莫臥兒王朝在在西北方最強大的敵人，茣過于薩非王朝，又稱薩法維帝國，是由波斯人從1501年建立的王朝。
王朝強盛時，疆域東起呼羅珊，西至幼發拉底河，北抵卡拉庫姆沙漠與咸海，南達波斯灣與阿拉伯海，囊括伊朗全境，伊拉克大部，高加索部分地區，土庫曼斯坦，阿富汗西部，烏茲別克斯坦南部，在阿巴斯一世時期，版圖甚至遠達庫爾德斯坦與土耳其東部的迪亞巴克爾。
這個薩非王朝將回教什葉派正式定為波斯國教，自薩珊王朝之后首次完全統一了伊朗的東部與西部各個省份，由此重振了波斯人雄風。
當今皇帝阿拔斯在幸存了宮廷陰謀了暗殺后于1587年登基。他認識到他的軍隊的無能，這是奧斯曼帝國多次擊敗伊朗軍隊，占領了格魯吉亞和亞美尼亞，而烏茲別克人則占領了東部的馬什哈德和錫斯坦的原因。
首先他于1590年與奧斯曼帝國達成和平協議，將西北地區讓給奧斯曼帝國。然后他雇傭了一位英國將軍來重組他的軍隊，使它變為一支受薪的、訓練良好的、類似于歐洲正規軍的軍隊，在他的主導下全面引入火器，成為知名的火藥帝國之一。
阿拔斯首先向烏茲別克開戰，于1598年重占希拉特和馬什哈德。然后他開始對奧斯曼回擊，到兩年前他得以重占巴格達、伊拉克東部和高加索省份。
早在二十年前他就將葡萄牙逐出巴林，在英國海軍的幫助下于前年重占波斯灣中的霍爾木茲。他擴大了與不列顛東印度公司和荷蘭東印度公司之間的貿易關系。這樣一來阿拔斯對內也得以擺脫了對紅頭的依賴，加強了中央政府。
奧斯曼帝國與薩非王朝之間對伊拉克富饒的平原的爭奪戰持續了150年。自薩非伊斯邁爾一世于1509年占領巴格達，但是奧斯曼蘇萊曼一世在1534年就奪回了巴格達，去年秋天阿拔斯大軍再次攻占巴格達，兵鋒之盛，一時無兩。
當年波斯帝國滅亡后，即后波斯時代，波斯帝國分裂成數個國家，北印度地區（巴基斯坦）的大部分被薩珊王朝控制，一小部分由貴霜王朝控制，這對于一直致力于恢復波斯帝國榮光的阿拔斯大帝而言，北印度乃是他必取之地。
莫臥兒帝國大亂，他認為這是天賜良機，他命令部隊渡河，攻占了卡拉奇，然后揮軍北上，圍攻堡，并成功的攻占了該城，差不多把旁遮普之地占領了（臥兒王朝皇帝巴布爾，分旁遮普為三省，即拉合爾，木爾坦和德里），除了德里省之外，盡納入了北印度之地，差不多將千年前的波斯帝國舊地恢復了。
莫臥兒帝國大皇子沙賈汗統領大軍駐扎在德里邊界，與薩非大軍對峙。
薩非大軍，攻占了最富裕的旁遮普地區，風光之極，不可一世，在過去的上千年歷史之中，攻占這一地區，意味著獲得北印度霸權，可以在次大陸有一番作為。
古旁遮普人都居住在現在巴基斯坦和克什米爾地區的旁遮普平原，在古代語中旁遮普的意思是五河之地，由印度河五條支流杰赫勒姆河、杰納布河、比亞斯河、拉維河和薩特萊杰河沖積形成，由于土地肥沃溫度適宜，包括古旁遮普人和古北印度人都聚集在印度河流域。
君子無罪懷璧其罪，正因為這里土地肥沃、物產豐富，才招來了眾多的侵略者占領。包括雅利安人、波斯人、希臘人、塞種人、貴霜人、匈奴人、阿拉伯人、突厥人、蒙古人先后入侵該地區。
贏得旁遮普，就等于贏得巴基斯坦，等于獲得了北印度，兵鋒直指德里。
但是薩非帝國大軍是不免得意忘形了，他們是占領了拉合爾和木爾坦，當地的莫臥兒王朝大軍被擊潰，他們全面敗逃，薩非大軍乘勢追擊，大殺四方。
但是從德里軍隊里爆發的大瘟疫也傳了過來，并在他們接觸最多的軍隊之中首先爆發。
薩非帝國大軍是能征善戰，大殺四方，但是他們的軍隊在應對這種不知來自何方的病毒之時，他們也是十分的狼狽和手足無措，莫臥兒軍隊犯下的錯誤他們一一犯下，對方沒有犯下的，他們也犯下了，軍隊差不多是直接崩潰，直接的完蛋。
