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第一階段劇情的最后，主角在探索的過程中不斷發現更多蟲族猖獗活動的痕跡，并聽從指揮官的命令不斷探索。但在調查某個可疑地點的時候，主角的小隊突然遇到了大量的蟲族，倉皇之間想要撤退，但蟲海已經將他們完全包圍。
主角的小隊在激烈的戰斗之后，終于殺出一條路，與前來接應的小隊會和，但就在這時，地底下突然毫無征兆地鉆出來一條沙蟲，一下子咬住主角的左臂，將他拖入了地底。
主角跟自己的小隊失散了，等回過神來的時候，他已經來到了地底的洞穴中，這里是蟲族的巢穴之一。
而從這里開始，游戲則是進入了第二階段的劇情。
主角使用防護服的潛行能力小心翼翼地在蟲族的巢穴中尋找出口，游戲的玩法也從FPS變成了潛行為主、射擊為輔，只有在小部分不被發現的情況下才能開槍消滅敵人。
主角在蟲族巢穴中要避開那些強大的蟲族，同時還要不斷地找尋出口，在這期間內，他所有的補給都來自于跟他差不多的被拖入蟲族巢穴的人類戰士。
這些人就不像羅舟這樣好運了，他們基本上都沒能逃出蟲族的巢穴，蟲族把他們的尸體殘骸啃食殆盡后，破爛的防護服、護甲板、能源塊等等，就全都堆積在了巢穴中。
每隔一段距離，羅舟都能找到一些蟲族的垃圾堆，在里面可以找到一些能廢物利用的補給品，以此維持自己防護服的能源和子彈的補給。
在第二階段，玩家基本上是處于完全孤立無援的狀態。跟外界的通訊被切斷，也無法很好地確定如何離開蟲族巢穴，物資極度匱乏，而且蟲族的數量完全超乎想象。
在這個階段，游戲難度稍有提升，但并沒有提升到很高的程度。沒有了隊友的支援，主角必須自己解決所有的麻煩，這可能會讓玩家們回憶起隊友的好；即使拿到了資源也無法換成物資，想要獲得補給只能去翻垃圾堆，不管是子彈還是能源都必須特別節省；見到蟲族也不能無腦開槍，而是要根據敵人的特點決定是要暗殺、射殺還是避開。
第二段劇情是類似于傳統迷宮的構造，玩家可以自由選擇路線，但最終還是會走到正確的路線上去。在成功逃離蟲族巢穴之后，主角成功跟小隊恢復了聯絡，得知蟲族大軍正在源源不斷地發動進攻，只有找到巢穴中腦蟲的位置才能遏制蟲族大軍。
于是主角再度返回蟲族巢穴，最終炸死了藏身在地底的腦蟲，非常驚險地逃出生天。
這次事件之后，主角和小隊成員受到表彰，繼續執行任務。
時間一晃來到數年之后，在這段時間內，人類不斷地擴展實際的控制范圍，同時拆解零件修復飛船和建造行星發動機的任務也在不斷地向前推進。
再次從軍營中走出來，羅舟抬頭就能看到遠處正在建造的行星發動機，那是一座一萬多米的巨大山峰，離得很遠就能看到。這是第一批修建的行星發動機，到目前為止只是搭起了一個大框架，能夠看到無數的小型飛船正在圍著它不斷忙碌。
即使是這種級別的工程，人類的進度也很快，畢竟是在跟死神爭分奪秒。隨著游戲進程的推進，每次玩家看向行星發動機的時候都會詫異地發現它好像又完工了一小部分。
主角因為之前摧毀蟲族巢穴的優異表現而得到指揮官的賞識，甚至能夠直接面對星際火種計劃的最終負責人——最高執政官，從那里直接領取一些極為特殊的任務。
這次主角領到了一個讓他有些詫異的任務，他要跟其他士兵一起協助進行星際飛船的修復工作，并警惕意外的發生。
修復星際飛船的議案從最開始就在討論中，但直到現在才開始著手進行。所謂“修復”，無非是把完好的飛船零件拼湊一下，拆東墻補西墻，補出小部分能夠正常運行的星際戰艦。因為人類目前的科技尚不足以生產那些星際飛船的核心關鍵部件。
