紹道。“沒想到它傷好后就不愿意離開我了，經常偷偷的跟著我，我就和它簽訂了通靈契約了。”
紫陽花自顧自的說道，沒有注意到宇智波雨的眼光一直放在她和熊貓身上。
紫陽花……