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在原本的歷史上，康熙元年九月，滿清朝廷任命瓜爾佳穆里瑪為靖西將軍，馬佳圖海為定西將軍，那穆都魯賴塔為前鋒營統領率領八旗兵匯合四川總督李國英，提督鄭蛟麟；湖廣總督張長庚，提督董學禮；陜西提督王一正等先后出兵二十四萬多人圍攻夔東十三家。經過三年激戰，劉體純、袁宗第、郝永忠等人先后失敗。到康熙三年八月五日，夔東農民義軍的最后一位首領有“小老虎”之稱的李來亨部眾受到十萬清軍圍攻，“虎帥”將金銀財寶分與眾將士，令部下分散突圍逃命，他自己則在茅麓山全家，實現了自己“永不降清”的豪言壯語。夔東不愧是農民武裝，雖然失敗了，但是在民族大義面前能夠殺身成仁，舍生取義，表現出了崇高的民族氣節。
茅麓山之戰后，中國大陸上再也沒有“明”旗了。康熙朝的頭四年怕也真是滿清天命到來的時刻。李定國、鄭成功、李來亨、張煌言先后離開人世，轟轟烈烈的反清斗爭基本落下帷幕。只剩下不正經的鄭經也就是鄭錦還在中國臺灣茍延殘喘。不過，讓人欣慰的是，不可一世的滿洲八旗的輝煌，也隨著大明抗清最后的余暉而一起沉降。
滿洲八旗的鼎盛期一去不返，從元氣到精神、作戰能力都再未恢復到過去的狀態，開始走向漫長的衰落。而滿清的統治更多是依仗其較強的政治才能和領悟力在危機中延續下去。康熙十二年，三藩亂起，滿洲八旗軍隊又一次次敗在吳三桂、鄭氏軍隊的手下，以至清廷不得不主要依靠綠營為平亂主力。同吳三桂交手的主戰場上，滿洲主力畏戰、消極避戰成了家常便飯。即使在福建面對衰落的鄭氏勢力，竟也是慘敗連連。
甚至在海澄之役中演出了離奇一幕：
被圍于海澄的滿軍和城外救援的滿洲大兵，竟互相消極推諉，連逃命都不積極。
此次滿洲援兵的主帥，正是當年在廈門覆師的正白旗巴牙喇甲喇章京賴塔。面對人數并不多的鄭軍，他竟無膽力戰解圍，只對城里的統帥正藍旗副都統、列議政大臣穆赫琳“再三移文令其殺出。”
穆赫林一伙回應竟是“我等何須力戰賴塔等兵甚多，彼若不救我等，其罪大矣！”
如此風范，真比解放戰爭中的國民黨軍隊還不如。最終，明鄭軍攻克海澄，穆赫林自殺，數千滿洲精銳或死或投降，全被盡殲。城外的鑲紅旗參領兼二等輕車都尉達色，也自知救援不力，畏罪自殺。明鄭軍挾勝利余威，繼續進軍，游騎十余人竟敢縱橫于泉州郊外，肆意和挑釁性的在滿清大營外指點窺探，而滿洲八旗竟畏敵如虎，龜縮巢中不敢出城，創下了漢滿戰爭史上的新紀元。
滿洲八旗的無能，深深震動了少年康熙，直到三藩亂平后，康熙仍心有余悸的感慨“幸賴天地祖宗之靈”，“倘若三藩造反再延數年，將若之何！”也就是說，康熙自己都對為什么勝利而心里沒底，但唯獨明白一件事：清廷其實并無勝利把握。
歷史上滿洲八旗持續衰落，而在李存真穿越的這個時空里滿洲八旗和蒙古八旗根本就不是衰弱的問題而是已經快要壽終正寢了。滿蒙是聯合在一起的，蒙古八旗備受信任。當日后的孝莊皇太后博爾濟吉特布木布泰的心腹愛將章佳達素率領滿洲八旗精銳開赴廈門戰場打算給國姓爺鄭成功來個“摧枯拉朽”的時候，北京的太后和皇帝的安全就留給蒙古八旗保衛。其實，滿清的蒙古兵一共有十一個旗，但是有三個旗九千多人直接隸屬滿洲八旗麾下，這才有了蒙古八旗。從這里也可以看出滿蒙確為一體。
但是此時，蒙古八旗也受到沉重打擊。順治時蒙古八旗一共有佐領即牛錄一百一十七個，半分佐領五個，到雍正時候才增加到二百零四個。每個牛錄二百人計算，順治時蒙古八旗共有兩萬四千人。但是，經過淮安之戰和坐天山之戰，蒙古八旗損失了一半以上。
