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小笠原輝長沒有急著進攻山和山陽道，輝長進駐京都，他決定重新修繕平安京。
平安京寓意“和平與安定之都”，由桓武天皇效仿隋唐長安和洛陽建設。
建筑群呈長方形排列，朱雀路為軸，貫通南北，分為東西二京，中間為皇宮，正面是羅生門，宮城之外為皇城，皇城之外為都城。
城內街道呈棋盤形，東西、南北縱橫，布局整齊劃一，明確劃分皇宮、官府、居民區和商業區，神宮坐落于北方，街道都以直角交會。
京都位于日本本州島中西部，坐落在京都盆地北部，東距日本第一大湖琵琶湖僅5公里，東、西、北三面有丹波山地、比良山地和貴船山地環繞，市區隨京都盆地向南面大阪灣敞開為巨型口袋形狀。
平安京南北長約5.2公里，東西長約4.5公里，面積相當于中國唐代京師唐長安城的五分之一。面積23.4平方公里，人口160多萬。
現在的平安京因為多次的戰火已經衰敗，但輝長要把平安京修起來。
在平安京內，朱雀大路連接大內里朱雀門和羅城門，東筑大宮、西洞院、東洞院和東京極等大路，西修四大宮、道祖、木辻和西京極等大路東西走向的一條、土御門、中御門和二條至九條等各條大路，與朱雀大路垂直相交。
平安京四周為當地人所信仰的賀茂、松尾、稻荷等神社，后又變成皇室和貴族的信仰對象。
不過，因桓武朝的建都和征夷兩大事業半途而廢，京內有的地方只修整了區劃而來完成羅城等處的建設。
右京（長安）又是池沼星羅棋布的低洼地帶，呈現一片“人家漸稀，幾近幽墟，人去無回，屋壞不修”的景象。
因此，人家大都集中在左京（洛陽）四條以北的高崗干燥地帶。
院政時期，又以流經左京極大路東面的鴨川以東白河為中心，建造了很多寺院和離宮，使得東京更加繁榮，因而日本人總喜愛稱京都為“洛陽”、“洛城”、“洛都”。
因此大名們帶兵入京都也叫作“上洛”。
京城形制南北長，東西窄，這一點是異于隋唐長安城的，尤其是平安京，其長寬比例與隋唐洛陽城十分接近;其次，里坊均呈方形，同于隋唐洛陽城的里坊形制。
再次，朱雀大街南端兩側各置宗教建筑一所，也是模仿洛陽城而建，這一點主要體現在平安京。
最后，在里坊名稱方面，平安京的“銅駝”、“教業”、“宣風”、“淳風”、“安眾”、“陶化”、“豐財”、“毓財”等8個坊名均采自隋唐洛陽城，平安京朝堂院南門的名稱也采自洛陽城，稱為應天門。
這就是平安京大致的模樣了，修復平安京是要顯示自己的實力，家臣們并沒有反對此事，并且踴躍的捐了錢糧作為獻禮。
輝長當即招募了大量工匠前來京都，同時他也以幕府和朝廷的旨意下發了修復平安京的法令。
此時已經行將就木的尼子晴久得知了小笠原輝長要修復平安京的時候也是大為驚訝。
尼子晴久為尼子經久的嫡孫，1537年尼子經久將家督之位讓予尼子晴久。
之后尼子晴久便進攻播磨國來擴大版圖，但是由于敵對的大內義隆對尼子家進行牽制，而且有力的國人毛利元就的離反，致使尼子家大敗。
1541年祖父過世之后，尼子晴久致力于將叛離的國人找回，并且擊退了大內義隆的進攻。
尼子晴久致力于恢復舊有版圖，以出云、伯耆、美作、隱岐四國為基礎，對周邊地區展開進攻。
1551年大內義隆因為陶晴賢的謀反而自殺后，1552年幕府封尼子晴久為山陰山陽等八國守護。
1554年尼子晴久以新宮黨謀反為由，殺害叔父尼子國久等人。一般都以為這是毛利元就的反間計，但是近來研究也指出這是尼子晴久用肅清自家的作法來強化內部統治。不過尼子家也因此而衰退。
1555年陶晴賢于嚴島敗死后，尼子晴久趁機進攻石見，奪取大森銀山城，但是與毛利元就陷入拉鋸戰；1561年尼子晴久死于月山富田城。