之所以這個議案到現在才著手進行，是因為在高層中始終存在著分歧和爭議。羅舟從最高執政官處得知，雖然表面上看起來高層就星際火種計劃達成了一致，開始全力發展重聚變技術、修建行星發動機，但私下里反對的聲音一直都有。
在執行任務的過程中，羅舟通過竊聽、搜集資料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。
現在的高層已經分裂為飛船派、中立派和行星派三個派系。
目前，中立派暫時站在行星派，也就是最高執政官這邊，飛船派的人數最少。但飛船派中有大量的高級軍官、技術精英，雖然暫時沒有什么非分之想，但可能產生的破壞力卻是不容小覷的。
而這些人之所以堅定選擇飛船派，理由也看似很充分：“行星發動機是以全人類命運為賭注的一場豪賭，一旦失敗人類將會萬劫不復。作為人類的精英，他們理應首先撤離，而不應該在這里冒無謂的風險。”
飛船派的人在數年的政治運作無果后，已經把在密謀搶奪飛船，進行叛逃。
在游戲的這個階段，玩家的主要活動區域是在損壞的艦隊區域。大量的工程師在對飛船進行拆解、修復，羅舟這些士兵們則是負責巡邏、站崗，表面上是在警惕蟲族的威脅，實際上是為了防范飛船派的人。
在第一批飛船成功修復之后，行星發動機附近突然發現蟲族活動的痕跡，士兵們被緊急征召前往迎戰蟲族，羅舟則是按照指揮官的指示繼續保護飛船。飛船派果然發動叛亂想要搶奪飛船，主角所在的小隊跟叛軍激烈交火，最終在共同努力之下，成功擊敗叛軍，粉碎了飛船派的計劃。
這次的戰斗內容是一次比較長的電影化流程，全都是在星際戰艦所在的場景進行的。
在星際戰艦外，嚴禁大型作戰武器進入禁區，但還是有大量的叛軍通過種種方式混了進來。這些叛軍的目的就是奪取星際戰艦叛逃，羅舟的小隊和其他戰士們在星際戰艦內部跟叛軍激烈交火，并最終將他們全都消滅。
不過在戰斗的最后，惱羞成怒的叛軍孤注一擲，使用了特殊的生化武器，雖然戰斗最終結束了，但羅舟和很多士兵都遭受重創。
執政官決定讓這批戰士進入冬眠，并通過機械義肢等新技術修復他們的身體，讓他們在未來的某個時間再度復活。
雖然這次成功瓦解了飛船派的圖謀，但執政官意識到這很可能只是一次試探，真正的飛船派組織隱藏得一定很深，在未來還有可能會卷土重來。所以，他在暗地里給這批冬眠的戰士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保證星際火種計劃可以順利地推行下去。
第三階段的內容到此為止，這個階段算是劇情前半段的一個小高潮，電影化流程能夠最大限度地激發玩家的情緒，各種大場面的營造讓玩家的腎上腺素激增。在戰斗中，窮兇極惡的叛軍、隊友負傷、爆炸和混亂的場景，等等這些元素都可以很好地調動玩家的情緒，讓第二階段被壓抑的情緒得以釋放。
第四階段的內容，是羅舟冬眠結束后的劇情。
自從主角冬眠之后已經過去了數十年，等他從冬眠中蘇醒過來之后，整個人類世界已經發生了天翻地覆的變化。
在冬眠中心服務人員的引導下，羅舟領到新的防護服，去軍營報道。離開冬眠中心之后羅舟才發現，原來現在人類已經轉入了地底，外面的世界也已經發生了翻天覆地的變化。
原本的執政官已經死去，現在的新任執政官不論是手腕還是能力都要略遜一籌，表面上風平浪靜，實際上高層的局勢已經是亂成一團。
羅舟原本的隊員只有一名跟他一同冬眠、一同蘇醒，其他的隊員或者是病死，或者是老死，或者是在和蟲族的戰斗中死去，都已經離開了人世。
