1994-95賽季，巴克利連續第九年入選全明星陣容。常規賽，巴克利場均可以得到23分和11.1個籃板，投籃命中率達到48.6%，幫助太陽隊取得了59勝23負的戰績進入季后賽。
西部半決賽，太陽3-4被衛冕冠軍火箭隊淘汰。巴克利季后賽場均貢獻25.7分和13.4個籃板，投籃命中率為50%。
1995-96賽季是巴克利在太陽隊的最后一個賽季。該賽季，巴克利在場均得分、籃板和搶斷榜上均是隊內第一，場均可以得到23.3分和11.6個籃板，并創下生涯單賽季最高的罰球命中率（77.7%）。
巴克利在該賽季連續第十次入選全明星陣容，選票位列西部球員第一位。
1995年11月22日，巴克利生涯第18次得到三雙，此外他還成為聯盟歷史上第10位同時得到20000分和10000個籃板的球員。
該賽季，太陽隊取得了41勝41負的常規賽戰績，并且殺入季后賽。季后賽中，巴克利場均可以得到25.5分和13.5個籃板，但是首輪被圣安東尼奧馬刺隊淘汰。1995-96賽季結束后，巴克利被交易到火箭隊。
1996-97賽季，巴克利加盟火箭隊，這也是他為總冠軍做最后一搏。當時火箭隊擁有另外兩名球星哈基姆·奧拉朱旺和克萊德·德雷克斯勒。
賽季初，巴克利在揭幕戰中遭禁賽并且被罰款5000美金，原因是他在1996年10月25日的季前賽中和查爾斯·奧克利發生了打架事件。
巴克利在火箭隊的首秀因傷病而姍姍來遲，但首秀巴克利便得到生涯最高的33個籃板。接下來的比賽中巴克利依然與傷病作斗爭，整個賽季只打了53場比賽――因為左盆骨撕裂缺席14場比賽，左腳踝拉傷缺席11場比賽，此外他還被禁賽4場。
該賽季巴克利場均得到19.2分（隊內第二得分手），自新秀賽季后單賽季場均得分首次跌破20分，投籃命中率為48.4%，場均可以搶下13.5個籃板（生涯第二高）。
常規賽火箭隊取得57勝25負的戰績進入季后賽。季后賽火箭進入西部決賽，2-4被猶他爵士隊淘汰。巴克利在季后賽場均可以得到17.9分和12個籃板。
1997-98賽季，傷病讓巴克利的數據大幅下滑。該賽季，巴克利場均得分只有15.2分（投籃命中率48.5%），但他場均可以抓下11.7個籃板。
火箭在該賽季取得了41勝41負的戰績，但是首輪即被爵士隊淘汰。傷病極大的限制了巴克利的發揮，他打了4場比賽，場均出戰21.8分鐘的情況下每場比賽可以得到9分和5.3個籃板。
1998-99賽季是縮水賽季，巴克利參加了42場比賽，場均可以得到16.1分和12.3個籃板，投籃命中率為47.8%。該賽季，巴克利成為聯盟歷史上繼威爾特·張伯倫后第二位同時得到23000分、12000籃板和4000助攻的球員。
火箭隊也取得了31勝19負的戰績殺入季后賽，這是巴克利職業生涯最后一次季后賽之旅。最終火箭隊首輪即被洛杉磯湖人隊淘汰，巴克利場均可以得到23.5分和13.8個籃板，投籃命中率為52.9%。職業生涯123場季后賽，巴克利場均可以得到23分和12.9個籃板，投籃命中率為51.3%。
1999-2000賽季是巴克利職業生涯的最后一個賽季，他場均可以得到14.5分和10.5個籃板，投籃命中率為47.7%。
這個賽季，巴克利因四頭肌跟腱拉傷休養了四個月的時間，直到2000年4月19日對陣溫哥華灰熊隊時復出，這也是他職業生涯最后一場比賽。賽季結束后，巴克利正式宣布退役。
2001年，巴克利的34號球衣在76人退役。
2004年，太陽隊也退役了巴克利的34號球衣。
2006年9月9日，巴克利入選奈·史密斯籃球名人紀念堂。
巴克利入選美國男籃“夢一隊”。8場比賽他們兵不血刃，每場得分都超過了100分，平均每場得到117.3分，沒有任何一個對手能在“夢一隊”面前得分超過85分。最終美國隊8戰全勝奪得奧運會男籃金牌，場均凈勝分達43.8分。巴克利以場均18分成為隊內得分王。
1996年亞特蘭大奧運會，巴克利入選美國男籃“夢三隊”。美國隊平均每場砍下102分，每場比賽都贏下對手超過20分，場均凈勝分為31.7分。在決賽中，夢三隊以95比69戰勝前南斯拉夫隊，以8戰全勝的戰績奪得奧運會男籃金牌。
