爵士以47勝35負的球隊歷史最好戰績進入季后賽，首輪擊敗開拓者后，他們與洛杉磯湖人隊相遇。
衛冕冠軍經過七場惡戰才得以過關。第五場比賽，盡管爵士以109比111惜敗，斯托克頓追平了魔術師（埃爾文·約翰遜）創下的季后賽單場助攻24次的紀錄，11場季后賽中，斯托克頓的平均成績時19.5分14.8次助攻。
1988-89賽季，斯托克頓首次被選入全明星賽，經過一場11分17個助攻的表演后，他在全明星MVP評選中僅次于隊友馬龍。他的助攻和搶斷同列聯盟第一（每場13.6次助攻，3.21次搶斷）。投籃命中率第十（53.8%）。
最佳陣容二隊和最佳防守陣容二隊。每場17.1的得分，在隊中排第三位。（馬龍29.1，貝利 19.5）爵士隊戰績51勝31負，已經足夠拿到中西區冠軍。
他們情緒高漲的面對穆林帶領的金州勇士隊。盡管斯托克頓有平均27.3分13.7次助攻的超級表演，他們仍然被橫掃出局。
1989-90賽季，斯托克頓缺席了前四場比賽，不過這不妨礙他再次刷新單賽季個人助攻記錄為1134次。平均每場14.5個。在連續第三個賽季助攻超過1000次后，斯托克頓成為第一個擁有兩個以上助攻數超過1000的賽季的球員。
斯托克頓連續第三年投籃命中率超過50%（51.4%）；第三年至少搶斷200次（207）。他的平均得分是生涯最高的17.2分，被選為了全明星西部首發控球后衛，并在賽季結束入選最佳陣容二隊。
爵士在賽季末失去了狀態，延續了他們的“季后賽首輪之旅”，輸給了菲尼克斯太陽隊。斯托克頓季后賽投籃命中率只有42%，但是仍然每場得15分，助攻15次。
1990-91賽季，馬龍每場29分，命中率52.7%，而新加盟的得分手杰夫·馬龍平均得到18.6分，命中率50.8%。斯托克頓的任務就是給他們傳球，他再次助攻超過1000次，再次被選入全明星賽。
斯托克頓以1164次助攻再次刷新了自己保持的單賽季助攻總數紀錄，他同樣以17.2分的平均得分平了自己的最好成績。2.85次的平均搶斷是聯盟第二名，他入選了最佳陣容三隊。
斯托克頓小心的對付自己的競爭對手，最佳陣容二隊的太陽控球后衛凱文·約翰遜。爵士以3比1在季后賽首輪擊敗太陽，但他們沒有足夠的火力繼續擊敗開拓者，斯托克頓在季后賽仍然貢獻多多，平均18.2分13.8個助攻。
1991-92賽季，斯托克頓拿到自己連續第五個助攻王（總助攻1126次，平均每場13.7次）。而在賽季的最后一天，他超越了森林狼隊的邁克爾·威廉姆斯，以每場搶斷2.98次成為搶斷王。
斯托克頓在第四次出席全明星賽，又一次被選進最佳陣容二隊，爵士季后賽之路大有長進，連續擊敗快船和超音速之后進入了西區決賽。
最終，斯托克頓和伙伴們還是戰力不足，在西區決賽中輸給了波特蘭開拓者隊，在總共16場季后賽中，斯托克頓平均每場得到14.8分，13.6次助攻和2.13次搶斷。
1992-1993賽季，全明星賽在鹽湖城召開，爵士也獲得了聯盟最佳的主場戰績。相應地，斯托克頓和馬龍在全明星賽上分享了MVP榮譽。
馬龍得到28分10個籃板，而斯托克頓貢獻9分15次助攻，西部明星隊135比132在加時賽獲勝。斯托克頓是加時賽的功臣，他命中兩記投籃并策動兩次以上的得分，協助西部隊16比13勝出。
1993-1994賽季，斯托克頓助攻超過9000次，與歷史上僅次于魔術師約翰遜的9921次和奧斯卡·羅伯特森的9887次，除此之外他保持著賽季助攻王的榮譽——每場12.6次。他此外仍然場均交出15.1分2.43次搶斷，投籃命中率52.8%的成績單。
他在搶斷榜排名第四，投籃命中率高于所有其他后衛。他連續參加了第六次全明星賽，并在職業生涯中賽季末首次入選最佳陣容一隊。斯托克頓的持續優異使爵士隊又一次出現在西區決賽中，這次他們5場輸給了休斯敦火箭隊。
在經歷了1995年季后賽速敗火箭，1996年西區決賽不敵超音速之后，斯托克頓終于在1996-1997賽季和他的猶他爵士一起獲得了突破，他們開始了連續兩年的總決賽之旅，對手同樣是芝加哥公牛。
