這時候，清軍別說守城了，連自顧都沒可能。而見到東門四處大亂的跡象，朱一貴敏銳地就察覺機會來了，他立即下令全軍總攻，當精銳的明軍從轟開的缺口沖進東門的時候，一切就成了定局。
回天無力，富靈阿悲憤之余只能撤退，但這時候他想跑也不是那么容易的。眼下東門、南門是走不了的，要走也只有向西門和北門跑。作為中都，鳳陽的城門格局等同南京，說是西門和北門，但實際上兩個方向各有三個門。
從逃跑路線來看，這是他們唯一逃出鳳陽的通道，但要知道鳳陽城的格局不小，富靈阿和他的主力都在東南兩個方向，把散出去的部隊抽調回來需要時間，然后再從東門或南門殺出一條路逃亡西門和北門，這也是一段不段的距離。
更重要的是，由于富靈阿驅趕城中百姓蟻附，導致城中亂成一團，甚至那些僥幸逃出性命的百姓當回憶到所見的慘狀時，對于面前的清軍憤怒的如同仇人一般。
用現在的話來講，富靈阿幾乎陷入了人民戰爭的汪洋大海之中，這時候他也來不及，或者說不可能再把各處兵力收攏了，只能集結起身邊的數千兵馬拼命向西北竄逃，一路上清軍陸續傷亡和掉隊，當他剛穿過鳳陽城，已來到西北方向的時候，鳳陽城內四處都是喊殺聲，更能在硝煙彌漫之中隱隱約約看見已豎立起來的明軍大旗。
為了保命，富靈阿下令隊伍一分為三，其中兩支隊伍各朝左右而去，而他帶著最后六百多人頭也不回地繼續跑。費了九牛二虎之力，跑得上氣不接下氣的富靈阿終于在最后一刻逃出了鳳陽城，出城后他又一口氣向北跑了三十里地這才停下。
等停下之后，幾乎丟盔卸甲面目狼狽的富靈阿發辮批散，全身上下都是泥塵和血跡，猶如叫化子般。除了依舊握在手中的刀外，富靈阿連自己的副將印都給丟了，更不用說代表他身份的紅頂子了。
清點身邊人馬，萬余大軍最后留在他身邊的居然只有區區九十七人，而且這九十七人個個都和他一個模樣，猶如喪家之犬。
勉強站著，富靈阿神色茫然地回望鳳陽城的方向，然后又看看身邊的人，再瞧瞧已身無長物的自己，頓時無盡的悲涼涌上心來。
“我……叫我如何向軍門，向主子交代啊！”瞬間，富靈阿淚如雨下，嚎啕大哭。
眾人個個神色黯然，仿佛全如同丟了魂似的。鳳陽丟失，徐州危也，山東清軍危也！
失魂落魄的富靈阿雙腿一軟跪倒在地，他拼命地朝著北方磕頭，磕了幾下后，猛然就抓住了丟在一旁的刀，伸手就要朝脖子抹去。
“將軍不可！”早就留意他舉動的參將急忙一把抓住了他的手，急急勸著萬萬不可輕身。
“本將是罪人，對不起軍門，對不起主子，對不起皇上，對不起我大清，更對不起眾兄弟啊！”富靈阿大哭道：“如此罪人，還有何面目存活于世？”
“將軍，您就算要這樣做也不是這時候啊！”參將急忙又勸道：“鳳陽丟失，徐州危險，將軍您如今最要緊的是速速趕到徐州告知軍門此間情況，讓王爺立即南下，如果再晚了，一旦徐州也丟，局勢一發不可收拾！”
此言一出，富靈阿頓時愣了一下，哭聲也停了下來。參將說的沒錯，眼下的確不是尋死的時候，如果徐州那邊不能第一時間得知此事的話，那么到時候整個清軍就會被死死關在山東。
一想到這，富靈阿的死志頓時消退，他點點頭，在參將的攙扶之下站了起來，隨后咬牙切齒道：“你說的沒錯，老子就算死也要做完這件事再死，兄弟們，提起精神氣來，跟老子去徐州！”
鳳陽城的混亂足足持續了一整天，就算明軍正式攻破城后，城中亂局也并非馬上就能平息的。
入城的明軍一方面要繼續清剿城中的清軍，第二方面還要讓那些發狂的百姓們安定下來。但這說起來容易做起來難，尤其是后者，那些瘋狂的百姓人數龐大，而且已影響到了整個城市，明軍為了安全也不敢深入，甚至在必要時直接用武力壓制。
足足一日后，等二天臨近午時，鳳陽城這才徹底安定下來，但這時帶和殘部的富靈阿早就不知逃出多遠了。而且經此一難，鳳陽城可以說幾乎成了人間地獄，城外和城內死傷遍地，除去清軍，城中百姓死傷人數超過了七萬，這還沒算上失蹤和下落不明者。
七萬人意味著什么？可以說鳳陽城內百姓家家帶孝，戶戶死人。甚至更慘的是，被驅趕出城用來蟻附的百姓中還有一家老小全部死絕的情況，當一行行，男男女女老老少少的尸體靜靜擺著時，凡是看到這一幕的無不觸目驚心。
城中的戰火已經撲滅，但四處依舊彌漫著硝煙，濃列的血腥夾雜著煙味在四處飄散，靜靜的城里，時不時傳出一聲接著一聲哭號，這聲音如此尖銳和凄涼，猶如一把刀子般生生插入人的心中。
僅用一日多的時間就占領了鳳陽，對于明軍而言自然是一場大勝利，更重要的是鳳陽在大明的政治意義，作為收復中都，這是一個毫無疑問的大功。
但是，現在的明軍并沒有勝利后的喜悅，甚至可以說整支明軍的氣氛極其壓抑，更沒有人因為這場大勝而祝賀主將朱一貴，當聽到入城的軍隊來報，城中已初步完成清理，可以入城的時候，朱一貴臉上并沒半分喜色，一張臉幾乎黑成了鍋底。
“大帥，此戰我軍也是被迫無奈，罪魁禍首是守城的清狗，如不是他們，怎會如此結果？再說，大帥當時的處置并無問題，如稍有猶豫非但救不了這些百姓，甚至連我軍都將陷進去啊！”見朱一貴如此，部下頓時好言勸道。
“一將功成萬骨枯啊！”朱一貴望著遠處一排排望不到頭的尸體，幽幽嘆道。
“大帥……。”
擺擺手，朱一貴道：“本帥已寫了請罪折，此戰殺孽太重，作為主將，一切罪責本帥自當承擔！”
說完，朱一貴大步向前走去，在正午的陽光下，朱一貴的腳步走的并不快，卻是異常堅定。