不過羅舟很快就被分配了新的隊員，作為一名曾經立下過不朽功勛的軍士長，羅舟在軍營中受到了極大的尊重。
這方面在游戲中有非常直觀的提現：軍營中的所有人都對羅舟畢恭畢敬，而且在商人那邊購物也可以享受很不錯的折扣。
而后，羅舟恢復了士兵的身份，再度率領自己的小隊出發前往地表進行探索工作。
回到地表之后，羅舟才發現原本熟悉的場景已經發生了翻天覆地的變化。
一萬多米的行星發動機早已經完全建成，以前還只是一個空架子，現在已經變成了一座碩大的鋼鐵山峰，還在噴射著藍色的粒子尾焰，強烈的光亮讓周圍的區域永遠都是白天。
原本紅褐色的荒原已經變成了白茫茫的雪原，其實嚴格來說那并不是雪，而是二氧化碳在極冷條件下凝結成的干冰，環境已經陷入絕對的嚴寒。
在行星發動機附近溫度會高很多，如果在行星發動機腳下的話，即使防護服破損或者能源耗盡也不會被凍死，頂多是凍傷，但如果離行星發動機比較遠的話，那么防護服的恒溫系統失去能源就意味著死路一條。
第四階段的游戲內容，跟第一階段有些類似，同樣是半開放世界的玩法。
羅舟和自己的小隊在茫茫雪原上執行任務，比如解救被困的運輸車隊、到一些非常偏遠的地方去圍剿殘存的蟲族、在厚厚的冰層下面尋找可以廢物利用的資源，等等。
在行星發動機啟動的過程中，星球的地殼還是發生了一些震動，許多大型礦場坍塌，也有一些蟲族挖掘出來的巢穴發生了塌陷。這些地方還有一些可供利用的資源，但已經很難去搜尋，只有羅舟這樣的小分隊才會去尋找。
通過第一階段和第四階段場景的對比，玩家會產生一種恍如隔世之感。羅舟在執行任務的時候還能依稀認出數十年前跟蟲族戰斗過的地方，還在某個廢墟下面發現了自己曾經駕駛過的機甲殘骸。但時過境遷，曾經多到讓人惡心的蟲族，現在也只是在茍延殘喘，遇到蟲族的概率下降了很多。
但這也并不意味著蟲族已經毫無威脅，它們反而更加學會了隱藏自己，而且在這數十年的進化中，它們又獲得了一些專門針對人類武器的特長，甚至誕生了很多種新型的蟲族。
相比第一階段而言，雖然第四階段同樣是半開放世界的游戲玩法，但難度提升了很多。蟲族的實力更強、出現了不少新兵種；玩家在荒野中能夠搜刮到的資源變得更少了；環境更加惡劣，永遠處于溫度極低的狀態，一旦防護服破損或者能源用盡，就可能會有生命危險。
除了蟲族之外，玩家還有可能遭遇叛軍的襲擊，這些叛軍對羅舟都是欲除之而后快，敵人的情況變得更加復雜。
隨著任務線的推進，玩家也慢慢知道了現在的大背景。
為了讓星球獲得足夠的速度，最高執政官決定使用引力彈弓的方針，利用NGCX3進行加速。但這毫無疑問是一場豪賭，一旦失敗，星球將會跟NGCX3相撞，人類將迎來滅頂之災。
在這種緊要關頭，已經蟄伏數十年的飛船派，再度蠢蠢欲動起來。
之前飛船派搶奪飛船的行動顯然只是一次投機，真正的飛船派首腦潛藏在高層中伺機而動，他們并沒有無所事事，在這數十年中，他們一直在秘密發展飛船派的成員，為接下來的計劃做準備。
至于飛船派的理由也非常充分，他們依舊認為引力彈弓所帶來的風險是完全不可控的，一旦失敗，人類文明將迎來滅頂之災。所以，這些自詡精英的飛船派更加迫切地要奪取星際飛船，立刻逃離這顆星球，延續人類的火種。
而這次對于飛船派來說已經是最后的機會，很多飛船派的核心成員已經完全喪失了理智，這次的叛亂將會直接決定著人類的未來。
在一次調查中羅舟偶然發現，飛船派已經滲透到了軍隊中的高層，他們甚至將目標瞄準了行星發動機，妄圖破壞行星發動機引發混亂，從而奪取星際飛船。