南竄緬甸的孫可望，兵鋒繼續向各地發動擴張和劫掠性質的戰爭。他的重點打擊目標是緬甸本地的佛寺僧侶勢力，對于擁有武裝力量的緬甸封建主們，則采取了百般拉攏的措施。
孫可望的分化打擊，對后西明在緬甸迅速站穩腳跟起到了很大作用。他日夜習讀從北方傳來的種種順朝文書法令，學習李來亨的布置改革，并從中揀選出可供后西明政權使用的策略。
孫可望深知后西明朝廷身處海外異邦，面臨的是舉國皆敵的情勢。所以明軍除了打著天主教旗號，對所遇佛寺皆焚掠洗劫以外，對于一般民眾及封建主豪強武裝，都采取了井水不犯河水的態度。
明軍保持著嚴格的紀律，絕不劫掠一般百姓。
由于后西明從云南撤離的時候，是井井有條做好了充分的轉移準備。所以孫可望得以帶走了他積蓄在云南的云、貴、川三省公私府庫積蓄，這也使得緬甸的后西明政權，在財政上狀態十分寬裕。
不至于因為餉糧問題，而同本地百姓及封建主勢力撕破臉皮。
只是為了安置后西明的老營家眷俘虜，還有酬謝配合明軍軍事行動的本地華商勢力，孫可望在毀滅大批佛寺的同時，也將寺社占據的土地均分給了老營家眷、緬甸華人及本土貧民，借此獲得了第一批本土支持者。
從佛寺中繳獲的大批金銀財寶，除了拿給葡萄牙冒險家們，用于向西方殖民者采購燧發槍和新式紅夷炮外，便是用來賄買緬甸封建主，使其不至于同明軍作對添亂。
孫可望大約花了四個月的時間，初步完成了這些安定緬甸各地的措施。雖然忠于王室的封建主勢力叛亂規模依舊很大，但明軍保持有絕對的武力優勢，孫可望對此一一進行了殘酷的彈壓，并繼續實行其沒收寺社財產的嚴酷措施，以求通過金銀賞賜賄買本地封建主們的效忠。
只有在明軍徹底放棄云南以后，一部分緬甸封建主得知這一重大消息后，即遣使同順朝聯系，一面請求大順出兵入緬恢復王室，一面在緬甸國內大肆宣揚明軍在云南大敗的消息，釀成了一次規模最為浩大的反抗運動。
但是由于孫可望從云南撤出完全在計劃之中，明軍除了艾能奇一部有意被孫可望拋棄，以實現他個人在后西明政權內部的獨霸地位以外，整體的主要戰力，幾乎全數都完整撤到了緬甸，沒有遭到多大損失。
緬甸本土的反抗勢力，對后西明朝廷虛弱不堪的流言深信不疑。他們誤以為孫可望的運氣已經到頭，當即便在順朝未作出反應以前，便集結了大量兵馬，以五萬兵力號稱二十萬大軍反叛，掀起了天法三年時的上緬甸全境大起義。
經過約一年的經營以后，孫可望已經將后西明朝廷的老營家眷三十萬人遷至緬甸，轉移到上緬甸的明軍戰兵數量則有七萬之眾。
七萬戰兵，要抗衡大順軍殊為困難。
但這樣一支精悍的力量，在緬甸卻是一支極為強大的武裝勢力。
而且孫可望還通過賄買本地封建主、百姓、華商勢力，迅速建立起了一支兵力達到兩萬多人的緬人民團武裝。
如此孫可望便擁有了實打實的近十萬兵馬，武力遠在反明的封建主聯盟之上。
順朝方面，李定國接獲了明軍在緬甸攻克阿瓦建立復國基礎的消息以后，沒有立即將此消息上報朝廷。后來緬甸反明封建主陸續派遣使者到云南匯報消息時，大部分消息也被李定國壓下。
他與孫可望之間的復雜感情，使得順朝未能立即對后西明政權的復興作出反應。
直到孫可望完全鎮壓上緬甸大起義后，順朝才通過廣州方面獲悉了后西明和緬甸戰爭的具體情報。
朝廷隨即下令免除李定國權將軍的軍階及西南道行軍總理的職務，命其回京接受調查。
李定國和孫可望相識十多年，感情之深厚，實非外人可以想象。
大順軍攻川時，孫可望雖然拋下了李定國棄軍而逃，這是孫可望對不起李定國，也因此李定國可以毫無心理負擔地歸附大順。
可是具體到攻取云南之戰以后，李定國卻不想對孫可望趕盡殺絕。
他想朝廷上了一份自辯的奏疏，聲言緬甸是海外番邦，中國之人，與其語言文字皆不通，何況緬甸瘴氣叢生，中國之人在緬甸必定水土不服。
孫可望倉惶逃緬，恰如三國時二袁之逃遼東。不煩大順一兵，只要靜觀態勢發展，則短不過半年，長也不過一二年，緬人必會將孫可望和朱由榔君臣首級送來中國。
李來亨對此不置一詞，沒有做任何回復。他最清楚孫可望的野心勃勃和才華橫溢，放任孫可望經略緬甸，翌日必成大順后患。
在開封過著太平國公日子的劉文秀，也上書朝廷，以全家性命力保李定國。
天子翻閱著群臣奏折，心中突生煩悶和羨艷孫可望的人品，卻能有這樣的幾個兄弟，太讓朕嫉妒了他思之慮之再三，直到一旁幼辭懷中的孩子笑出聲來，李來亨才把玩著孩子的小手，坦然笑道 “玄煜笑了朕何苦嫉恨大臣呢將李定國發去云南軍前戴罪立功，暫領果毅將軍銜，西寧公的爵位，先降為子爵，以觀后效。”
李定國隱瞞緬甸前線軍情的事情，經過龍衣衛調查以后，可以確認他和孫可望之間毫無聯系，純粹因為個人感情用事，不愿意對孫可望趕盡殺絕而已。
李定國的這種做法和動機，實在讓朝中群臣都難以理解。
一段時間內，這幾年來才歸附大順的武將大臣們，都恐慌不能自己。
大家都擔心萬歲將借題發揮，利用李定國案大開殺戒，展開一場誅殺降臣的大清洗。
出乎意料的是，皇上卻將此事輕輕放過，使群臣都難知其意。
只有郭君鎮在猜測皇帝如此，是否是在復刻朝鮮之事，要讓孫可望為王前驅，為大順軍郡縣緬甸做準備 只不過孫可望不是代善，李來亨的算盤這回很有可能落空了。
郭君鎮這次學聰明了，倒沒有將自己這點小小的預測到處張揚出去。
否則就算天子無意，恐怕也難以避免一場開國的大案了