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接下來的劇情進展就很快了，小智等人來到了一個叫做三圣島的地方，因為這個地方有三座小島，傳說上面棲息著三圣鳥，也就是火焰鳥，急凍鳥，以及閃電鳥。
在三圣島的周圍，還聚集著一些專門祭祀三圣鳥的人類，一開始，都是一些日常劇情，以及小智挑戰三圣鳥，然后敗的慘不忍睹之類的，輕松歡快的劇情。
而觀眾們的心情也是非常愉悅的，三圣鳥雖然是在《口袋妖怪紅·綠》里面就已經登場的口袋妖怪，不過作為種族值僅次于超夢和夢幻的存在，三圣鳥的人氣還是很高的，所以觀眾們對于三圣鳥也非常的喜歡，很多粉絲也喜歡相互之間進行辯論，爭執三圣鳥究竟是不是擁有夢幻級別的能力等等。
所以當觀眾們看到小智和三圣鳥互動，甚至進行戰斗的時候，觀眾們個個都激動不已，還以為小智終于要收服三圣鳥這個等級的強大存在了。
但是很快，邪惡的反派就登場了，有一個叫做基爾邦英的寶可夢家，為了能夠收服三圣鳥，在三圣島的附近，建設了一個強大的基地，這個基地中擁有能夠困住三圣鳥的陷阱。
然后這位家就發動了對三圣鳥的攻擊，借著三圣鳥出去接受朝拜的機會，立刻自己精心制作了三個陷阱抓住三圣鳥，同時也讓三圣鳥成為了自己的品。
“這劇情有點套路呀！”看到這里，還是在觀眾們不由得嘀咕道。根據他們的經驗，接下來的劇情，就應該是我們的小智大戰基爾邦英，然后解救三圣鳥的故事了。
但事實證明，這些觀眾想的太簡單了一些，在基爾邦英同時抓住了三圣鳥之后，意想不到的事情發生。
根據島上的傳說，三圣鳥是不能夠見面的，否則會發生天塌地陷的巨大災難。而基爾邦英抓住了三圣鳥之后，居然將這三只鳥放在一起進行展示。
當然了，這對于一個家來說，是無法避免的欲望，但是卻觸發了三圣鳥之間的詛咒，讓三圣鳥瞬間狂化，基爾邦英精心打造了三個鐵籠，已經無法控制三圣鳥了，最后三圣鳥破封而出，將基爾邦英的基地給徹底毀滅。
然后這個劇場版唯一的反派人物，就這么直接被他精心搭建的堡壘的廢墟給壓死了。這家伙從登場到死亡，總共還不到20分鐘的時間，堪稱是絕大部分電影里面死的最快的反派了。
但故事并沒有因此而結束，三圣鳥不能見面的詛咒被激活了，于是全部陷入狂化狀態的三圣鳥，開始了瘋狂的戰斗。
一時之間整個大海都變成了末日一般，大量的海水先是卷起了幾十米高的海嘯，然后這些海水又布滿了雷電，接著又被凍成冰塊，最后又被無數的火焰炙烤。
反正一時之間整個大海都充滿了雷電火焰和冰凍的力量，這些力量交雜在一起，對于整個海域的破壞力是瘋狂的。
居住在三圣島附近的人類慘了，他們的村子全部都毀在了戰斗的余波里面，這些人只能夠躲進山上的洞窟里面，可是海水暴漲，這些洞窟隨時有被倒灌，大量人類活活淹死的悲劇。
而海里面的魚蝦之類的海洋生物就更慘，不知道死了多少萬，反正隨著三圣鳥的戰斗，整個世界似乎都要毀滅了。
于是這個時候，就輪到我們小智登場了。
從村子里面的女祭祀口中得知，三圣鳥并不是真正的大海之王，真正的大海之王名叫洛奇亞，是世界的海神，掌控著整個海洋的力量。
