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第八使徒被初號機、零號機以及二號機合作殲滅，隨著這一次行動的順理完成，三位駕駛員之間的關系迅速拉近。
NERV組織所屬的下層建筑施工人員對第八使徒在市內造成的破壞場地進行著修復工作，基地組織內部的工作人員則是在緊急修復初號機被第八使徒攻擊造成的創傷，畢竟誰也不知道第九使徒什么時候會來不是。
當然了，這些事情暫時都和碇真嗣、綾波麗、明日香，還有葛城美里無關，前面三個少年少女跟著后面的大人去吃她事前答應的“大餐”——如果路邊攤的賣的便宜拉面也算是是大餐的話。
第三新東京市的警報解除，恢復之前的平靜，在防空洞中避難的人們紛紛走出來，習以為常的迅速恢復往日的生活節奏。
對此，零觀不得不贊嘆一聲這些人的精神之堅韌。
在城市重新恢復生機的時候，NERV總部某處極為秘密的密室被打開，碇源渡和冬月幸增走了進來。碇源渡走到房間中央位置的椅子旁坐下來，冬月幸增把門關住鎖好，走到碇源渡身后靜靜地站著。
嗡嗡嗡嗡嗡嗡嗡 漆黑的房間里亮起暗紅色的光芒，七塊奇異的石碑以漂浮著的方式出現在兩人周圍，石碑表面最顯眼的就是標著的從一到七的數字。
沒錯，這些就是在幕后掌握著整個世界命脈的SEELE的絕對高層人員。
“到目前為止，計劃進行的非常順利。做得好，碇，我們當初果然沒有選錯人。”一號石碑說道。
“過獎了。”碇源渡淡淡的應道。
二號石碑傳出聲音：“和那個少年近距離相處了那么久，有沒有收獲呢？”
碇源渡眼前的鏡片一閃，“不知道您口中的收獲指的是什么呢？”
“當然是他的來歷，如何擁有那種力量，目的是什么……這些事情，碇司令你以為是什么呢？”
碇源渡沒有吭聲。
其他幾塊石碑無言的懸浮著。似乎是在等待他的回答，又似乎是在鄙視著他，房間里的氣氛變得有些莫名的詭譎。
果然……SEELE的這些老頭子們坐不住了。冬月幸增面無表情的看著碇源渡的背影，碇。你要怎么回答呢？
“一無所獲。”碇源渡淡淡的吐出四個字，然后繼續說道，“對方一直都在忙著進行海洋生物系統的恢復工作，最近則是在進行其他生物的恢復工作，并沒有受到他進行其他事情或者有其他目的的舉動。”
“……是嗎？原來如此。”一號石碑的語氣有些古怪。隨即他自己察覺了這種異樣，咳了一聲，沉聲說道，“這件事情就這樣算了。碇，計劃已經進行到了關鍵的時候，絕對不許意外，你明白嗎？”
“當然，實現「人類補完計劃」是我最重要的人生目標，我是不會讓它出現任何意外的，各位請放心！！！”碇源渡堅定的說道。
“那就好。”
“接下來。我們會把EVA三號機和傀儡系統送到第三新東京市去，有你在那里分別進行檢測實驗。”
碇源渡下意識的皺了皺眉，“傀儡系統？那種東西已經被開發出來了？”
“不錯，有了傀儡系統，EVA機體就能被我們徹底掌控。”
“就算出了問題，也能有翻盤的余地。”
碇源渡臉上露出一絲不悅，說道：“恕我直言，傀儡系統……”
“碇！”
一號石碑發出聲音打斷了碇源渡的話，“這是SEELE的命令。還有，三號機和傀儡系統已經在運送到第三新東京市的路上。你做好接收的準備吧。”
“……我明白了。”
“不要讓我們失望，碇！！！”
意味深藏的撂下這句話，七塊石碑的光芒全都消失，房間內重新陷入一片黑暗。寂靜的沒有半點聲音。
“碇……”
“冬月老師，安排下去，做好接收三號機和傀儡系統的準備吧。”碇源渡思忖了一下，繼續說道，“另外，把二號機凍結吧。”
“……好吧。”
由于“梵蒂岡條約”明確規定“一個國家不得擁有超過三架EVA機體”，初號機、零號機、二號機，再加上剛剛運送過來的三號機，第三新東京市這里已經有了三架EVA，所以必須封印一架才行。
很自然的，這個被封印的名額落到了二號機的頭上。
不是因為她不是女主，沒有女主光環，而是因為二號機的所有權不在這里，她現在還直屬于歐洲政府，這里的NERV組織無權使用她。因此，二號機被封印以后，明日香就沒辦法再駕駛EVA了。