1996-97年，爵士的戰績是西部最佳的64勝18負，斯托克頓最終在助攻榜上落后于馬克·杰克遜，將自己創造的連續獲得助攻王紀錄定格在九次。他再次進入西部全明星隊的首發陣容。
在全明星賽上得到12分5次助攻。在爵士的20場季后賽中，斯托克頓平均得到16.9分9.6次助攻和1.65次搶斷。他在同火箭的西部決賽第二場獨取26分12次助攻。又在關鍵的第六場得到25分。
在總決賽，斯托克頓以17分12次助攻在第三戰為球隊帶來第一場勝利，104比93。第四場，他又拿下17分，包括一次關鍵的遠投和一記鬼斧神工的長傳，爵士78比73扳成2比2平。第五場喬丹克服胃痛，公牛以90比88拿下天王山之戰。然后他們在第六場90比86主場結束了總決賽。
斯托克頓投入到1997-98賽季的征戰當中。他每場助攻8.5次，排名聯盟第五，猶他爵士隊第二次回到總決賽。
他們擁有全聯盟最好的常規賽戰績62勝20負（和公牛并列）。并在總決賽第一場主場以88比85加時賽取勝。公牛再一次在六場比賽中擊敗了爵士，拿下了8年第6座總冠軍，關鍵的第六場，仍然是喬丹最后關頭的搶斷和跳投決定了比賽。
在1988-89到1990-91這幾個賽季，斯托克頓打出職業生涯最好的數據。他的平均得分超過17分，助攻在13.6到14.5之間。
而在1993-94，1994-95這兩年，他的投籃命中率在聯盟后衛中排名第一。他在1993-94，1994-95這兩個賽季被選入NBA最佳陣容一隊，并在95年成為NBA歷史上的助攻王。
1994-95賽季結束前。斯托克頓助攻突破10000次。接下來的1995-96賽季，他超過莫里斯·奇克斯成為歷史搶斷王，而且超越鮑勃庫西成為第一個連續九次獲得助攻王的球員。
在因勞資糾紛而縮水的1998-99賽季，爵士37勝13負，再次并列于聯盟最佳戰績，與球隊分享榮譽的是賽區的老冤家圣安東尼奧馬刺，也是最終的冠軍。爵士在西區半決賽就輸給了波特蘭開拓者，隨后的一年，開拓者又是在同樣的西區半決賽中，5場淘汰爵士隊。
2000-2001賽季，球隊的成績開始下滑，但斯托克頓的助攻數反彈到聯盟第二（每場8.7次）僅次于太陽隊的賈森·基德（每場9.8次）。接下來的兩個賽季球隊只是勉強讓勝率超過50%，逼近40歲的斯托克頓仍然像以往一樣有效率。
在職業生涯的第十八個賽季，也就是2001-02賽季，斯托克頓創造了代表同一支球隊參賽場次的聯盟歷史紀錄，他也成為史上僅有的10個40歲以上的NBA球員中的一個，而助攻總數更是達到15000次。
2003年4月30日是他職業生涯最后一場比賽，他上場28分鐘得到8分1板7助。
斯托克頓最終在2002-03賽季結束了他的職業生涯。他參賽1504場，這在NBA歷史上排第三位，次于羅伯特·帕里什的1611場和卡里姆·阿卜杜爾-賈巴爾的1560場。而他的得分19711分，也位列聯盟歷史的第33位（2013年1月1日被勒布朗·詹姆斯超越）。
2003年5月2日，約翰·斯托克頓正式宣布退役，同年6月7日舉行退役儀式。在斯托克頓整個職業生涯中，他共參加了1504場比賽，缺席22場，共得19711分，15806次助攻和3265次搶斷。
199-91賽季，斯托克頓以1164次助攻創造了NBA歷史上單賽季最高的助攻數；1989-90賽季，斯托克頓還以平均每場14.5次助攻創造了NBA歷史上一賽季平均每場助攻數的最高紀錄。
斯托克頓的一生擁有大量光輝的紀錄，包括聯盟史上后人再難企及的15806次助攻、聯盟歷史上最高的3265次搶斷、19個賽季中17次打滿82場、作為一個小個子后衛隊員51.5%的職業生涯命中率。
其他助攻紀錄包括單賽季1164次，單賽季平均14.5次，連續9年助攻王、季后賽單場24次助攻、平均每場10.5次助攻列歷史第2位、常規賽單場28次助攻則是歷史第3。
斯托克頓加盟之后，猶他爵士沒有錯過一次季后賽，他們在七年間五次殺入西區決賽。