而且傳說洛奇亞沉睡的地方就在這片海洋之中，如果能夠找到洛奇亞的神殿，喚醒洛奇亞，就能夠用諾基亞的力量來強行制止三圣鳥之間的戰斗。
接下來就是一段小智在海洋中冒險的劇情了，在新收服的乘龍的幫助下，小智歷經千辛萬苦，終于找到了洛奇亞的神殿，并且利用女祭司手中的圣物蘆笛，喚醒了沉睡中的洛奇亞，這是一只體型宛如泰坦尼克號一般巨大的超級口袋妖怪。
再然后，諾基亞展現了無與倫比的巨大力量，只見他飛到空中一個甩尾，就被火焰鳥給直接打飛出去。
急凍鳥想要對洛奇亞發出急凍光線，卻反而被洛奇亞賞了一個急凍光線，變成了冰雕。
最后的閃電鳥如同閃電一般的沖向洛奇亞，發出了強大的千萬伏特攻擊，但是洛奇亞的表面卻亮起了一個龐大的護罩，閃電鳥的攻擊沒有任何作用，直接被洛奇亞一口咬住。
之前足足進行了二三十分鐘激烈戰斗的三圣鳥，在短短的不到30秒時間內，就被洛奇亞全部制服，然后被洛奇亞用光給困住。
這個時候三圣鳥們也恢復了清醒，目光無比恐懼的看著洛奇亞，而洛奇亞則憤怒的看著他們，不斷的發出咆哮。
“天呀，因為三圣鳥害死了大量海中的動物和口袋妖怪，所以洛奇亞居然要殺了三圣鳥，懲罰他們犯下的錯誤！”火箭隊的喵喵聽到了洛奇亞的話，激動的說道，然后這話也傳到了一旁小智的耳朵里面。
嗯，不要問為什么火箭隊會在這里，畢竟火箭隊是無處不在的，號稱真主角是也。
得知這個結果之后，小智就沖到了洛奇亞的面前慷慨陳詞，表示三圣鳥并不是因為自己的錯誤而造成災難的，而是因為人類的錯誤陷入瘋狂之中的，在此之前幾百年的時間里面，三圣鳥都沒有犯過錯，不能夠僅僅因為這一次事情，就殺了三圣鳥，應該給他們改過自新的機會。
洛奇亞一開始是完全不打算理會小智的，他打算直接將小智給打飛出去，但是關鍵時候，小智的身上卻出現了夢幻的虛影，讓洛奇亞陷入了沉思和猶豫之中。
然后洛奇亞居然直接開口，口吐人言道，他可以給小智一個機會，讓小智指揮三圣鳥來和自己戰斗，只要在小智的指揮下，三圣鳥能夠讓洛奇亞制造一個傷口，他就給三圣鳥改過自新的機會。
然后就是一場激動人心的戰斗，在小智這位實力忽然莫名其妙的增加了實力的超級訓練師的指揮下，三圣鳥和洛奇亞開始了一場恢弘的對戰，而這場戰斗自然也是全場特效拉滿，每分每秒燒的都是上萬美金，看的觀眾們嘴巴都捂住了，似乎連呼吸也都忘記了。
最后在小智的機智之下，原本充滿了分歧的三圣鳥，終于緊緊的團結在一起，各自利用自己的技能配合戰斗，在經過足足10多分鐘（電影時長）的戰斗，成功的打破了洛奇亞的護罩，在洛奇亞的眼睛邊上，造成了一條傷口。
大戰過后，洛奇亞履行諾言，放了三圣鳥一條生路，不過三圣鳥之后必須要相互之間互相配合，重新恢復三圣島附近的生態平衡，讓死去的水族們重新繁衍起來，彌補他們犯下的錯誤。
同時洛奇亞也給了小智一個蘆笛，告訴他，他是它見過的最聰明也最勇敢的人類，以后他只要在海面上吹響蘆笛，洛奇亞就會出現，幫助小智一次。
至此，《口袋妖怪·洛奇亞爆誕》的主要劇情，就基本結束了。