就在港口激戰的同時，凱塞林、伊亞金諾帶領著德意艦隊主力也連夜向亞歷山大港撲來，很快就根據隆美爾的指示逮住了離港不久、速度緩慢、隊伍龐大的運輸艦隊。面對如林而至的軸心艦隊，率眾逃竄的安德魯面如死灰，這么龐大的兵力只有鼎盛時期的地中海艦隊才堪一戰，現在自己手里就這么幾條小舢板，別說與戰列艦抗衡，多來2條重巡洋艦都受不了。面對逃又逃不了、打又打不過的局面，所有海軍將士都一片茫然，而運輸艦上的海員更是慌亂。
“發明碼電報、打旗語，喝令他們全部投降。”深知英國人秉性的凱塞林還在電報末尾加了一條，“不許自沉一艘船只，否則視為反抗，全艦所有人員一概格殺勿論。”
這么明確的電文再加上黑洞洞的炮口，安德魯無可奈何命令各艦升起白旗宣告投降了，其中有幾艘船的艦長或船長不甘心失敗，企圖命令手下打開通海閥自沉，但被憤怒的海員和士兵揍得鼻青眼腫——你想死我們還不想死呢？
只有一條驅逐艦視死如歸地選擇自沉，結果德國人也殺氣騰騰地履行了承諾：先用12門203mm的艦炮抵近轟擊緩緩下沉的艦體，然后再用20mm機關炮掃海，打到海水一片殷紅沒有一個活人逃出來為止，這場景看得所有人心里都是陣陣抽搐。
大概被德國人的沖天殺氣所震懾，逃跑艦隊最后乖乖被押解回了亞歷山大港，表現得比綿羊還恭順。
其實英美對斯大林撒了謊，運送給紅軍的物資壓根就不在非洲沿線而是早就到了阿拉伯半島南部，因第八集團軍一直在請求物資支援而臨時改向去了埃及，當初丘吉爾打算讓紅軍拿下一批物資——原定給北非英軍的補給，美國方面認可了這個臨時調整。這些東西都在運輸船上，很多貨甚至還沒來得及清點和卸載直接就連船帶貨一起落到了德國人手里。
伊亞金諾分出一部分艦隊押解艦隊返回港口，他則率領其余艦隊用最快速度朝運河口的賽德港撲去。在陸地上，隆美爾不顧城里零星還有抵抗沒有肅清。直接命令蘇伊士打擊群迅速朝運河區進攻——誰都擔心英國人狗急跳墻毀了運河。至于亞歷山大從開羅派出來增援的128旅從潰兵口中聽說港口已陷落的消息后，干脆利落地轉進回了開羅，雙方連照面都沒打上。
從當天下午到第二天傍晚，運河集團軍兵力全線展開，除留下2000余人固守亞歷山大港外。其余部隊如同上足了發條一般猛沖猛打，整支大軍沿著拉希德、巴提姆、達米埃塔的濱海公路一路向狂飆突進200多公里，一直到占領運河口的塞得港為止，3個師又1個旅共6萬人前后拉長成了300多公里的隊伍，似乎又找到了當初從托卜魯克一路殺到阿拉曼的激情。
高斯和巴爾克都很擔心埃及英軍會抓住這個機會進攻自己側翼，多次提醒隆美爾注意安全，別讓英國人鉆了空子，但后者堅定表示繼續前進，不要擔心來自側翼的進攻。他寬慰著幾個手下：“我在法國戰役時與英國人打過，在北非又和他們打了1年半。我深知他們是什么德性——別怕，他們不敢來！別說他們現在兵力只相當于我們的一半，就是兵力和我們一樣甚至比我多一半，亞歷山大也不敢進攻。英國人沒有3倍于我的坦克和部隊，沒有足夠飛機支援是根本不敢進攻的。他們如果敢進攻我還求之不得，那意味著我能用更快的時間把他們清除出去。”
巴爾克雖然將信將疑，但事實發展證實隆美爾所言不虛，在天上飛機蔽天遮日、地面坦克轟鳴這樣的駭人聲勢面前，各地駐扎的英國治安部隊不是乖乖投降就是撒開腳丫子向開羅方向逃竄，根本無人試圖反抗。在開羅城內的英軍一個個嚇得瑟瑟發抖。甚至因為一部分德國飛機飛抵空襲都能一窩蜂逃散，全靠各級軍官努力維持著局面。在這樣人心浮動的狀態下，焦急地如同熱鍋上的螞蟻一般的亞歷山大上將別說主動進攻運河集團軍，連能切實掌握部隊秩序都已算是難能可貴了。
