徐光啟是自己堅決要跟來的，作為遼東巡撫，他大可以坐鎮遼陽或廣寧，成了肯定有他的一份功勞，敗了也可以從容脫身，但是他堅決要來，他希望在這一歷史盛事中，有自己的一席之地。
在別的地方，巡撫是節制三司的最高長官，上馬管軍，下馬管民，遼鎮有些特別，因為鬧出了建奴之亂，才會有經略這一職位。
現在沒有經略使這職位，卻是有一個戰區司令，而且是東北戰區司令，理論上大明東北地區，長城之外的地方，所有軍隊歸他節制，權力更大。
而且首任司令米禮義，是皇帝的親信，負責掌管皇家衛隊的大將，圣眷之隆，軍中第一，徐光啟與他爭不贏，也不想爭，這便成就了東北戰區和諧的局面。
徐光啟不爭軍權，干脆專于改軍歸流，把遼東鎮的各大衛所軍鎮改造成為府縣。
大明朝的遼東有個特殊之處，那就是在軍事上遼東是一個獨立單位，洪武八年設遼東都指揮使司。遼東都司只管遼東的軍事，對付北元以及不太聽話的女真各部，當時遼東人口不多，所以由山東布政使司管理遼東的民政。
但隨著發展遼東人口漸漸變多，人多事多，而且遼東軍事地位在那里擺著，現有的軍事設置顯然不足以管理遼東的軍政事務。綜合考慮，明英宗剛繼位就設立了遼東巡撫，軍、民事務一把抓。
遼東巡撫全稱巡撫遼東地方，兼贊理軍務，統寧前兵備，廣寧、錦（州）、義（州）兵備，金（州）、復（州）、海（州）、蓋（州）兵備，遼海東寧分守四道，遼東都司之衛所城堡，安樂、自在二州，建州、毛憐、海西、朵顏、泰寧、福余諸衛貢市。
一大長串，沒看著字，徐光啟自己也難以一口念完，總之是全遼東全遼東鎮的軍隊全歸他管。
本朝初年，朱元璋廢除過去在地方推行的行省制，這是一套繼承自元朝的制度，早年占領天下，明朝就是采用這套制度，行省制下，地方權力極大，元朝末年，便出現地方行省不聽朝廷中樞調令的情況。
為了解決這個問題，朱元璋廢除行省制，將地方省級行政區劃分為都指揮使司、按察使司、布政使司，三司衙門分別掌管軍事、司法、民政三項事務。三司的成立，可以免除地方權力過大，對朝廷中樞產生威脅。如果遇到什么大事，需要三司共同開會，一起決定。三司可以相互牽制，各自獨立。
但是，在解決行省制問題后，又遇到新的矛盾，三司因為互不統屬，遇到事情時，容易互相推諉，辦事時，又十分拖延，效率極差，很多事情長期無法解決。
而巡撫的出現，就是為了解決三司帶來的問題。巡撫的稱呼，最早見于太子朱標巡撫西安。不過，當時巡撫仍只是稱呼，而非官職。永樂年間，朱棣為處理地方緊急事務，派遣中樞六部高級官員，到地方巡視，協助處理。這時的巡撫，仍只是臨時職位，并不固定，任務結束后就裁撤。
這種情況一直延續到宣德年間，此時地方出現各種問題。在南方，地方征收賦稅不力，對國庫收入產生影響。北方，河南一帶出現大批流民。軍隊里，屯田被士兵霸占。這都是棘手的問題。
可地方三司因為自身體制原因，一直無法解決。所以，宣德皇帝頻繁派遣中樞官員到地方解決問題，巡撫代表中樞朝廷，到地方后更有實權，可以協調三司，處理地方事務。對地方那些豪強，比較沒有牽連，下手更有力度。
巡撫最初的臨時設立，主要是因為事務能夠短期處理完畢，長則一年，短則數月，就可回京述職。到后來，有些事情愈加繁雜。巡撫在地方可能幾年，乃至十幾年都無法脫身。朝廷便允許巡撫攜帶家眷。甚至會在地方上，為巡撫建造專門的衙署。因此，巡撫開始出現相對穩定，長期且專門治理某個地區的趨勢。
巡撫最初被派遣到地方時，任務并不相同，等到巡撫長期在地方任職后，如何確立職權，方便巡撫行事，就成了明朝后期，慢慢調整的內容。巡撫做為地方三司的實際長官。
它可以監察地方、考核官吏、節制將帥。除此外，一些時候，還有一些其他權力，如海瑞任應天巡撫的時候，就曾修訂《督撫應天條款》，從考核官員到整頓軍備，維護地方治安等，巡撫都有權參與。
