此時朝鮮在位的國君，就是推翻了親清派光海君的李倧。他對明朝更為親近，可也因此遭致了丁卯胡亂和丙子胡亂兩次蹂躪，李倧被迫在崇禎十年向清朝皇帝皇太極行三跪九叩之禮，并接受清朝冊封為朝鮮國王，使朝鮮的宗主國從明朝變成清朝。
他反正之初，曾經斥責朝鮮上一任國君光海君忘恩背德，私通后金，并標榜要同明朝“協力討虜”，但在實際上仍然采取對后金的不刺激政策，倒也相安無事數年。
皇太極成為新任后金汗后，情況發生變化，首先皇太極一向就是后金內部的對朝強硬論者，再加上他繼位后內部不穩，又發生饑荒，需要發動一場對朝戰爭來轉移和緩解矛盾。
于是在天啟七年正月，皇太極派二貝勒阿敏率軍進攻朝鮮，同時成為進攻對象的還有東江鎮的毛文龍，這便是“丁卯胡亂”。
因為當時的后金兵無法渡海，所以只攻陷了毛文龍在陸上的據點鐵山，對在島上的毛文龍無可奈何；而對朝鮮則勢如破竹，從義州、安州、平壤一直打到黃海道的平山，李倧率仁穆大妃和群臣避難于江華島，同時命昭顯世子分朝于全州。
不過皇太極當時的意圖，并不是要占領朝鮮全境，而是急于迫使朝鮮屈服后撤軍，所以兩國在短暫交戰后展開了外交交涉，三月初三在江華島達成盟約，雙方結為兄弟之國，阿敏撤軍時又擅自在平壤與朝鮮人質原昌君李玖另立一約，規定朝鮮向后金輸歲幣。
不久，后金又要求朝鮮開市中江，與之貿易，朝鮮對這些要求無法拒絕，被迫一一答應。
不過，朝鮮與明朝的宗藩關系尚未因此斷絕。
朝鮮繼續在明朝和后金政權之間保持曖昧，暗中協助明朝在關外的軍事行動。
崇禎八年皇太極征服蒙古察哈爾部，以獲得傳國璽為借口欲稱皇帝，朝鮮自然不肯就范。次年二月，皇太極派英俄爾岱等人來朝鮮，借春信、吊祭為名，勸朝鮮請皇太極進帝號，遭到朝鮮方面堅決拒絕。
以此事為導火索，朝鮮國王李倧曉諭朝鮮八道，痛斥后金僭號企圖，命令官民做好抵抗后金的準備。
也是在這一年的四月十一日，皇太極即皇帝位于盛京，改國號為大清，朝鮮春信使羅德憲、回答使李廓雖然被強迫參加賀禮，卻拒絕三跪九叩，被皇太極遣返回國，清朝與朝鮮的緊張關系驟然升級。
在隨后的幾個月時間里，朝鮮分化為金尚憲為首的斥和派與崔鳴吉為首的主和派，斥和派占朝鮮士大夫的絕大多數，但朝鮮國王李倧內心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣譯官送去國書，委婉地向清朝表達懇求和談之意，卻遭到皇太極拒絕，戰爭遂不可避免。
丙子胡亂的戰事，由于由于朝鮮同清朝實力懸殊加上金自點等將帥的無能，清軍不費吹灰之力就逼近漢城，十二月十四日，朝鮮國王李倧安排王世子、大君、宮中女眷、大臣家眷等先到江華島避難，自己稍后出發。
此時清兵先鋒已經追到漢城近郊，而到江華島還需要兩天，朝鮮君臣擔心途中被清兵俘虜，所以選擇就近逃到南漢山城。
這就是李來亨那個世界中，曾被拍過電影的南漢山城之圍了。
朝鮮八道的勤王軍被皇太極輕易擊潰以后，南漢山城守軍幾次出擊，也都慘敗而歸，從此只能龜縮不出。
清軍主力悉數抵達，把南漢山城圍得水泄不通。朝鮮君臣絕望之下，只能同清軍議和，接受了清朝提出的斷絕對明關系、向清朝稱臣納貢的盟約。
李倧本人也在風雪之中，穿著藍染衣，騎著白馬，率世子及50多名隨從官員出南漢山城西門，在漢江南岸的三田渡向皇太極行三跪九叩之禮，然后改換穿皇太極所賜的貂裘謝恩。
丙子胡亂后，清軍撤軍，帶走了作為人質的昭顯世子、鳳林大君與約五十萬萬朝鮮俘虜回國。力主斥和的洪翼漢、吳達濟、尹集三學士也被帶到盛京處死。
此后朝鮮不僅向清朝稱臣納貢，還被迫出兵幫助清朝攻打明朝，發兵參與了皮島、松錦的相關作戰。
朝鮮國王李倧在此后盡可能順從皇太極之意，對恥于向滿清稱臣的大臣則深惡痛絕。他認為所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“誤國”，又說：“此輩以國之存亡置之度外，謀占美名，黨同伐異，竟使宗國覆沒，甚可惡也！”
與之相應的是重用主和派和親清派，他在丙子胡亂后拜崔鳴吉為領議政，崔鳴吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自點。
但是李倧政權的合法性也在兩次胡亂后面臨嚴重危機，由于李倧反正、推翻親清派光海君政權本身的名義就是親明排金，因此他向滿清屈膝自然使人們倍感失望。
丙子胡亂以后，朝鮮掀起了辭職和隱退的風潮，親明士人也都對朝鮮王室倍感失望。
另一方面的表現就是自丁卯胡亂后，叛亂陰謀層出不窮，天啟七年李仁居起兵江原道、崇禎元年柳孝立等欲立仁城君、崇禎五年柳應泂謀逆、崇禎六年李時說欲立錦原令李倬、崇禎八年李基安謀逆、崇德四年貞明公主及宮人的詛咒事件、崇德八年李挺海叛國事件、昭和元年反正功臣沈器遠欲立懷恩君……
可以說是朝鮮王朝歷史上謀逆事件最頻繁的時期。
朝鮮政權正處在內部的風雨飄搖之中，清軍的入關，甚至其挾持崇禎皇帝，在北京擅自擁立明朝新君，都給朝鮮帶來了巨大的沖擊和震撼。
直到去年徐州會戰，李來亨率領大順軍摧枯拉朽般殲滅滿清十萬勁兵以前，東虜的入關南征都是非常順利的。
朝鮮國王李倧因此斷定東虜必將定鼎中原，朝鮮根本不可能與之抗衡，所以竭力在國內打壓、消滅斥和派、抗清派。
結果只是造成了大量對朝鮮王室失望透頂的士人紛紛掀起叛亂，朝鮮本國的政權穩定性和軍事力量都衰落到了谷底。
由于地理遙遠、消息難通的關系，朝鮮是在天法元年時才知道了清軍在關內大敗的消息。朝鮮君臣一度還對此不敢置信，認為遠方傳言的所謂“虜被賊所敗，死傷數十萬，盡棄燕云”之說，只是妄言。