尼子晴久找來尼子義久道：“我死之后，你肯定不是毛利元就的對手，尼子家滅亡的時機就快到了。
但是現在我們尼子家又有了一個選擇，你立刻去京都向新的幕府將軍請降，不管公方殿下是什么條件你都要答應。
殿下一定不會徹底剝奪我尼子家所有的領地，只要他給你留一塊領地，這對于你，對于尼子家來說都是好事。”
尼子義久聽從了尼子晴久的話，隨即帶著禮品，以及自己的女兒前往京都。
尼子義久見到小笠原輝長，當即伏身道：“臣下拜見公方殿下！”
小笠原輝長微微點頭道：“起來吧，你父親讓你來做什么？”
尼子義久低頭道：“殿下，我們尼子家愿意降服，成為殿下的家臣，手中所有的領國愿意全部奉上！
本家領地內有一座銀山，名叫石見銀山，這是一座大銀礦，殿下正好在修復平安京，我們尼子家愿意獻上石見銀山！”
對于輝長來說，他根本不缺錢，因為本間家的佐渡島上有著最大的金山，同時還有甲斐的金山，伊豆的銀山。
對于輝長來說，現在他的實力十分的雄厚。再加上有堺港的存在，對于輝長來說，時間過得越長，他的實力便是成倍的增長。
輝長笑道：“你們的誠意我已經看見了，這樣吧，我把出云伯耆兩國留給你，你家其余領地歸于幕府處置。”
尼子義久沒有反駁，當即就同意了，同時說道：“小女千雪，愿意留在殿下身邊服侍。”
輝長笑瞇瞇道：“好，你很懂事，放心吧，你們尼子家做了吾的家臣，若是毛利家敢動手，吾必定出兵滅了他。”
尼子義久連忙拜謝，回了出云。他把幕府的條件和尼子晴久說了一遍。
尼子晴久拖著病體，笑道：“如此，尼子家保全了！我便是死了，也可以瞑目了。”
小笠原輝長收服了尼子家，這讓毛利家很是緊張。
不過小笠原家現在要對一向宗的勢力出手，如今京都附近的一向宗勢力已經被肅清。
現在他需要攻打加賀的一向宗佛國，伊勢的長島一向一揆，還有石山本愿寺。
不過輝長還沒有打算動手，他決定先把平安京修好，同時在平安京外修建一座御所。
御所的位置在大阪，依舊是按照平安京的規模修建。
整個京都附近成了大工地，大量的工匠與平民都在參與兩座大城的建設。
四國的土佐國人伊予國人，毛利家，九州的大友松浦島津龍造寺等都派了人前來查看。
他們看著那龐大的工地，駐扎在附近的數萬軍隊，那可是嚇得他們都合不攏嘴來了。
在毛利家的居城郡山城，毛利元就聽取了細作的報告，得知小笠原輝長的實力后，他沉默了。
隨后他召見了自己的三個兒子毛利隆元、吉川元春、小早川隆景。
毛利元就說道：“現在東邊的小笠原家已經開幕，并且在修復平安京，我已經派人打探過了，他的實力很強。
老謀深算的尼子晴久已經讓自己的兒子向幕府投降了，他們家得到了兩個領國。你們覺得呢？”
吉川元春連忙說道：“能夠讓尼子晴久投降，那得多大的實力？”
毛利元就說道：“細作在京都附近就看見了三萬大軍，細作打探過了，如今的小笠原幕府管轄的領地已經超過了千萬石。”
“千萬石！”毛利隆元驚訝道，“這可怎么打，本家絕不是對手啊！”
毛利元就嘆了一口氣，說道：“這世上已經沒有人是小笠原幕府的對手了，隆元你也去京都吧。”
小早川隆景連忙說道：“父親，一點條件都不提嗎？”
毛利元就搖頭道：“不，我們不能提條件，而且我們還要送去兩個公主，去吧！”
毛利隆元趕往了京都，面見了小笠原輝長，向他表達了毛利家愿意降服的意思。
小笠原輝長大喜，畢竟被稱為西國第一智將的毛利元就投降了。
現在山陰山陽兩道大勢力已經投降，小笠原輝長明年就可以直接攻打九州島了。
小笠原輝長笑道：“那么就留下安藝和周防兩國為你家領地吧，其余領國由幕府處置。”
毛利隆元獻上自己的兩個女兒，留在小笠原輝長身邊服侍。
隨著毛利家和尼子家投降的消息，九州島的龍造寺家、少二家、相良家、大友家、島津家、伊東家等紛紛派出使者，請求投降。
