順軍輕騎縱橫雪域高原，一時間大雪滿弓刀，百騎奔馳，沖破浮屠廟宇。葛爾丹即便有經天緯地的才能，以區區藏軍部眾，也難以抵擋順軍將士的猛烈沖擊，當時大敗，潰不成軍。
原本依附于葛爾丹和達賴掀起叛亂的前后藏地方貴族，也相繼歸附大順，四處截擊叛軍，形勢瞬間扭轉。
各大寺廟紛紛向順軍提供糧食、茶葉、奶茶、酥油，李懋亨揮兵急進，一路沖擊至日喀則，葛爾丹妄圖閉城死守。
但是大順軍將士用燧發槍火力壓制城頭，先鋒銳士登城強攻，半天時間就跨過土圍，攻入城中。
葛爾丹一敗再敗，幾乎產生了服毒自殺的想法。
他是一名虔誠的黃教信徒，此次起兵反順，不僅僅是因為得到了其兄長僧格渾臺吉的授意。
更主要還是因為葛爾丹極為尊敬的達賴也贊成興兵反順，所以他才四處串聯，請準軍進入雪區驅逐大順。
現在兵敗如山倒，達賴立即變換臉色，準備派遣僧兵捉拿葛爾丹，將藏軍屠殺米剌印和秦中士大夫的罪責，全部扣到葛爾丹一人頭上。
葛爾丹驚聞噩耗，空前震驚，他在絕望之中跳下山崖自殺，摔得粉身碎骨，尸骨無存，此后雖然經過順軍多番搜尋，也沒能找到葛爾丹的遺體。
這還在雪區高原上留下了葛爾丹涅成佛的傳說，后來受到大順軍血腥清洗和報復的黃教僧侶，因此編造出了葛爾丹未死，而是涅成佛，將在百年后如蓮花般歸來，領導黃教僧俗驅逐順軍統治的傳說。
而五世達賴，他逼死葛爾丹，又逮捕了葛爾丹左右的一批準部貴族。妄圖用這些衛拉特蒙古貴族王公的首級，來平息大順軍的怒火。
可李懋亨早就獲得了朝廷的授意，此次進入雪區，一定要徹底改變雪域高原上的政治結構，鞏固大順的統治。
李懋亨率軍進入拉薩以后，立刻將五世達賴誘捕，押解回京。接著又召集了前后藏的各主要地方貴族、大喇嘛，召開了噶廈會議，重新選拔了出身青海的一位幼齡童子為第六世達賴。
李懋亨向朝廷上書，請以大將趙自牢為西藏都督府都督，并從雪區的地方貴族中選擇了頗有威望，又協助大順軍進兵的四名首領為副都督。
為避免權力集中于一名雪區地方的世襲貴族手中，順朝采取了眾建諸侯的方式，往往同時冊封四到六名親附大順的貴族首領為副都督。
一般情況下，雪區的軍政要務，都由這幾名副都督共同辦理，由順朝直接委派的都督，則并不負責日常軍政事務，只有在面臨重要危機的時候，才會插手干涉雪區事務。
同時，為了削弱這些地方世襲貴族首領的權力，順朝又強制規定他們擔任副都督以后，必須離開其世襲領地，到拉薩來常住、辦公。
以此分離了這些地方豪強同自家領地間的關系，使得擔任副都督的重要貴族首領，喪失或不方便利用自身領地的兵力發動叛亂。
稍稍整理雪區軍政要務以后，李懋亨便命趙自牢領兵二千人屯拉薩，自己率領其他兵馬先行返回青海。
此役大順軍以風馳電掣般的驚人速度，快速行軍，翻閱了數千米高的雪域山區，在絕域荒原高速行軍六千余里，迅速戡平了葛爾丹之亂。
又以強大的武力為依托，對雪區叛亂的僧俗權貴領袖展開了血腥清洗，誅除了大小僧俗貴族十幾家，重新建立了以都督府的四大副都督為首的雪區軍政機關，鞏固了順朝對雪區高原的支配。
從這以后，直到順朝與盤踞印度次大陸的呆迷兒帝國展開爭霸戰為止，雪區都督府獲得了長達數十年的太平安定時期。
也是在這段時期內，來自順朝的語言、文字、文化、商品，開始大量流入雪區，增強了青藏、川藏等地之間的往來交流。
不少雪區僧俗兩界的大貴族子弟，也紛紛前往東京求學，或受大順爵位封號。
但是在當時，李懋亨迅速戡平雪區之亂的巨大戰功，卻沒有引起多少人的注意。
因為就在葛爾丹掀起叛亂的同一時間，他的兄長，執掌西蒙古四衛拉特聯盟的僧格渾臺吉，已經趁著順軍注意力集中到西南一隅的時候，趁機出兵，繞行阿爾泰山之北，從大順軍勢力所不及的漠北草原出發，插手到了喀爾喀蒙古的內亂之中。
漠北的喀爾喀蒙古，本有扎薩克圖汗、土謝圖汗和車臣汗三部。
崇德三年，三大汗分別派使來沈陽，向皇太極呈表稱臣，獻上“九白之貢”，即每年進貢白馬八匹，白駱駝一頭。蓋清崇白，貢此表示吉祥。皇太極大喜，他曾打算參照漠南蒙古設四十九旗例，在漠北亦設若干旗，不料獲鹿大戰時突然病死，而未推行。
多爾袞掌權以后，試圖在喀爾喀8個札薩克，分左右翼，從而使喀爾喀蒙古與清中央政府的政治聯系更加密切。
但這時候清軍深陷關內戰爭，多爾袞被大順軍連續擊敗，最終在徐州之役中被李來亨生俘。
清軍在漠北草原上的威望也因此遭到了沉重打擊，此后，喀爾喀三部之間發生紛爭，扎薩克圖汗被殺害，所隸部眾多歸附土謝圖汗，新汗要求索回，沒有成效，雙方形成僵局。
扎薩克圖汗于是便向準噶爾部求援，僧格渾臺吉借此機會，插手到了喀爾喀三部的內亂之中。
他在天山南北實行了總動員，領兵三萬騎，繞行阿爾泰山之北，突然沖進了漠北草原。
準噶爾人獲得了札薩克圖汗的支持，沿途有喀爾喀蒙古人向導引路，因此可以大膽行軍，快速突襲，瞬間就打垮了喀爾喀三部中實力最強的車臣汗部，與札薩克圖汗的軍隊聯合于一處，接著進攻了土謝圖汗和黃教大喇嘛哲布尊丹巴的牧地，劫獲駝馬牛羊成千上萬，兵力也擴大至了四萬騎之眾。
準噶爾、喀爾喀兩部聯軍，合兵總計約四萬五千騎兵，接著南下闖入漠南草原。
明末不求生