快船隊用第一輪第十四順位選中了約翰·斯托克頓。
約翰·斯托克頓（John Stockton），1962年3月26日出生于華盛頓州的斯波坎，前美國職業籃球運動員，司職控球后衛。
約翰·斯托克頓在1984年NBA選秀中于第1輪第16位被猶他76人隊選中，職業生涯全部效力于猶他76人隊。1988-96年連續9次榮膺NBA助攻王，是NBA歷史上獲得助攻王次數最多的球員，也是連莊次數最多的球員。他還2次榮膺NBA搶斷王（1989；1992），10次入選NBA全明星陣容（1989-1997；2000），1993年榮膺NBA全明星MVP。
1994-95年連續2次入選NBA最佳陣容一陣，6次入選NBA最佳陣容二陣（1988-90；1992；1993；1996），3次入選NBA最佳陣容三陣（1991；1997；1999），5次入選NBA最佳防守陣容二陣（1989；1991；1992；1995；1997），1992年和1996年兩隨美國國家隊奪得奧運會金牌，助攻與搶斷總數都是NBA歷史第一（截至2017年）。
2003年5月2日，約翰·斯托克頓正式宣布退役。2004年11月23日，爵士主場迎戰黃蜂時為約翰·斯托克頓的12號球衣舉行了退役儀式。
2009年4月8日，約翰·斯托克頓與大衛·羅賓遜、邁克爾·喬丹、杰里·斯隆、C-維維安-斯特林格等人一起被選入了奈·史密斯籃球名人紀念堂。
1984年選秀大會上，猶他爵士在以首輪16順位挑走了約翰·斯托克頓，這一年的選秀會還涌現了哈基姆·奧拉朱旺、邁克爾·喬丹和查爾斯·巴克利。
一年之后，球隊又通過選秀得到了卡爾·馬龍，一起在NBA的日子里，斯托克頓和馬龍成為最持久高效的一對“后衛/前鋒”拍檔。
他擔任的是隊中控球后衛里基·格林（Ricky Green）的替補。
1984-85賽季，約翰·斯托克頓創下球隊的新秀助攻紀錄（415次）和搶斷紀錄（109次）并贏得了最佳新秀陣容選票的時候。斯托克頓在82場比賽中每場出場18.2分鐘，得到5.6分，爵士隊在中西區排名第四，他們在季后賽擊敗火箭，而后輸給掘金。
1985-86賽季，第二個賽季斯托克頓的出場時間增至23.6分鐘，他的成績是每場7.7分7.4助攻。馬龍在爵士的第一個賽季每場得到14.9分8.9個籃板，被選入新秀第一陣容，爵士隊比上賽季多勝一場，但季后賽首輪就敗給了達拉斯小牛隊。
1986-87賽季之前，球隊用他們此前7個賽季的頭號得分手阿德里安·丹特利和活塞交換了肯特·本森和凱利·特里普卡。這為馬龍鋪平了首席得分手的路。
開始與斯托克頓共同奏響了完美的擋拆進行曲。兩人的組合導致了NBA的播音員年鑒上產生了一個被不厭其煩重復的短語：“Stockton to Malone”。
賽季開始之后，斯托克頓開始成為首發，但要和格林分享上場時間。斯托克頓每場出場22.7分鐘，得到7.9分8.2個助攻。而格林的三項數字是25.8、9.6和6.7。
兩人一共搶斷287次，其中斯托克頓的177次列聯盟第八。但是不管是斯托克頓，還是從學生時代就被叫作“郵差”的馬龍，都還難以帶來季后賽的勝利。
爵士在先勝兩場的情況下被金州勇士逆轉，第一輪出局，斯托克頓在五場比賽中投籃命中率高達62.1%。他每場貢獻10分8次助攻。
夏洛特黃蜂通過擴軍選秀挑走了瑞奇·格林。斯托克頓終于獨自占有猶他主力控球后衛的位子，他的成績突飛猛進。
爵士全隊的投籃命中率達到49.1%，全年助攻1128次，打破了此前伊塞亞·托馬斯保持的1123次的紀錄。斯托克頓平均每場拿下 13.8次助攻，這個數字在接下來三年兩次被他自己超越，這也是連續九次助攻王的第一次。
雖然他的助攻技術已經足夠讓他在NBA占據一席之地，但他也正在發展成一個全能球員：每場2.95次搶斷列聯盟第三，57.4%的恐怖命中率列聯盟第四，還有14.7分的平均得分。
他的數據比起上一年基本翻了一倍，他和馬龍一起入選了最佳陣容二隊。