葡萄牙人選擇了投降，這座號稱遠東海邊第一堅城的城市，在明軍優勢兵力猛攻之下，在兩日之內淪陷，成為了明軍的戰利品。
葡萄牙人應該是后悔得吐血，悔不該聽荷蘭人教唆，以致激怒了明帝國，失去了他們最重要的貿易重鎮。
馬六甲由于其緊扼馬六甲海峽，自古以來即是兵家必爭之地，從葡萄牙人、荷蘭人、英國人到后來的日本人均統治過這個控扼太平洋和印度洋的咽喉。即使現在馬六甲也是世界各國爭奪的焦點，尤其是馬六甲海峽控制著大明、日本和朝鮮的資源要道，即使是后來，也是世界十大黃金水道，控制了這里，讓他們獲得了地區的霸權，獲得了驚人的利潤，現在這一切成為了過眼云煙。
龐大的艦隊，浩浩蕩蕩的開進寬廣的麻河河口，北岸沿河是郁郁蔥蔥的密林，南岸可見雄偉的城堡，一間面對麻河的高高尖頂教堂，河旁還有海港局，高大的雨樹，歐式的磚屋，貴族的莊園，有圍欄，有整齊的樹木。這城堡、教堂、歐式磚屋等顯示，在馬六甲的葡萄牙駐軍、商人和教徒人數不少。
不過現在他的駐軍，過半被果阿總督抽調，前去攻打呂宋國，現在剩下的，大多戰死，一部分向明軍投降，往日風景如畫的馬六甲城濃煙滾滾，成為了一片殘桓斷壁，街上巡邏駐守的，是一隊隊的明軍。
明軍披著板甲，手持火槍，刺刀寒光閃閃的，給人以極大的威攝。
從1511年7月24日葡軍對馬六甲發動第一次總攻，到8月10日末代蘇丹馬哈茂德帶著家眷和財寶逃跑，馬六甲由于經濟繁榮長期缺乏戰爭的經驗，不到一個月就亡國了。馬六甲的蘇丹王、貴族、烏里馬、傳教士、商人、工匠、士兵、海員水手們，逃亡分散到北大年、柔佛、亞齊、蘇拉巴亞、文萊等地，因為這些原本就是教徒馬六甲臣民，刺激了各地的港市國家的興建。這些港市國家各別擁有三萬到五萬人不等的人口。
蘇丹王在敗走后的十五年期間，并未曾放棄奪回馬六甲的念頭，也不斷地派出軍隊進攻馬六甲，葡萄牙人也持續給予還擊。因為蘇丹王所領的馬來人，一直都是葡萄牙人在馬六甲的威脅，于是葡萄牙人主動出擊，追殺蘇丹，但是都被馬來人打了回來。
后來葡萄牙人有了從印度來的艦隊支援，不但攻陷了孟加拉國，接著進攻蘇丹王控制地區，蘇丹王也見向大明求救無效，于是死心，再也終于不再派兵侵擾葡萄牙人的馬六甲。
馬六甲蘇丹王國的滅亡并不意味著馬六甲作為港口的衰落，馬六甲對于葡萄牙人的戰略布局來講，非常重要，為了防止馬六甲王朝的殘余勢力反攻，葡萄牙人在圣保羅山下開始修建城堡，他們改建了蘇丹王宮、拆毀了清真寺和歷代馬六甲國王的陵墓，依山傍海用石塊搭建起塔樓和防御城墻，1512年1月竣工。據說在建造之時所有的石塊都采自爪哇海底的隕石，并以葡萄牙保護神的名字命名為法摩沙堡，意思是精美之城。
城墻厚達三米，墻內設有城樓和炮臺。號稱“東南亞最大和最堅固的堡壘”，以保護自己的臣民和香料貿易，葡萄牙人要讓馬六甲繁榮成重要的商業貿易中心，以符合葡萄牙人在東方的利益。
搶人者人亦搶之，現在馬六甲城又落入了東方人之手。
鄭芝龍命令部隊進城，肅清殘敵，整理治安，最重要的還是接收葡萄牙人的財產，當年葡萄牙人占領此地，這可是縱兵大掠，還進行了屠城，但是鄭芝龍沒有這么干，不過將敵人的財產收為國有則是必須的。
葡萄牙人駐馬六甲城的副總督伊利亞被押至了鄭芝龍面前，他是目前葡萄牙人的最高長官，他向鄭芝龍提出了嚴正的抗議，他大聲道：“明人無故攻打我馬六甲，這是違反兩國邦交，有失禮儀之邦的風范。”
如果是別的將領和官員，一定會和他討論一番，這應該怎么怎的，但是鄭芝龍海盜出身，干慣了打家劫舍的勾當，他說道：“馬六甲是你們從馬來人手上搶來的，憑什么我們不能搶你的？”
伊利亞道：“馬六甲蘇丹乃一野蠻人，他們扣留我們商船在先，才招來我們的報復，這是正義的行為？”
