矩陣世界，一個男子漫步在街頭，穿著一身得體的西裝，氣度優雅，打量四周，這個男子似乎在尋找著什么，只是神色間看不到絲毫急切的模樣就是了，倒是他這優雅的氣度，讓不少大膽的女子，肆無忌憚的多看了他幾眼就是了。
史密斯走在大街上，尋找著入侵者的存在，可是找了好幾天，史密斯都沒有遇到一個入侵者，這讓他感覺到無奈。
史密斯不知道的是，現實世界當中錫安基地危在旦夕，所有的人都在積極備戰，所以若是沒什么重要的事情，是不會再有人偷渡進入矩陣世界的。
自從復活以來，史密斯能夠感覺到自己的程序變得完全不一樣了，不只是自己的程序發現了異變，讓自己擁有了更強的力量，更主要的是自己類似于病毒似的，可以感染許多的人，乃至電腦特工，變成自己的分身。
這些日子過去，史密斯已經是同化了許多人了，難以計數的自己在矩陣世界當中行走著，也是在尋找著入侵者的蹤跡，。
可是，找了幾天他都沒有找到，這讓史密斯覺得難以理解，為什么最近這些日子，似乎都沒有人偷偷的潛入矩陣世界呢？莫非發生了什么大事不成？
就當史密斯找了好幾天，也沒有找到入侵者，心下正猜疑著的時候，突然一個人影吸引了史密斯的注意，正是杰克斯。
終于找到了入侵者了？史密斯本來是很興奮的，只是跟在杰克斯的身后跟了片刻，史密斯又被杰克斯的舉動嚇到了，他居然進了母體的密室寶庫當中偷東西，而且母體居然派出了十幾個電腦特工追殺他？
眼看著杰克斯就要被那些電腦特工抓住的時候，史密斯本來忍不住想要出手的，可是東方玉卻出現了，然后接下來就是東方玉把那些電腦特工都嚇退了，跟著矩陣世界開始毀滅，東方玉和杰克斯兩人分道揚鑣的離開了。
東方玉的出口在很遠，所以速度極快的從空中離開了，而杰克斯的入口比較近，所以杰克斯也果斷的離開。
躲藏在暗處的史密斯自然也察覺到了母體的意圖，他居然要將整個矩陣世界完全毀掉嗎？難道？是因為自己如病毒一般的蔓延，脫離了母體的控制，所以母體才要重載矩陣世界不成？
這些是史密斯的猜想，具體如何，他也沒時間去考究了，史密斯很清楚，如果自己繼續留在矩陣世界當中的話，也難免跟著矩陣世界一同毀滅的命運，所以，史密斯打起了精神，偷偷的跟在杰克斯的身后。
生死存亡之際，杰克斯的速度也很快，迅速的就趕到了自己的出口處。
天地寂滅，一片混亂，杰克斯好不容易的沖到了電話亭的旁邊，隨著電話響起，杰克斯伸手去拿電話。
只是杰克斯才剛剛把電話拿起來，史密斯卻在這一刻沖了出來，一雙手仿佛虛影似的狠狠的刺入了杰克斯的體內，如同墨汁一般的黑色物質，順著史密斯的手掌蔓延出去，很快的覆蓋了杰克斯的全身。
復活之后的史密斯，能夠同化矩陣世界當中的人物和電腦特工，自然，這些偷渡者和普通的居民也沒什么區別，史密斯竟然就這樣直接同化了杰克斯，然后，接通了電話的史密斯，身體化作一陣粒子流，離開了矩陣的世界了……
史密斯睜開了雙眼，很快他就明白了，自己果然成功擺脫了矩陣的那個大監牢了，自己終于是成功的逃出來了，這讓史密斯欣喜若狂，幾乎忍不住想要高興得大叫出聲。
只是不同于史密斯的歡喜，這個時候，連線員和司令官他們的臉色都很難看。
雖然成功的竊取到了矩陣世界的架構圖，可是母體操控機器人的密碼卻沒找到，而且東方玉也被困在矩陣世界當中，即將與那矩陣世界一同被毀滅，這讓司令官他們的臉色非常的難看。
不管如何，墨菲斯和奈奧比的飛船是去襲擊電腦總部的，而且獲勝的希望在東方玉的身上，雖然司令官不相信墨菲斯那一套，可東方玉就這樣死了？墨菲斯和奈奧比的任務還沒開始就失敗了？即便是司令官，心情也非常的糟糕。
史密斯是一個很聰明的人，雖然說逃出了矩陣世界的大監獄，這讓他歡喜異常，可看著司令官他們的臉色，史密斯又收斂好了自己的情緒，不動聲色。
