崇明島是個大島，位于長江口，后世屬于上海市管轄。這是一個因泥沙淤積而形成的島。明朝二百多年的歷史中，到嘉靖皇帝初年時崇明仍然是四個島嶼組成，西北面的崇明沙，東南面的南沙，中間的長沙和三沙。到了萬歷后期，四個島便合成了一個大島。所以，崇明縣城仍然位于最開始的崇明沙上。在原本的長沙上還有一個劉河堡中所。
為了防守縣城，陳慎將劉河堡中所的所有百姓和官兵全部聚積到崇明縣城中。在縣城外特意造了西北、西南兩座土城以為掎角之勢，同時也是為了安置難民。
公歷七月二十六日清晨。李軍趁著崇明守軍防守疏忽，展開偷襲。趙無極、白駒、姜誠率領一千精兵攻打西北土城，呂英杰、何天驕、武達摩率領一千鄭軍精兵攻打西南土城。
海上飛龍號上的四十磅大炮發出怒吼，振動著整個崇明縣城。李軍士氣高漲，作戰英勇。當官的帶頭沖鋒，先是火槍齊射，打得土城里的士兵不敢露頭，接著就是加上梯子攻城。土城本身高度只有四米多，海盜們后背背著鋼刀，手上拿著短矛，七八步就攀爬等成。到了城上，朝著清軍就投去長矛，然后拔出背后鋼刀砍殺。不到一個小時崇明縣城外的兩座土城就被拿下。俘虜清軍四百多人。
崇明縣城沒了土城的保護立刻就成了甕中之鱉，陷入圍攻。只是崇明西部空間狹小兵力難以展開。清軍將領將大部分青壯全部聚集在西側防守。
李茂之建議從炮艦上卸下大炮轟塌城墻，可是李存真卻搖頭說道：“崇明的清將陳慎和劉國玉并非無能之輩，特別是陳慎其人雖然老朽卻也不失剛猛。不僅打敗國姓爺，而且還繳獲了國姓爺多門紅夷大炮。況且城上也有火炮，攻打不易，前車之鑒不能不查。而且，我們的人雖然多可是也金貴的很。況且崇明城中畢竟有幾萬男女，又有地利優勢，攀城不易。即便是轟塌了城墻又能如何？還是要靠巷戰取勝。到時候會死多少人？”
李茂之不解地問：“那么以盟主之見，該當如何？”
李存真說道：“崇明縣城臨江地域狹窄，我軍無法投入足夠多的部隊同時參與攻城。只有城西門以外野地比較開闊，這里可以成為攻城的主戰場。我想國姓爺就是把這里當成是主攻的方向，不論是地上殘留的彈坑還是燒焦的火堆都能證明這一點。看這城垣就知道，國姓爺攻城很是急切，這崇明城多處塌方，現在雖然修好了，可難以用堅固二字來形容。我們可以用一部分兵力在臨江的狹窄地域牽制守城的清軍，而讓大部隊在西門外集中攻擊。”
李茂之說道：“好，我這就傳令下去。”
李存真說道：“不要急著進攻，列陣以待，看我整塌他城墻。”
且說，崇明知縣陳慎好不容易才打退鄭成功的進攻，本以為再無威脅，可怎么都沒有想到，緊緊過去不到三個小時，明軍又來了。而且此次的明軍一個個紅著眼睛好像是來找他報仇的，可是自己從來不記得什么時候得罪過明軍啊，興許是因為以前擊敗過張名振的緣故吧。此時，崇明縣城的城墻才修補好，護城河還沒有來得及挖開。明軍也不喊話上來就進攻，看樣子士氣高漲，怕是難以對付。
此時，崇明綠營已經盡數給梁化鳳調走，城中只有團勇。但是陳慎卻并不害怕，此次前來的明軍沒有鄭成功的多，鄭成功尚且奈何不了崇明縣城，城下明軍又如何能行？但是，面對明軍，陳慎也不敢大意急忙命團勇上墻防守。
李存真騎馬來到城下，在城上火炮射程之外站穩大喊：“崇明的百姓都聽好了！我乃霹靂雷火上天大將軍，今天接受了玉皇大帝的旨意來接收崇明，爾等速速投降免得生靈涂炭。”
陳慎聽罷心中鄙夷，人就是人，胡說八道，說自己是神仙？還什么霹靂將軍，若真是如此天下豈不都是你的了。于是命人答話：“將軍若果然是天人便叫天兵天將打塌我崇明城墻，我等自然甘心歸順。若是不能，不要裝神弄鬼，速速歸順大清，我大清天命所歸，你等正好順天應人。”
李存真本來也沒打算憑借幾句話就讓陳慎獻出崇明縣城。既然已經喊話完畢，自然打馬回陣。下令道：“穴攻崇明！”
常琨等回答：“是！”
李茂之慌忙上前勸阻：“盟主不可，這崇明城池十分堅固，我等新到銳氣正盛，又有許多攻城器械完全可以一鼓作氣登城作戰，搞這穴攻怕難取勝。”
李存真大笑道：“茂之先生句句金玉良言。可今天我卻不能聽你的。但凡讓先生看看我的手段。用不了十二個小時，就是六個時辰，我便能拿下崇明，你信不信？”李存真尋思著自己既然來了清朝也應該適當地說話半文言半白一些，可是他不是學古漢語出身，遣詞造句拿捏不準。
在場眾人，趙無極、呂英杰、何天驕、姜誠和武達摩等人無不面面相覷，不知道李存真葫蘆里面賣的什么藥。
“開始吧！”李存真對常琨下令道，轉而又對眾人說，“各部隊加緊時間休息，老營列陣防守，防止崇明清軍出城來個突然襲擊，保證常琨土工作業。”
陳慎的部隊已經安排妥當，可是半晌卻不見明軍來攻，頗感納悶。此時有團勇小校指著對面的明軍大喊：“海逆在掘土。”陳慎趕快眺望，見到“鄭軍”果然在掘土。
難不成是穴攻？陳慎百思不得其解。心想：我已經探聽到消息，江寧城下海逆大敗，此時梁提督肯定帶兵星夜前來救援，都這個時候了這些逆賊居然還要穴攻，真是不自量力。況且，穴攻就穴攻吧，總得隱蔽而動才能發揮奇效。為何如此明目張膽？難不成欺我輩愚魯？
當即下令，崇明縣城內也開始挖壕溝，壕溝要深挖，對抗明軍穴攻。