同時長門的大內家，土佐的一條家長宗我部家，伊予的河野家也紛紛派出使者投降。
永祿四年，輝長一統全天下，同時平安京和長安城修建完畢。
平安京是天皇所在的地方，稱之為洛京，而小笠原輝長所在的將軍御所名為長安城。
長安城建成后，小笠原輝長召見六十六國的大名，上百大名向小笠原輝長跪拜。
輝長坐于主位上說道：“天下已定，不再有戰亂，諸位要致力于管理各自的領國。不要有不該有的心思。
我的幕府可不像前面幾任幕府一樣軟弱無力，誰敢破壞天下太平，那么天下共擊之！”
“喔！”
一眾大名當即伏首。
幕府麾下的大名分了御三家，甲斐的武田家，三江的小笠原家，上野的小笠原家。
其次就是一門眾，然后就是他倚重的家臣，最后才是那些降服的外樣大名。
幕府直領千萬石，擁有五萬旗本武士拱衛幕府安全。隨后分布御三家、親樣大名、外樣大名。
這基本是按照德川幕府的布置，只不過如今小笠原幕府的體質了。
戰國時代已經結束，但是戰爭沒有結束。
永祿五年，小笠原輝長正式與顯如宣戰，一路大軍攻打加賀，一路大軍攻打伊勢長島，小笠原輝長親自攻打石山本愿寺。
很快，加賀被擊敗，長島也被擊破，只有石山本愿寺還在堅持。
顯如已知自己打不贏了，便派人到了朝廷那里，隨后天皇派遣近衛前久出面調停。
小笠原輝長當即拿出了限制一向宗的法令，顯如最后不得不同意了這項法令，本愿寺所有的分宗全部被毀，僧兵被解散。
所有的寺廟都要接受官府的管轄，土地被清查全部都要交稅。
隨著本愿寺認輸，天下已無戰事爆發，但是還有不少浪人是不穩定的因素。
為此小笠原輝長將浪人武士推銷給南蠻人，南蠻人對此也很滿意，這讓小笠原輝長賺了一筆錢，同時也讓這些浪人武士不會成為國內的不穩定因素。
永祿六年，也就是一五六三年，十六歲的織田市嫁給了小笠原輝長，這也讓小笠原輝長高興不已。
天下已經平定，再加上朝廷和輝長手下的三大佬和九奉行的管理，天下徹底安定，幕府也是有錢有糧有兵，小笠原輝長便開始游山玩水。
到了永祿十二年，也就是一五六九年，小笠原輝長的長子十七歲，而輝長已經四十二歲。
輝長當即讓天皇給長子進行成人禮，成為烏帽子親。
他的長子得天皇賜字，名為小笠原正長。
隨后小笠原輝長升任太白之位，正長繼位幕府之位。
不過天下制度已定，再加上小笠原輝長的威望，正長每日只是看一看各地的奏報。
至于輝長則是每日帶著美人們到處游玩，樂不思蜀。
小笠原正長上位不久，便請天皇改年號為天正，天正十五年也就是一五八四年，六十七歲小笠原輝長病倒了。
至于輝長以前的妻妾基本都早已病故，身邊只剩下阿市。
阿市看著臉色蒼白的小笠原輝長抹著眼淚。
輝長慢慢睜開眼看著哭的梨花帶雨的阿市，笑道：“阿市，讓我枕著你的腿。”
隨即兩名侍女和阿市合力把輝長腦袋放到阿市的大腿上。
輝長喘著粗氣道：“啊…阿市，天下第一美女，我在也不能見著你了。我兒，我兒到了嗎？”
小笠原正長連忙湊到輝長身邊道：“父親，兒在！”
輝長偏頭看向正長道：“告誡子孫，再怎么荒唐也不要忘了緊抓軍隊，五萬旗本武士乃是幕府根本，一定要他們勤加練習武藝，日夜不可荒廢！
其余大名誰敢鬧騰就讓其余大名征討，剿滅之后就削番！扶我起來！”
隨后正長和另外一名武士扶著輝長走到天守閣外的走廊上，輝長看著長安，以及幾里外的平安京。
他抬頭大笑道：“哈哈哈，大丈夫生于天地之間，必留大名于青史！”
輝長一喊完自己的辭世詩，頓時氣絕倒在了兒子正長的懷里。
這時正長立馬嚎哭起來，隨后天守閣內所有人紛紛跪坐在地上嚎哭。
很快大家都知道了，一統天下的太白，小笠原幕府的第一代大將軍小笠原輝長病故了。（全劇終！）
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