很快司令官搖搖頭，下令讓大家繼續努力備戰，接著直接離開了，矩陣世界都已經崩壞了，就算是再想進去盜取密碼也不可能了，而且，東方玉也死定了，在司令官看來，人類的未來已經沒有退路了。
若史密斯還是電腦特工的話，那么他就應該會從母體那么得到訊息，知道母體已經派了足足二十五萬機器人前來襲擊錫安，可惜的是復活之后的史密斯完全脫離了母體的掌控了，變成了不同于電腦特工，更不同于人類的特殊存在，再加上剛剛復活沒有多久，所以，史密斯并不知道錫安現在危在旦夕的情景。
隨著司令官臉色很難看的離開，大家也各自忙碌起來了之后，史密斯自然是旁敲側擊的問了問現在的情況。
只是當他得知現在的錫安危在旦夕，隨時都有可能會被二十五萬機器人消滅的時候，史密斯也愣住了，整個人可以說是懵了，一時間竟然是傻立在當場。
史密斯一直以來都難以忍受自己被母體操縱著，他一直以來都夢寐以求的擺脫母體對自己的掌控，更夢想著脫離矩陣那個大監牢。
現在，史密斯可以說是終于實現了自己的愿望了，首先他擺脫了母體的操控了，其次，他也成功的同化了一個人類的意識，成功的從矩陣世界當中逃出來了。
可是，還沒等史密斯高興，還沒等他慶祝現在自己獲得的自由，他卻聽到了錫安危在旦夕，隨時都有可能會被毀滅的結論，這讓史密斯整個人懵了。
才剛剛逃出矩陣的世界，還沒來得及等自己慶幸逃過一劫，才發現，就算是自己逃離了矩陣世界，也是一死嗎？
依靠著矩陣世界的規則，自己同化了這個叫做杰克斯的意識，成功的逃出來了，可是在母體看來，在那些烏賊機器人看來，自己和普通的人類沒有任何的區別，如果那些機器人真的攻進錫安的話，相信也絕對不可能會對自己手下留情的……
“不，我不想死，我不想死……”，才剛剛獲得自由，就危在旦夕，史密斯的心中自然是涌現起不甘心的情緒，心下也同樣爆發出了求生的意志。
雖然自己的前身是電腦特工，所以對于人類并沒有什么好感，但是史密斯也不得不承認，矩陣世界已經毀了，自己在矩陣世界里那么多的分身也全都死了，自己變成了唯一的單獨個體，那么自己就一定要好好的活下去。
不管如何，自己現在是人類了，想要活下來，就得想盡辦法幫助人類獲得這場戰爭的勝利才行。
且不說錫安的基地，史密斯好不容易從矩陣的世界中逃出來了，現在是站在人類這邊，想著如何幫人類獲得勝利，這個時候，墨菲斯和奈奧比的飛船，已經是重整旗鼓了，朝著電腦總部的方向飛了過去。
兩艘飛船可以說是整裝待發，等著給予電腦總部致命的一擊，將整個電腦總部毀掉，解救全人類。
一顆仙豆下去，東方玉的傷勢完全康復了，這仙豆治愈能力，當真是讓墨菲斯等人全都目瞪口呆，剛剛東方玉的情況他們可看在眼里的，顯然是受了很嚴重的創傷才對，可是只吃了一顆豆子罷了，居然眨眼間就痊愈了？
眼看著東方玉痊愈了，飛船再度了，墨菲斯心中許多的疑問，都一口氣拋了出去。
對于墨菲斯的疑問，東方玉也沒有隱瞞的意思，關于自己不借用線路卻成功的從矩陣世界逃脫的緣由，也坦白的說了出來。
至于說仙豆？東方玉也表示自己身上沒剩多少了，這倒是實話，仙豆相當于救命的仙丹，一顆相當于一條性命，若不是現在襲擊電腦總部的事情是迫在眉睫，東方玉都舍不得用仙豆來治療傷勢呢。
這個時候，飛船繼續往地表飛去了，隨著距離地表越來越近，周圍的烏賊機器人倒是越來越少了，畢竟那二十五萬的烏賊機器人這個時候，幾乎全都擠在地底當中呢。
尼奧的精神力就像是雷達似的探測，東方玉維持著基因鎖第二階的狀態，讓天道傀儡和玉陽子在外面守衛，耗費了一番時間之后，終于是成功的飛到了地球的表面了……
喀拉拉。
與此同時，錫安基地當中，所有的戰士全都嚴正以待，抬頭望向洞穴的天花板，細碎的聲音在天花板上響起，而且越來越清晰。
終于，在所有人的注視下，天花板出現了一個裂痕，旋即一個巨大的鉆頭，直接洞穿了錫安基地的天花板了，從高處落了下來。
同時，那鉆開的孔洞里面，無數的烏賊機器人蜂擁而入……(