順治的大軍一路沿著運河南下。本來，太后打算向李存真發出一些信號誤導他說順治將會從河南地區直接進攻鳳陽。騙開李存真的主力，好使清軍能趁李存真不備，一舉抵達揚州，威懾南京。
可是，順治的大軍人數眾多，實在也無法隱藏行蹤。到了六月，順治的大軍便過了山東，匯合了山東綠營祖澤溥，便朝著徐州殺來。
南京。常琨用水刑處決了甄從滿。那家伙可能是上了太后和索豐的當，非故意地誤導常琨說順治不會南征，也可能是得了太后的好處，舍得一條命，就是要騙常琨等人上當。總之，甄從滿的消息是假的，順治真的南下了，這出乎南明方面的意料。
李存真本以為有時間應付，可是順治急急而來，竟然沒有給他太多準備的時間。
兩個月內李存真集結了十萬人，其中最有戰斗力的還是自己的老營，同時還有原明鄭的兵將。通過老兵帶新兵的方法，現在的人數比北上的時候多了很多，勉強也有一戰之力了。
其中有淮東軍的第一師，淮西軍的第一師，近衛軍的第一師。同時，李存真通過思想政治工作又轉化了不少滿清綠營的披甲兵，主要是近衛軍的第二師和第三師。其中近衛軍第二師是滿員的編制，許多都是曾經的綠營老兵。李存真認為即便是舊式兵將，照樣也有擊敗滿清的實力。否則李定國的西營也不是新式軍隊，照樣兩撅名王。近衛軍第三師，有一些是投降的綠營兵，但是還有一個半團都是新招募的南京、鎮江等地的市民組成的新兵。
李存真將這十萬人從徐州、邳州、宿遷、清河、淮安直至高郵一路縱向排開。擺了個一字長蛇陣，不過，這不是一條東西走向的蛇，而是南北走向的蛇。蛇頭就在徐州，而蛇尾則在揚州、高郵一帶。
李存真期望通過節節抵抗，伴隨著江南的梅雨，消耗清軍的實力，使清軍抵達高郵州附近的時候已經筋疲力盡。而明軍便可以趁勢反擊，一舉擊敗清軍。
六月末，滿清安親王岳樂和賴塔率領滿清前鋒與趙無極的淮東軍在徐州城外打了一仗，稍一接觸，淮東軍便撤退入徐州城。清軍隨即圍困徐州。
不久，清軍架起火炮攻城。趙無極在城內也組織反擊，雙方爭奪了一天，互有死傷。夜里，趙無極打開徐州南門，率領軍隊從南面突圍。
順治本以為這是一個圍點打援的大好時機，也沒有認為明軍會如此輕易地放棄徐州，并沒有做更多的防范。導致，突圍的明軍拼死殺出，卻沒有遇到什么像樣的攔截，很快突破清軍的包圍。后面的淮東軍第一師的兩個團，很快穿過清軍防線南下。
此后在邳州，也就是三國時的下邳也是如此。清軍攻城，明軍給予清軍殺傷之后便南下。
從徐州到邳州再到宿遷，清軍整整打了兩個月。
到了七月末，江南的梅雨正是下得粘稠的時候。清軍冒雨前進，好不容易推進到了淮安城下。此時李存真率領明軍主力，乘坐戰船北上也來到淮安。
淮安府最著名的當屬洪澤湖。洪澤湖碧波蕩漾，如同一滴眼淚靜靜地淌在淮南大地上。
此時的洪澤湖與后世不同。后世的洪澤湖如同一把倒立的鐮刀，刀刃朝北，刀柄也指向北面，這是由于黃河多次改道，造成淮河流域泛濫所致。其中泥沙淤積，導致湖水蓄洪能力減弱，常常發生水患。
而本時空的洪澤湖，仍然保持著萬歷十年，也就是1582年時候的風貌。湖面呈現不規則的橢圓形，從東北到西南如同一只眼睛掛在臉上。東北的眼角是烏頭鎮，而西南眼稍則是盱眙和泗州。此時的洪澤湖內還有一座小島，名叫洪澤島。島雖然不大，卻坐落著將近五十戶人家。
由于洪澤湖連接了淮安和盱眙，因此李存真特意將水師的兩百艘戰船布置在洪澤湖中，用來支援兩邊的淮安和盱眙。洪澤湖上的小島則成為轉運物資的基地。
順治十八年八月初一，滿清分兵兩路，一路繞過洪澤湖攻打盱眙和泗州，一路由順治親自率領來奪淮安。淮安之戰開始了。
李存真得知清軍分兵攻擊盱眙，立刻傳令淮西軍，命令呂英杰和何天驕立刻離開鳳陽率軍增援盱眙。而他本人則在淮安營地。
八月初三，綿延了兩個月的梅雨終于停了，天空放晴了。艷陽炙烤著淮南大地，一切都顯得那么得生機勃勃。可是，雖然萬物都在夏天努力地生長，迸發生命的激情，明清雙方卻注定要有人在這樣的日子永遠地閉上雙眼。
就在昨天，清軍付出了一千多人死亡，兩千多人負傷的代價，拼死奪取了運河北面的草灣，把明軍徹底趕到了運河南岸。
今天，清軍氣勢洶洶，這便是要來奪運河南面的清江浦和烏頭鎮。清軍仗著人多勢眾，也不選一處攻打，反而兩處下手。艷陽之下，運河北岸人聲鼎沸，旌旗招展，清軍正在準備戰船渡河。
看著鼓噪的清軍，張煌言說道：“元首，順治打仗喜歡使用蠻力。徐州如此、邳州如此，宿遷如此，現在又不顧傷亡地要奪烏頭鎮和清江浦。難道他不知道偷過的嗎？”
李存真笑了笑說道：“不，順治并非愚蠢之輩。他這是在和我們打消耗戰。”
“消耗戰？”張煌言不解地問，“難道是因為他認為自己的人比我們多？換人命嗎？”
李存真點了點頭說道：“清軍入關的時候戰斗力確實很強。但是經過了七八年之后，滿洲八旗的戰斗力就明顯下降了。那個時候打仗滿清其實就已經依靠綠營了。否則不少漢將也不會在那個時候反正。
滿清的軍隊一個是靠名聲嚇唬對手，一個是靠綠營消耗對手。可是自從遇到了晉殿下之后，滿清戰無不勝的神話被打碎了。那以后滿清就是依靠自己的體量，依靠龐大的整體實力擊敗對手。西營被擊敗是這個原因，國姓爺也是這個原因。
現在順治憑借全國之力和我爭奪南京，仍然是這個策略。雖然六月以來的這幾仗，我們累計消滅了清軍將近兩萬人，可是我們自己也損失了不下四千。滿清三路圍攻，洪承疇、尚可喜、李率泰還有拔山等人仍然是我們需要對付的大頭。所以順治肆無忌憚。”
陳顯祖說道：“不僅如此。順治畢竟是韃子皇帝，三路圍攻，如果他最后一個到達南京城下豈不是落了下風？所以，順治急于進攻，更急于決戰。這并不關系到軍需給養，卻關系到順治的政治威望。”
李茂之說道：“難道他沒有想過，劉邦進咸陽的道理嗎？會不會讓洪承疇先到南京？”
陳顯祖說道：“這一次滿清的貴胄都在順治這一路，如果滿清不能迅速擊敗我們的主力，以后還怎么在漢軍面前，在漢臣面前耀武揚威？”