“可惡！如果沒有了EVA，那我還有什么……”「砰」的一聲，明日香一拳擂在前方的玻璃器皿上，滿臉的不甘和惱怒，“那個該死的什么條約居然連這種事情都管？吃飽沒事干了嗎！！！”
“誰讓你的EVA是人家造的呢。還有，大小姐，你下手輕一點，那里面的可是很重要的實驗素材。”
零觀無奈的瞅了明日香一眼，“話說回來，這種事情你干嘛對我訴說？對碇真嗣說不是更好，說不定還能得到安慰呢。”
“切！！！”
明日香哼了一聲，扭頭腦袋：“誰……誰……誰稀罕他！！！”
小姐，你很微妙的把心里話說出來了啊。
原來如此，有話不直說，不愧是始祖界別的傲嬌啊。
零觀好笑的看著她，“說吧，你來找我有什么事？難道是想讓我去教訓教訓那些凍結你的二號機的家伙們？”
“我才不是那種小孩子啦。我只不過是單純的來找你說說話而已，沒什么其他的用意。”說著，明日香臉上露出咬牙切齒的表情。
“……哦，原來如此。”零觀楞了一下，隨即笑了起來。
由于暗示魔術的影響，三個有問題的少年少女逐漸解開心結，開始嘗試著接觸真正的現實，很自然的，接觸時間最長，又因為基因上的牽絆，碇真嗣與綾波麗的關系在旁人看來完全就是戀愛中的男女朋友。
這么一來，心里對碇真嗣有意思但卻偏偏不好意思表現出來的明日香，就只能在心里暗自惱火和郁悶，會來零觀這里多半是因為能和她聊天、開導她的葛城美里以及班長少女都沒時間和她相處的緣故吧。
還真是傲嬌毀一生啊！！！
話說回來，她這是把我當成心理導師了嗎？
“叮鈴鈴 明日香的手機鈴聲突然響了起來，明日香掏出手機打開，看了一眼顯示屏上的顯示，立即“切”了一聲。
然后，她隨手關上手機，重新裝好。
看她臉上一臉不爽的表情，零觀當下好奇的問道：“有什么事嗎？”
“嗯，沒什么，是受寵的發來的短信。”
“受寵的……你是說綾波麗，你們的關系已經好到能夠互發短信的地步了嗎，可喜可賀，可喜可賀。”零觀笑道。
“我們的關系可沒有好到那個程度。”明日香雙手抱胸，不爽的說道，“我只不過是為了駕駛EVA，頂替了駕駛三號機進行一次實驗而已，她就多禮的向我發了一條道謝的短信。真實的，肯定是受了那個笨蛋的影響。”
“呵呵……”零觀輕輕笑了笑，心中忖道：三號機？原來如此，也就是說，第九使徒已經來了。
在劇中，第九使徒的入侵可說是非常有名的大事。
明日香駕駛三號機在松代實驗場進行實驗，結果事先侵蝕進入三號機的第九使徒趁機入侵，篡奪了三號機的控制權，從實驗場地徑直前往NERV本部。隨后，碇源渡派遣搭載傀儡系統的初號機迎戰。
因為知道三號機里面也有駕駛者，碇真嗣無法出手，碇源渡遂命令啟動傀儡系統，被強行管制的初號機以暴力的戰斗方式將三號機分尸并捕食，承載駕駛員明日香的插入栓也被當場咬碎。
目睹這個場景的真嗣對自己殺了人感到非常悔恨，后來知道駕駛員就是明日香的時候（這時候的他以為明日香死了），開著初號機威脅并踩踏NERV本部直到LCL濃度升高，初號機停擺為止。
第九使徒的這次入侵，把剛剛有希望從絕望中走出來的碇真嗣重新打入絕望的深谷，讓他知道了“大人”和“現實”的殘酷。同時，碇源渡的殘忍、冷血，為達目的不擇手段也在這里更進一步的表現出來。
這虐明日香的一幕被一眾宅男視為《EVA》眾多經典畫面之一。
現在，明日香已經代替綾波麗接下了駕駛三號機的任務，也就是說，這件大事件即將轟轟烈烈的上演了。
說了幾句閑話，被零觀繼續以暗示魔術影響之后的明日香離開了。
“第九使徒嗎……去見識見識好了。”
展開魔術輕易找到三號機所在的位置，零觀邁步來到這里。對于他的出現，四周忙碌著的人雖然感覺驚奇，但除此之外就沒有更多的驚訝了。現在是個NERV組織的人就知道基地里有這么“神明”一般的人在，神出鬼沒神馬的都是見怪不怪了。
零觀也沒在意這些人，仰頭看著被各種電線、拘束器束縛著的巨大人形機器。三號機的外表和其他的EVA相差不大，最不同的地方就是裝甲涂層的顏色是黑色，腰間和手腕處的顏色是白色。
“這就是三號機……”(