萬歷元年大明朝沒什么大事情發生，張居正穩步的推進他的人事革新，馮保死后的皇宮大內也很平和。李太后開始信佛，太監們也各自忙碌著，他們想爭斗暫時也斗不起來。
俞大猷在八月的時候進了京，打著就是看病的旗號。
朱翊鈞找機會見了俞大猷，然后就把俞大猷交給了陳矩，陳矩掌管著兵仗局，俞大猷去那里正合適。作為一個經驗豐富的戰將，俞大猷對軍械自然非常的了解。
有俞大猷幫著陳矩，那邊也不會出什么問題，朱翊鈞也放心。
萬歷二年，東南沿海大海賊林鳳進犯內陸，被兵部尚書兼右副都御史兩廣總督殷正茂擊破。
兩廣局面穩定，但是林鳳卻沒有停下腳步，他從臺灣開赴菲律賓，聯合當地華人和土著共同驅逐西班牙殖民者。船隊急航兩天，到達呂宋邊界，立即攻占密雁，西班牙守將撒示洛駕舟逃走，船隊乘勝前進，直逼馬尼拉。
兵貴神速，林鳳即命先鋒率七百精兵乘夜襲擊馬尼拉。不料入夜天氣驟變，風雨交加，巨浪如山，船只一半沉沒，損失二百余人，同時因天黑難航，錯登地點，輾轉至馬尼拉時，天已大亮，西班牙人已有準備。
先鋒部隊不顧疲勞，奮勇進攻，攻入西班牙人的指揮部，殺死總指揮高第，許多西班牙人束手就擒。
萬歷二年十月，建州女真首領王杲大舉入侵。遼東巡撫張學顏、總兵官李成梁命將分布要塞，從四面出兵圍攻。王杲兵敗，部眾皆逃奔入王杲所居營寨。
寨在高地，形勢險要，易守難攻，王杲深溝堅壘以自固。
李成梁用火器攻之，破數柵，把總于志文等將領兵冒死登高猛攻，王杲不能支，逃至高臺，射殺于志文。此時適遇起大風，明軍遂縱火焚燒王杲軍營，先后斬殺一千一百余人，毀其營壘。
這兩條消息一條是東廠在濠江的人送來的，一條是戰事的情報，朱翊鈞看到的時候心情有些沉重。
殖民者已經邁入東方了，他們在馬尼拉站穩了腳跟了，而大明的船隊還不見蹤影。在帝國的北方，建州女真開始崛起了，雖然有李成梁等人彈壓，但是會越來越麻煩。
隨著建州女真的崛起，再加上草原上的蒙古，大明的北方邊境會變得不寧。
朱翊鈞到不是擔心他們鬧出什么亂子，可是萬歷皇帝知道，如果真的按照歷史發展，建州女真會成為心腹之患。他們會把大明的精力牽扯到邊境，每年大量的消耗糧草，讓本就疲憊的大明，更加的疲于奔命。
萬歷二年秋，山西應州、朔州、山陰、馬邑、大同等縣及安東、中屯、山陰、陰和、高山等衛各以災報。
南直隸高郵州以東兩淮所轄呂四等場大旱之后，又發生狂風暴雨，河海并溢，廬舍傾圮萬余區，溺死居民一千六百余人，家畜無數，倉庫鹽場漂蕩無存，百姓流離失所，饑饉無食。徐州、揚州等大雨為災，海嘯河溢。
這件事情之后，朱翊鈞知道地球不安分了，小冰川期來了。
從這個時候開始，大明便動蕩不安了起來，各種各樣的天災會進一步吞噬大明的壽命。百姓流離失所，如果沒有什么作為，農民起義的大火遲早都會星星燎原。
萬歷三年，這一年地球倒是太平了，可是朝廷又不太平了。
徹底掌握了朝廷的張居正開始了大規模的清洗，官員致士的致士，罷官的罷官，張居正開始大規模的提拔自己的人。整個大明朝的官場改天換地，正是步入張居正時代。
東南亞的戰爭進行的如火如荼，林鳳與西班牙人的戰斗越發的激烈了起來。
勢單力孤的林鳳在菲律賓兵敗以后，引兵內犯，曾到達柘林，靖海，碣石等地。同時也到達過福建等處，依臺灣魍港為基地四處劫掠。但是當時福建方面打擊海盜很嚴厲，林鳳四處碰壁，只得離去。
胡守仁再次擊敗林鳳，林鳳引兵退至廣東進犯潮州。當時潮州的參政金浙主撫，林鳳本人也看見了閩廣兩省的水師力量很大，意冷心灰不作進一步的抵抗準備。
于是林鳳的手下馬志善，李成等一千七百一十二人被招降，六百六十八名男女百姓被收容。林鳳素知中國傳統以來對待所謂盜賊毫不留情，只身逃往外洋，下落不明。
大明朝無論是官方還是私人，暫時退出了東南亞的殖民爭奪。
只不過大明海貿利益太豐厚，在林鳳之后，大明的沿海又一位大海盜崛起了，這個人就是李旦。李旦通過與倭國的貿易發家，他支持了倭國的德川家康統一倭國。
李旦借由日本海盜集團幫助，籌組武裝船隊，于日本、中國大陸、臺灣、東南亞間與荷蘭、英國所經營船只從事國際貿易往來，除此，也從事海盜掠奪行為。
因海上作風強悍，被西洋人取昵稱為“Captain China”中國船長），或稱甲必丹李旦。“甲必丹”（Captain）一詞，為西班牙人統治馬尼拉時期，對漢人領袖的稱呼。
這些事情都是朱翊鈞讓澳門的情報人員搜集的消息，李旦崛起的很迅速，朱翊鈞相信這后面絕對有東南豪族的支持。
萬歷四年，朝廷一切都很順暢，北疆因為有戚繼光在，一切都非常的平穩。
董狐貍被戚繼光徹底打服了，董狐貍穿素服跑到戚繼光那里大哭請降，戚繼光與部下商議后決定接受其投降，董狐貍于是將劫掠的百姓放回，并發誓不再反叛，自此董狐貍與董長昂再也不敢侵犯薊門。
戚繼光鎮守的薊門固若金湯，北蠻子無法攻入，于是轉而進犯遼東，戚繼光率兵增援，協助遼東守將李成梁將其擊退。
有了戚繼光的幫忙，李成梁在遼東發展了起來，建州女真也被壓了下去，大明的北疆暫時安穩了下來。只不過朱翊鈞知道，這些都是暫時的。
這一年，朱翊鈞同樣收到了來自澳門的消息，葡萄牙人在澳門成立了天主教區，正是開始再大明傳教。
雖然磕磕絆絆，但是大明邁入了萬歷五年，一個注定被歷史銘記的年份。