鄭芝龍道：“隨后的洗劫和屠城也是？兄弟們準備好刀子和口袋，準備洗城。”
伊利亞大驚失色……
鄭芝龍冷冷道：“我們這是完全的效仿你們，你們怎么干，我們就怎么干，不管你們高興與否，爺就是干了。”
伊利亞只覺得眼前一片灰暗，完蛋了，一切完蛋了。
他們的東方貿易，其實是倚仗船堅炮利，跑去搶，支撐這理論的，其實是強盜邏輯，侵略主義。
不過，搶人家的，不勞而獲，肯定很爽，但人家搶你的，這就肯定不爽了，伊利亞看見鄭芝龍下令，收歸葡萄牙人一切財產，所有葡人貶為奴隸，他抗議無效，憤然自殺。
馬六甲海峽第一重鎮，馬六甲城，落入了明軍黑水艦隊控制之中，鄭芝龍并沒有急于搶劫，而是下令布防，修筑陣地和炮臺，以準備迎接葡萄牙人可能的反撲。
至于城中的葡人物業財產，這些東西又不會跑掉，那些乘機搶劫的，也被明軍當眾打死，尸體吊在城門口，極大的震攝了那些蠢蠢欲動，準備趁火打劫的地痞流氓。
鄭芝龍罵娘道：“不長眼的狗東西，搶到我鄭一官頭上來了，不知死活！”
馬六甲是一個商業城市，也是葡人在安達曼海以東最大的基地，這里有全套完整的設施，有巨大的港口碼頭，吞吐量亞洲前五，同時也擁有船廠，可以制造克拉克一級的大船，也可以對蓋倫船級別的大船進行維修。
在城中還擁有鋼鐵廠、兵工廠，可以制造火槍和大炮。
現在大明的火槍，己遠遠的優勝于西方，己進入燧石擊發時代，對于西方佛朗機人的燧發槍，因為制式不同，他們根本看不上眼，但是他們的佛朗機炮和紅衣大炮真心不錯，制造水平和技藝在大明之上，畢竟大明是向他們偷師的，技術轉讓的，他們在圣保羅山上的炮臺，俯視整個港口，也就是朱雀營突襲了，讓他們沒有發揮作用，這才讓鄭芝龍他們輕松攻入，如果是他們正常發揮，明軍死的人肯定更多。
鄭芝龍當即命人接收了鋼鐵廠和炮廠，對于這些技師，他們相當看重，先扣了再說，當年成吉思汗大軍橫掃世界，每占一地，就是先搶了當地人的工匠，其它的，該殺就殺，沒有什么好猶豫的，這讓蒙古人擁有強大的制造能力。
鄭芝龍在接到上面的指示之時，也有重點要求，這是把馬六甲兵工廠優先接收，優待這些工匠技師們，所以鄭芝龍第一時間接收了兵工廠。
鄭芝龍這次大舉出動，艦隊陸戰人員，總兵力一萬多人，艦隊尚有余力，但以四千多人的陸戰隊控制偌大一個城市，這就相當的吃力，他派出了大量的武裝水手支援，這才控制住了場面。
在第二日，他們后續們支援部隊到，押陣的是李旦，同行的有二十艘主力戰艦和三千陸戰隊員。
李旦在黑水艦隊的威信相當高，完全是靈魂人物，又是這支艦隊在朝廷的代表人物，鄭芝龍連忙出十里相迎，坐小船而出，登上了李旦的旗艦飛魚號，拜伏于地，他得意洋洋的道：“拜見義父，孩兒幸不辱命，拿下了馬六甲，請義父檢閱。”
李旦一身坐蟒袍，威風凜凜，大刺刺的坐在指揮使寶座之上，干咳了幾聲，相當不悅。
鄭芝龍頓悟：“拜見指揮使大人，下官幸不辱命，拿下了馬六甲，請大人指示。”
李旦欣然道：“好！干得不錯，眾將官辛苦了，本官自當奏明圣上，為諸將官請功。”
鄭芝龍忙道：“大人辛苦了！下官設下酒宴，為大人接風洗塵。”
李旦拱了拱手，說道：“有勞！“
鄭芝龍忙上前伺候，李旦放下了架子，說道：”一官呀！你也是一個官面上的人物，堂堂五品錦衣衛千戶，有頭有臉的人物，須得注意自己的官家威儀，沒得讓人笑話，咱們不識禮數。”
鄭芝龍道：“大人教訓的是，下官銘記于心。”
李旦看見馬六甲城己在明軍掌握之中，圣保羅大教堂上飄揚著明軍日月旗，也有代表黑水艦隊的飛魚（飛鯊旗），十分欣慰道：“這差事辦得不錯，給本官長臉了。”
鄭芝龍道：“兩日拿下馬六甲，我方傷亡一千四百人，葡人傷亡三千，俘虜了七千，都是馬來人、印度人、日本浪人為主，正關押在軍營之中，聽大人發落。〞
李旦道：“這一點本官自有章程，先進城瞧瞧。”