達賴汗倉惶引兵抗拒，他是固始汗子孫中軍事能力最為杰出的一人，其自康區千里行軍、跨越艱難，為父報仇的一戰，堪稱經典。
可是此時和碩特蒙古軍隊雖然表現出了驍勇頑強的戰斗意志，而大順軍也由于長途跋涉的行軍以及不適應青藏高原氣候，表現并不盡如人意。
但是。
在兩軍交戰的關鍵時刻，達賴汗的后方卻又爆發了大批雪區僧俗貴族的叛亂行動。
和碩特汗國大軍受此影響，軍心大亂，在白天剛剛被蒙古軍隊擊退的順軍，經過商議以后，決定由米剌印、馬科兩人親自率軍，在當晚便趁著夜色，全力猛撲蒙古軍營地。
馬科的副將果毅將軍張國武引兵急戰，黑暗中連續踹破和碩特軍數個營盤，造成了敵軍的蜂擁逃竄。
米剌印故技重施，用打敗固始汗的戰術，再次重創了達賴汗，和碩特蒙古軍在黑夜中遭到襲擊，頓時大潰，余眾多遭到藏軍沿途截擊襲擾，基本上全軍覆沒。
只有達賴汗率領十余騎出逃西域，投奔了準噶爾部的首領僧格臺吉，繼續同大順軍為敵。
和碩特汗國滅亡以后，順朝即在雪區恢復了達賴系統的統治權力，但同時為了達賴系統的力量和保持順軍的軍事干涉力量，李來亨又提升了第巴系統眾雪區地方貴族的權力。
第巴本是達賴的管家，其由雪區宗教首領的日常生活總管，逐漸演變為雪區事實上的行政系統首腦。
此時得到順朝軍事力量的支持以后，甚至有了稱王的打算。
可李來亨絕無支持第巴取代達賴的打算，大順在雪區除了另外借軍事威壓力量扶持起數個宗教領袖以外。即在第巴系統內部，也廣建諸侯，使得雪區各地的地方貴族都可以進入拉薩第巴執政，實際上將第巴變成了類似順朝政事堂群相制的體制，杜絕了一人掌握大權的獨斷可能性。
此外李來亨又以米剌印為西藏都督府都督，留順軍精兵三千人暫駐雪區，以維系大順的軍事存在。
不過米剌印系回教教徒，不受雪區僧俗各界貴族的支持，后來大順發兵討伐準噶爾時，準噶爾部首領僧格臺吉便秘密授意他那個在雪區學佛的弟弟葛爾丹，聯絡雪區僧俗各界起兵驅逐順軍。將米剌印刺殺后，又坑殺了順軍將士兩千多人。
這以后，直到制將軍李懋亨、張國武率軍入藏俘殺葛爾丹為止，青藏地區都落入了準噶爾部的手中，一度成為順朝的心腹大患。
李來亨也吸取了西藏都督府設置失敗的教訓，改為采取了剝離雪區的方式以弱藏，除將青海全境并入甘肅省外，又將康區全部并入四川省中。
大順滅亡和碩特汗國的戰爭，也震動了天山南北。原本被固始汗留在天山南北的和碩特舊部，聞此噩耗，無不為之震驚非常。
準噶爾部的首領僧格臺吉也抓住這個機會，以共同對抗順軍擴張為由，強化了衛拉特聯盟之間的關系，而準噶爾部和留在天山一帶的和碩特殘部，為了爭奪衛拉特聯盟的最高領導權，其斗爭也達到了白熱化程度。
最終準噶爾部與和碩特殘部兵刃相見，大戰一場后，和碩特殘部被完全擊敗，準噶爾部順利實現了對西蒙古諸部的統一整合，實力大為上升。
然而一部分被僧格臺吉擊敗的和碩特余部，經由葉爾羌汗國占領的哈密地區，逃奔嘉峪關投奔順朝。
其時征虜大將軍郭君鎮已經因病回京，時任西北經略使的周祚鼎即決定收納這些和碩特部敗兵，于是命制將軍馬科、趙自牢領兵出嘉峪關迎接和碩特部敗兵。
結果順軍剛出嘉峪關，進入哈密地界不久，即遭到葉爾羌汗國兵馬的襲擊。此前和碩特敗兵穿過塔里木盆地東奔時，已經和葉爾羌汗國發生了許多沖突。
現在葉爾羌汗國準備興兵擊滅這些和碩特部殘兵，竟然連同順朝軍隊一起攻擊。
馬科、趙自牢隨即奮兵反擊，晝夜苦戰，由于不熟悉西域的地理環境，順軍損失很大，沿途因饑餓干渴而死的人，竟然有上千人之多，付出很大代價才順利帶著和碩特余眾撤入關內。
哈密之敗，再次引爆順朝朝堂之上的輿論爭議。
許多大臣都認為西域得失，于中原無關，不應該白白耗費這樣多的力量去同準噶爾部、和碩特部爭奪西域，還上書稱哈密之敗是因為天心厭戰，是上天在警示大順不能再繼續窮兵黷武下去了。
但也有不少關心陜西安危的元勛功臣，他們都認為哈密的得失關系著西北的安定，西北的安定則關系著這些元勛功臣們家鄉桑梓的安全。
勛臣們的政治能量可比那些科道言官強大太懂了，李來亨得到眾多陜西籍的勛臣背書支持，底氣十足，立即便詔令以劉芳亮為征虜大將軍，代替因為傷兵回京的郭君鎮出鎮甘肅，開始部署收復哈密的作戰。
葉爾羌汗國此時已經陷入嚴重的教派斗爭，早在阿布都克里木汗時期，天方回教的“和卓”一派即開始進入葉爾羌汗國。
阿布都克里木汗之子馬黑麻汗繼位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國內迅速發展。稍后，白山派也進入該國，要求分享黑山派的權力。兩派之間的矛盾越來越尖銳，甚至發生血腥廝殺。
后來黑山派擁立伊思瑪業勒為葉爾羌汗。伊思瑪業勒汗鎮壓白山派，白山派首領阿帕克和卓經克什米爾逃往西藏，達賴隨即將阿帕克和卓獻于順朝。
征虜大將軍劉芳亮得此奇貨可居以后，便命令制將軍趙自牢、康大眼率軍護衛阿帕克和卓進軍葉爾羌汗國，而準噶爾方面，也趁著葉爾羌汗國集中兵力對抗順軍西征的機會，大舉攻伐，奪取了全部的伊犁河谷一帶。
由于順軍以護衛阿帕克和卓建政為口號，葉爾羌汗國內部不少信奉白山派的教徒紛紛起兵響應，汗王大軍兵敗如山倒，數月以后即遭到趙自牢俘虜，獻俘宮闕于東京。
葉爾羌滅亡以后，西域出現了大面積的權力真空情況，準噶爾部趁機四面擴張，同暫時駐留在哈密附近的順軍接連發生沖突。
本就有意徹底擊滅準噶爾部，完全收取西域的李來亨，隨即便授意劉芳亮伐準全權，展開了一場規模浩大的新戰事。