歷史上，兩百年后，太平天國橫掃滿洲八旗如摧柘拉朽，捻軍則同滿蒙鐵騎進行了中國歷史上最后一次漢胡騎兵大會戰，也以漢人的完勝告終。這些都是在清廷的政治優勢面前一個個煙消云散的。
如今，不用等兩百年了，現在的滿清其統治已經岌岌可危！急需出現一位能人起到“定海神針”的作用！
由于李存真的出現，達素、索渾、穆里瑪、李國英、張長庚、孫思克、王進寶、胡文科、譚弘、譚詣等人都已經身死；賴塔成為了明李在滿清朝廷中的奸細；王輔臣、武世權、董學禮、董衛國、高明瞻等人拱手投降；張勇、趙良棟、王一正等人被打敗已成喪家之犬。
闖營不僅保住了夔東地區還把勢力擴大到重慶和勛陽；西營也沒有徹底被擊敗，李定國沒有死，白文選也沒有被迫投降，在明李水真臘部和暹羅的支援下已經在滇西展開反攻，積極準備給出兵四川和湖南的平西王吳三桂集團來個“”戰。魯王系雖然遭到巨大摧殘，但是張煌言卻仍然生龍活虎，現在正奮斗在湖南，坐天山之戰中就是他的士兵把順治大卸八塊。
美中不足的便是國姓爺鄭成功的死亡。李存真使勁了渾身解數，可鄭成功還是在西元1662年，農歷五月初八病故。神醫張安也沒有挽救他的性命。
鄭成功是民族英雄不假，但也是海盜和商人，他和他的父親，同屬民族英雄的鄭芝龍是十七世紀大航海時代的中國代表。同樣也代表了資產階級。如果非要按照馬圣人的社會發展五階段論來看的話，鄭家父子無疑是所有反抗清軍勢力當中最先進的，因為他們代表資產階級也代表東方的海洋文明和海洋戰略。
鄭家父子的抗清活動其實應該屬于一場“資產階級”革命，也就是資本壯大之后打算控制國家的企圖，只是這場“革命”被扼殺了。明鄭的滅亡不僅是漢人的悲劇，歷史的悲劇，更是中國的悲劇。新興的資產階級成了明朝迷惘的陪葬品。x
李存真橫空出世，改變了很多東西。在鄭家這里，他阻止了明鄭數名大將被滿清擒殺，阻止了黃梧挖鄭家祖墳，阻止了滿清遷界禁海。但是李存真沒有辦法阻止蘇克薩哈殺鄭芝龍泄憤，更沒有辦法讓鄭經正經一些，不要和自己的乳娘亂來，生下鄭克臧。也沒有能力像給南洋十三太保、楊家姐弟、張一鳴得人當教師爺一樣，改變鄭成功的性格。派去了神醫張安也挽救不了鄭成功的性命。
更何況，鄭成功極有可能是被人下毒害死的，李存真雖然來之后世卻并不清楚來龍去脈，如何防范 而鄭成功的個人悲劇正是其性格使然。鄭成功本就殘忍好殺，近乎暴虐。占領臺灣之后，剛愎自用、果于殺戮的毛病愈演愈烈。文官稍有微故就被全家殺掉，兇暴如此，最后逼得親兒子鄭經與金廈軍民聯手拒命，將之孤立于臺灣。導致其在久盼金廈音訊未果的絕望和悲憤中氣急身亡。即便是遭人下毒也是因為鄭成功太過狠辣，下毒者為求自保而已。
縱觀國姓爺的一生，為了狹隘的私利多次不顧抗清大局，但收復臺灣畢竟使漢家衣冠在這個海外孤島又延續了二十年。他為抗清練出了一支強大的軍隊，即使在他逝世后，鄭氏軍隊的戰力仍保持了相當長的時間。
南明吳王二年，李存真在洪武門小廣場上抱著甘輝痛哭失聲，是高興還是難過，其中滋味自有人知。
吳王三年，當初沒有和甘輝一同北上的明鄭猛將周全斌因為與洪旭不和，恐回臺遭不測，便在三月來到廈門投靠明李，這一來又帶來了四千多兵，一百 此前，也就是在甘輝到達南京之前，鄭鳴駿、鄭纘緒和鄭襲便率領萬余精兵，一千六百多官員，近七百艘戰艦投奔明李。
國姓爺鄭成功的死讓李存真坐收漁翁之利。李存真心道：世事不由吾輩！國姓爺啊，沒有想到廈門一別竟是永別，我還以為能夠和你一起恢復中國，馳騁大海，開疆拓土，為我華夏開拓生存空間，構筑一段歷史佳話呢！沒想到這個愿望永遠無法實現了。但是，你放心吧，革命事業吾輩必將繼續。div