對朝廷而言，巡撫需要解決的，就是幫助朝廷更好管轄治理地方，處理好地方跟朝廷之間的問題。到近幾十年，巡撫的職權，任職等，都有一些更為詳細的規定。巡撫不能在原籍任職，必須回避。即便是不同省份，也必須距離家里五百里距離。
在具體職權上，巡撫協助朝廷，監察地方三司。對于皇帝而言，地方三司跟朝廷之間，存在很大一層不信任因素。而巡撫是中樞官員，由皇帝親自任命，這種不信任感，情況相對好一些。
當然，除了監察以外，巡撫需要協調地方三司工作，避免三司互相推諉，辦事不力的情況出現。而且，巡撫的身份是文官。朝廷授予巡撫極高的地位，用來節制地方武將。明朝以軍功定天下，朱元璋時期，就非常崇尚武功，跟將領極高的身份。
后來朱棣起兵，對武將功臣又頗為優待。這種做法，客觀上就造成武將的飛揚跋扈。巡撫還可以協調地方，鎮壓民變。無論什么職權，都是要幫助朝廷，治理地方。
巡撫制度也有它的弊端。巡撫掌管的地方，畢竟只有一個省份或地區，遇到戰事連綿，就難以解決。明朝后來又設立總督制度，掌管幾個地區或省份的軍政事務，協調處理，總督上任時，也是由皇帝任免，朝廷中樞直接派出。
要將巡撫從京官推向地方官，必然有極大的限制，一方面，巡撫制度在明朝時，并沒有那么完善。它的職權、轄區、任期等，都只是有一個大概的方向，缺少更為詳細的規定。而且，這個變化，不只是簡單把巡撫從京官變為地方官，在身份上的轉變，背后更牽扯到一系列職稱、待遇，乃至整個明朝體制的變動。
徐光啟現在他管民不管軍，看似邊緣化了，但是他運作的空間更大，他在全面主持改軍歸流的事宜。
此時的遼鎮，地域巨大，比之內地一省之地，也毫不遜色，但是他只是一個軍屯鎮，不能為朝廷提供賦稅收入，還是一個巨大的包袱。
朝廷一直有計劃在打服建奴和蒙古人之后，進一步的加強統治，設立三司衙門(設省)。這是將地方權力由各地衛所指揮使、總兵收回權力，歸于三司衙門，在各衛所的基礎之上設立府、縣、鎮等行政單位，這樣的工作量，是巨大的，好處也是巨大的。
所以徐光啟到地方即使不管軍隊了，工作量也是巨大的，忙得不可開交。
只是到了地方，這工作并不好開展，進度相當慢，他也只能在廣寧、錦州、沈陽、遼陽、開原等地完成了試點。
因為遼鎮與其它地方不同，它地域巨大，比一省之地還大，但是他只有指揮使司，沒有布政使司，更沒有提刑使司，所以以前的遼鎮總兵李成梁，權力這么大，完全是一個土皇帝，至現在，是要將總兵權力分走，然后設布政使司和提刑按察使司，權力向他們過渡。
現任遼鎮總兵，是賀世賢，但也兼著皇家陸軍的差事，他由外地調入，沒有在地方形成枝盤錯節的利益關系，交權相當爽快，工作配合得相當好，算是在沈陽把三司使衙門的架子搭起來了。
至于其它地方的衛指揮使、總兵等將門家中獲取權力，這可不是容易事，這奪人錢財，如殺人父母，如果不是許顯純幫忙，米禮義大軍在旁鎮壓，只怕連幾個試點都搞不成。
徐光啟也明白了，要完成建省偉業，就必須以軍事力量為前提，等把周邊的游牧民族打垮了，利用他們勢力消退期，建立一套完整有效的官府制度才可以做到建省。
徐光啟轉而全力支持米禮義的各項軍事行動，所以才有開原之戰的輝煌，其后備戰旱天雷計劃，也順風順水的瞞過了許多人，沒有徐光啟的支持，旱天雷計劃是無法這么順利推行的。
旱天雷計劃啟動，徐光啟右春坊大學士、遼東巡撫之職隨大軍出征，參預軍機，出謀劃策，攻占白城后，他接手了民政和后勤方面的工作。
傳國玉璽就是他找了不少資料和人證，這才最終確定，這就是造于始皇帝，歷朝歷代相傳，被譽為國之重器，天命所歸的傳國玉璽，也只有他的才學見識，才敢作此判定，其它人雖然己知，但是嘴上沒毛，是不敢作此判定的，也不具有說服力。