軍隊因為巨大的不可相抗的疫情，失去了士氣，直接崩潰，大量土兵逃回了波斯，才得意洋洋占領北印度的薩非帝國大軍面臨崩潰的局面，擊敗他們的，不是莫臥兒大軍，而是同樣的擊潰莫臥兒人的瘟疫，沙賈汗駐扎在邊境的大軍還沒有出發，薩非帝國大軍就面臨崩潰的局面，他們只能龜縮在有限的幾個大城市，堅守著，以應付莫臥兒帝國大軍可能的反撲。
一場突如其來的瘟疫，襲擊了莫臥兒帝國，在加爾各答和恒河之間的地區進行，繼而蔓延向有北方地區各省，偏生好死不死的是薩非帝國認為有機可乘，乘機入侵，瘟疫便順著他們入侵的步伐，流向了該國，進而蔓延，造成了巨大而驚人的破壞。
一場瘟疫令中亞南亞兩大強國一起崩潰，可見它巨大而驚人的破壞力，原本是質疑米柱過于保守，沒有下令對莫臥兒乘機而入的人，開始向他請罪，這那里是什么乘虛而入，而是拉自己下水，讓自己和莫臥兒人一起遭殃，一起去死了。
瘟疫橫行，本來就是非人力所能抗衡，死道友莫死貧道這是常態，波斯人不信邪，他們成功的加入了死亡俱樂部，強大的國家機器在瞬間之內被擊潰。
而南洋軍則通過與莫臥兒人的貿易，獲得了海量巨大的資金，這些巨量的金銀，將國庫堆得滿滿當當，南洋軍在暫停進攻印度的情況下，他們擁有了大量的閑散資源，三十個大型基建項目有了資金，他們原本計劃暫停的開發澳洲的項目也可以進行。
畢竟在三年不對印度用兵的情況之下，他們擁有大量的兵力和資源，不能讓銀子在倉庫里爛掉，也不能讓士兵在呆著，光領響銀不干活兒呀，所以只好重啟澳洲項目。
連米柱都覺得這么來回折騰，太折騰人了，但是沒有辦法呀！他們是有自己的戰略計劃，但是在有機會入侵印度時，他們選擇了這一計劃，但是這個經過軍隊和政府一致認可的計劃，又因瘟疫而擱置，有薩非帝國和阿富汗王朝的教訓在，他們三五年內都不敢向印度下手。
他們在果阿和孟加拉的薩爾格兩大據點，他們是嚴防死守了，但是軍隊中還是有了上百例感染病例，只是他們良好的衛生習慣，果斷有效的隔離措施，讓瘟疫沒有在軍隊之中蔓延，造成可怕的，災難性的后果。
他們對于秘密渠道進入避難的貴族們也進行了嚴厲的隔離措施，對于那些隔離期間爆發疾病的，一律遣返，沒有什么人情可講，另外他們也本著能治就治的原則進行搶救治療，為了對付瘟疫，南洋軍從各地召集了上百名一流醫生郎中集中在一起研究瘟疫，但是收效甚微。
在米柱的特批之下，醫生們開始對死者進行了解剖和病理研究，在此之前，對尸體的解剖是極為罪惡的問題，是對死者極大的不敬，是對神靈的褻瀆，任何一個人勾了這勾當，都是處于極刑，為天下所指，除非官府特批驗尸。
米柱作了特批，這是作為科學研究，事后他們出版了屹今為止最為清晰和準確的解剖圖，廣為印刷，作為各大醫館的鎮店之寶和學習指南。
并且白宮迅速的出版了防疫指南，介紹了南洋軍在虐疾、鼠疫方面的心得，印成了冊子，廣為發放，特別是優先發放給莫臥兒、薩非等重災區。
米柱聲稱疾病為全人類共同的敵人，應該動員全世界力量共同對付之，南洋軍會公開其在防治大規模流行性疾病的心得和秘決，在以往，這些東西都是無價之寶，價值無法計之，無論是誰掌握了，都會秘不示人，悶聲大發財，米柱的做法，全拋干貨，在科學界和醫學界引起了極大的轟動，在人類醫學史上有極大的乃至里程啤式的意義，史稱維新革命。
米柱隨后設立米利堅獎，這是他私人和推動的世界性獎項，主旨在給那些在醫學史上有重大貢獻和發現的醫生，不分國籍和種族，只看貢獻和有沒有絕活。
首個米利堅醫學獎發給了南洋軍傳染病專家吳有性，他潛心鉆研，認真總結，提出了一套新的認識，強調這種病屬溫疫，非風非寒，非暑非濕，非六淫之邪外侵，而是由于天地間存在有一種異氣感人而至，與傷寒病絕然不同。不論從病因、病機到診斷、治療均有區別，使其與傷寒病分開另論，形成溫病學說的形成與發展作出了貢獻，著有《瘟疫論》，他是南洋軍首席傳染病專家。