時間很快過去了三天，三天的時間足以讓那些在燃燒軍團號接受治療的機師全部恢復，而原本聚集在nerv總部的勝利艦隊，也在蕭然于燃燒軍團號食堂公布了機體升級的事情之后分散了開來。
永恒號最先離開，帶著龍族的女巫公主莎拉返回了西歷世界，在西歷世界那邊接上曙光社，以及plant，最后還有天人那邊的技術人員之后，就會直接前往月球的阿納海姆和其他人進行匯合，同時也會把一直留在西歷世界的艾爾埃爾夫接過來。
一起離開的還有星野琉璃的撫子號，帶著亞捷那爾第一中隊的人離開，并且帶上了三十臺左右的來自于安布利歐的pm一起前往了亞捷那爾，準備將這批機體交付給亞捷那爾使用，同時星野琉璃這邊也會負責帶回屬于尼路加重工的技術人員和設備過來。
然后是拉·凱拉姆號，擬·阿卡馬號，丹奴之子號，托勒密號四艘艦船帶著除了燃燒軍團號成員，大和號成員之外，全部直接前往了月球的阿納海姆，也將會是第一批進行機體改造，更換的成員，而要改造的也不只是機體，包括戰艦也同樣在改造的計劃當中。
如此多的機體和戰艦要進行改動，時間緊任務重，真的是將兩個世界的力量凝聚在一起，一起努力的在為勝利艦隊創造更好的條件。
eva小隊的成員全員留在了nerv總部，初號機需要進行檢查，二號機需要進行徹底的修復和裝甲重置，零號機嘛則需要完全的重建，所以碇真嗣雖然只是昏迷了一整天的時間，但也必須和被救回來的明日香，凌波麗兩人留在nerv配合三臺機體的相關事物。
而從nerv這邊離開之前，蕭然也得到了有關于其他eva的情報，是由碇源渡親自送到蕭然手中的情報，之前碇源渡的確是準備量產eva，而且還真制造了好些出來，除了初號機，零號機，二號機，以及被毀滅的三號機之外，碇源渡一開始擬定了二十二臺eva的制造計劃，但因為三號機所出現的情況，除了已經制造完成的十三號機前面的，后面的則被全部的終止。
對于十三號以后已經制造出來的零件則全部用于對初號機，二號機，零號機，后續還會增配到勝利艦隊的十三號機，八號機后備維修部件，全部送到了勝利艦隊當中，當然也留下了部分對零號機，二號機進行重建和修復工作。
八號機的機師叫做真希波，也是在和魔神zero開戰之前時，頂替去測試三號機的明日香所駕駛二號機的機師，一個帶著眼鏡的眼鏡娘，如果拋開主角光環因素的影響，那么這位真希波反倒是最了解使徒，最了解eva，也是技術最強大的一名eva機師了，至少在蕭然的眼中是這么覺得的。
而十三號機則是一臺雙人駕駛的eva，一個人倒也不是不能駕駛，只是只有兩個人才能真正發揮出十三號機的力量來，而其中一名機師則是鼎鼎有名的渚薰，那個不少人稱之為最后使徒的家伙，更關鍵的是十三號機竟然是由使徒直接安裝裝甲改造完成的。
蕭然當時在看見碇源渡將這些資料送上來，特別是關于十三號機的資料以及渚薰的資料之后，沒人看見蕭然的臉一下子黑了起來，那一分鐘蕭然真的有種碇源渡你自己想死不要拉著我們大家一起去死的想法。
可蕭然最終在思考了一下之后，在離開nerv之前親自讓渚薰進入到了燃燒軍團號，面對面的交談了一下，旁敲側擊的詢問了一下渚薰的想法，雖然沒有說得太過明白，但渚薰也明白蕭然似乎知道了什么，只是帶著那和煦的笑容告訴蕭然，他只想要和碇真嗣在一起，為了碇真嗣的夢想愿意一起幫助這個世界。
總之渚薰后來還是帶著那標準的笑容離開，而蕭然則是看著渚薰的消失的背影表情有些怪異，簡直就像是看見了一個找到了喜歡的人所以愿意拋棄一切的妖孽，雖然渚薰確實也讓蕭然感到了放心，但為了保險，蕭然在第三天離開之前也還是將格拉漢姆，娜洛，咲三人留了下來。
然后帶著大和號，帶著兜甲兒的小隊，鐵也，莎也佳等等，一起前往了熱海，也就是科學要塞研究所，而且是另一個科學要塞研究所，兜甲兒父親所建造起來的真·科學要塞研究所。
值得一提的是，雷納德也同樣帶著屬于汞合金的高級技術人員們，一起前往了月球阿納海姆，在那邊配合勝利艦隊其他人機體的強化工作，以雷納德目前的技術能力而言，也完全有能力擔任這個重責，而且還能和羅進行隨時的聯系所以是誰在那邊也并沒有太多的關系。
至于羅嘛當然是和蕭然在一起，他的任務比起雷納德更重，魔神z，魔神皇帝，真蓋塔這三洋東西就夠得他忙的了，還好有些關于這三臺機體的東西可以稍微慢一點來，在前往伊斯坎達爾的路上和燃燒軍團號的技術人員們慢慢研究，但是借著來到真·科學要塞研究所的時間，幫巴薩克將大魔神改造成適合他使用的機體的這段時間，也可以和真·科學要塞研究所的一系列人員深入的交流和學習。
真·科學要塞研究所，是屬于兜甲兒父親兜劍造所制造出來的巨大建筑，而不是光子力研究所下面那個由弓博士所制造出來的仿冒品，在這邊有著更完善的設施，甚至連蓋塔射線的相關設施也同樣存在，也是大魔神被制造出來的地方，在真·科學要塞研究所出現之后，就連弓博士等原光子力研究所的全部成員也都轉入到了這邊，所以說在技術實力方面可謂是相當的強大。
配合羅，教導羅制造出一臺符合巴薩克的武斗魔神根本就不存在任何問題，巴薩克對武斗魔神的要求其實并不多，能打，能抗，能爆發，速度快，防御高，能使用東方不敗的武學傳承，有一把大砍刀，比原來的機體強就夠了……
但是比起巴薩克這個機師來說，反倒是蕭然對即將要出現的武斗魔神抱有更多的性質，甚至還親自加入到了其中在羅的幫忙之下設計出了幾款魔神的外形出來。
就在這大家分開的時間里，一起為了勝利艦隊的強大而繼續努力的時間里，艾爾埃爾夫也出現在了蕭然的眼前，帶上了一個人，也帶上了一個機器人。