電影中，前期的日常劇情部分片段用的是TV版的鏡頭，有人覺得是偷懶，但會場內大部分的圓迷們，都感覺十分的親切，這本身就是一個粉絲向的電影，這個才是一個彩蛋。
前期的日常劇情十分的溫馨，雖然人們目前還不知道為什么劇情會這個，但是他們相信，后面，會給出解釋的，或者，這個世界，是另外的時間線。
這里，曉美焰再一次的轉學出現了，麻花辮，非常柔弱的樣子，她的出現自然是十分的興奮，這個畫面，用心里的話那就是‘刻在了DNA里面的畫面，簡化字不能忘記’
日常，自然是五位魔法少女之間的日常，十分溫馨溫暖感動。
魔女之夜，在TV版中到了世界毀滅的時刻，但是在現在的時間線，就是一個平安的夜晚，這一晚上，小圓與曉美焰第一次銀庭獨處的情節出現，進行了對話，其大致就是想要一直這么下去的話。
在本作中的一個片段中，學姐哼著自己的傳教神曲（在TV版中處刑的背景樂，還收養了TV中使自己斷頭的貝貝。）
接下來進行了仁美的夢魘大作戰，仁美，沙耶香的閨蜜，因為上條的原因，逐漸夢魘化。
這里魔法少女之間的實力配合無疑是十分的賞心悅目，因為經費充足的緣故，哪怕僅僅只是這里的打斗都是是相當的高質量，尤其是展現了TV版中所沒有的組合技，變身二重唱，非常刺激，并且，張北川在這里這里劇情的時候，在每個馬猴燒酒變身的背后都進行了隱喻，當然，能否看得出來就是另外一種事情了。
尤其是將夢魘捕捉后，下一場景展現的卻是后面傳播最廣的一個圓桌場景，五個魔法少女坐在一起，圍繞著中間的夢魘，貝貝化身真身漂浮空中，五個魔法少女以此唱出了‘蛋糕歌’被貝貝吃掉，隨后消滅，在進行凈化仁美，沒有悲傷之種。
此時的描寫刻畫完完全全的就是一個真正的魔法少女動畫，溫馨，給人心里無盡的溫暖。
下面的觀眾也在小聲音的探討。
“我天，這么美好的嗎？完全不是老虛的手筆啊。”
“我在懷疑有人握住了老虛的筆，不讓他寫。”
“老虛從善了？但是感覺北川老賊不應該啊。”
“北川老賊：就這？就這？后面我會讓你體驗真正的恐怖。”說這話的人完全就是聲情并茂的模仿語氣。
“哈哈，老虛：我想從善，北川老賊表示自己手里的刀還沒放下呢？”
此時，劇情開始逐漸有了伸展，日常活動中，曉美焰發現了日常生活的不對，除了日常路人臉都是一樣的，甚至于，腦海里面也出現了一些別的記憶。曉美焰的臉色也變得有些不對勁，這讓很多人心里一慌，谷野純心里更是如此，慌得不行，一種害怕的感覺。
實話實說，北川老虛這兩個筆名的混合，她就能感覺到無邊的偉力籠罩在自己的心里，只是前期實在是太甜了，才讓她忘記了這一點，現在，她又重新回想起了當年，被小圓籠罩的那一刻，無邊的治郁。
曉美焰將心里的想法告知了杏子，最后，倆人決定一起探索真相，隨后，倆人發現，無法走出見瀧原（居住的小鎮）的外面，這里只是一個結界——魔女的結界。
在小鎮的外圍，魔女的使魔出現了，這些使魔守衛著鎮子的邊緣，無法讓人出去。
曉美焰的記憶逐漸恢復，見瀧原整個全部都是虛假的，她懷疑是學姐身邊的貝貝的原因，因此，曉美焰將時間停并將它抓住，只是，在最后，學姐隨之出現，并阻止了曉美焰的行動，學姐能夠在時間停止的世界活動，是因為她本身就知道曉美焰最近有異常，在她的腳底腳種下了延時魔法，在學姐與小焰之間形成絲帶相連，從而可以自由活動。
曉美焰想要殺了貝貝，來證明整個世界的真相，學姐自然不信，因此，倆人戰斗了起來，這是一段精彩的對決打戲，額，槍戲，倆人之間完全就是超級火力的對槍，時間停止的彈道刻畫都是非常的厲害。
就是完全看不出來這是魔法少女之間的打斗，完全就是兩個軍火庫的傾瀉火力，但不得不說，這段打斗，實在是真的爽。
最后，經過一些手段，但曉美焰最終因為一些原因而失敗了，被沙耶香給救了下來，沙耶香也恢復，記憶，此時，倆人之中有一個重要的談話，為什么沙耶香會有這個另外的記憶？曉美焰想要抓住，沙耶香卻消失了。
曉美焰孤獨的走在路上，獨白和背后的油畫有著寓意。
最終，曉美焰一切都響了起來，這個龐大的結界，是自己創造的，十二點鐘，曉美焰成為了魔女，并創造了這個結界，QB見一切目的都達到了，終于現身了出來，并解釋了這一切。
小焰一直與魔獸作戰守護著小圓熱愛的世界，只是由于始終見不到小圓，并且一想到小圓變成了圓環之理，務必的悲傷孤獨，終于，有一天被絕望充滿，變身為了魔女，但是QB想出了一個驚人的計劃，他們把即將魔女化要被圓環之理接走的小焰關在了一個與外界因果完全隔離的結界中，其目的，就是我為了控制化圓環之理，qb也完全相信，曉美焰，一定可以吸引到小圓的到來的。
曉美焰也是知道了QB的想法，為了小圓著想，她決定成為魔女自殺，也是為了救小圓，最終一站終于到來了，這里是叛逆的最高潮，QB低估了小圓圓環之理的力量，沙耶香牽制了魔女化的曉美焰，杏子，學姐，小圓將整個結界破壞，戰斗中，沙耶加道出了自己與貝貝身為圓環之理一部分，因此擁有者記憶。
最后，小圓和曉美焰合力將所有屏蔽儀器以及所有QB一起毀掉了。
圓神最后出現了，曉美焰詭異的一笑，說道：“我一直在...等待著這一刻。”
說完，身體爆發除了黑色的能量，圓神被分成了兩部分，圓環之理中小圓成為人的人性的一部分被曉美焰剝奪了下來，圓神分為了兩個人，宇宙第二次的被改寫了，曉美焰，變成為了——魔。
曉美焰創造了包圍了宇宙那么大的結界——銀庭，將小圓的人性剝奪，將圓環之理隔絕在外。
曉美焰承受了一切。
小圓也可以恢復成普通的少女，失去了記憶，作為轉學生再次和人們結識，只是，圓環之理始終和小圓有聯系。
因此，倆人比必定會有一戰，神與魔的戰爭。
只是，那要一段時間了，也不會在本劇場版中出現。
最后的片段，是狗咖喱的創造的文字作為結束。WERGATGETRUMT？
翻譯是：誰在做夢？
《叛逆的物語》如同夢幻，無處逃脫。