這時候就能看出龐德對破壞運河計劃不可行的清醒認識：在沒有預案、沒有準備的前提下去堵塞運河根本就辦不到。與其白費力氣還不如加強下開羅的防御。
亞歷山大連續拍了3封電報向倫敦報告港口已丟失，開羅防御體系不完備而建議撤退，但因拉姆斯登所率領之埃及軍尚未抵達的緣故，丘吉爾不但不批準他的撤退請求，反而要求其整頓城防、協同即將到來的埃及軍一同固守開羅，為海上援軍到來爭取時間。總算是17日清晨他難得地收到了一個好消息：拉姆斯登拍電報告訴他埃及軍離開羅只有最后100多公里了。預計明天凌晨可以抵達。
特德用憂心忡忡的語氣向亞歷山大報告了空軍偵查的結果：德國運河集團軍對開羅的半圓弧包圍圈也開始構建起來了，特別是當天中午德軍先頭部隊在控制住蘇伊士運河口之后，開羅西、北、東三個方向均出現了德軍，德意聯合艦隊主力也開始開入了運河區，現在英國人別說破壞運河區，就連出現在運河區附近都有可能遭地面、水面、空中火力的三重夾擊。
亞歷山大希望空軍能去空襲德意艦隊，但特德苦笑著答復說這根本辦不到：不僅因為空軍的飛機數量掉落到了可怕的地步，還因為匆忙撤退的緣故，現在連熟練的地勤和配套維護人手都不足，亞歷山大港的丟失更加劇了這種局面，不過他承諾會盡力偵查、掌握敵軍動向，同時盡可能保衛開羅。亞歷山大愣了一下之后也只能無奈地答應。
開羅唯獨向南的道路依然是暢通的，隆美爾用“圍三缺一”的方式企圖逼迫亞歷山大從開羅城中逃跑——霍夫曼反復交代盡可能避免與英軍進行巷戰。亞歷山大其實也不想守，但他還肩負著接應埃及軍的重任，哪怕面對德國人越收越緊的包圍圈他也只能硬著頭皮繼續頂下去。終于在當天深夜，拉姆斯登的埃及軍歷經千辛萬苦，繞過了德軍防線、躲過了德國空軍的追索，陸陸續續地開進了開羅。
這支3萬多人的大部隊在沙漠里長途跋涉長達一周，從軍官到士兵的體力和忍耐力已完全到了極點，如果沒有蒙哥馬利抽調眾多的車輛和補給，沒有給部隊劃定的那一條雖然迂回走了遠路卻絕對安全的道路，拉姆斯登都不敢想象自己是否能咬著牙再次回到開羅。包括他在內，很多軍官和士兵的體重普遍輕了1015磅，完全是憑借毅力和斗志支撐下來的。
到開羅的那一瞬間，所有人都感覺自己垮了下去，平日最顧風度和形象的大英帝國官兵們此刻疲憊不堪，甚至隨便在公路上找塊空地就一頭躺倒在地。雖然他們如此狼狽，但算是給守軍注入了一針強心針——有了6萬多人捏在手里，亞歷山大上將感覺自己晚上終于可以睡個安穩覺了。
但這種好心情只持續了短短5個多小時，清晨時分他收到海軍上將坎寧安發來的電報，他的臉色又變得很難看。
坎寧安在電報中告訴他，快速支援部隊以最快速度行駛，目前已越過索馬里摩加迪沙與塞舌爾群島一線的位置，但由于一路上高速行進時間太長，不時有船舶發生機械故障，同時又因為天氣惡劣等緣故，目前艦隊中心位置仍然在摩加迪沙東北偏東約500公里之外的海域，離埃及至少還有2000海里的航程，換而言之他已不可能在20日夜間抵達，可能要比預定計劃推遲34天。
毫無選擇的亞歷山大只能選擇繼續等待——在德國人占領運河區并步步緊逼之后，他的部隊已失去了越過運河撤往西奈半島和波斯的條件，他現今只有2個選擇：
第一，堅守開羅等待坎寧安的援兵上來反攻；
第二，等待坎寧安的艦隊到來將他的部隊接走。
無論哪種選擇他都必須等待坎寧安艦隊到來，至于第三條辦法他想都沒想過——直接放棄開羅向上埃及撤退并伺機退入埃塞俄比亞和東非，他認為部隊的補給、物資根本不足以支撐這樣遠距離的行軍，而且德意艦隊已開進了運河區，他們完全有辦法順流直下追擊撤退部隊，他管這條路叫“死路！”
他告訴坎寧安亞歷山大港和運河區已丟失，建議艦隊在開羅東南方向約500多公里的塞法杰港登陸——我將一直堅守，直到你們的到來！(