電影繼續，就在蘇葉以為自己的改變，讓一切變得完美時，事實卻不是這樣。受到蘇葉警告的鄰居，不再折磨余娜，而是變相的虐待余浩。
這導致余浩越發的變態，甚至因為燒了蘇葉家的狗，毆打同學，被關進了少管所，受盡虐待和歧視。得知余娜和蘇葉談戀愛，余浩覺得蘇葉把世界上唯一一不會看不起他的人搶走了，經常揚言要殺了蘇葉。一次打斗中，余浩沒能殺掉蘇葉，反而是蘇葉失手殺了余浩。
蘇葉被抓進監獄了，一切美好都瞬間破碎。
不甘心的蘇葉，決定再一次返回過去，在余浩長大之前，扭轉局面。他讓母親送日記本進來，卻被監獄里的犯人搶走，只拿回了一張紙，記載著他上幼兒園時的情況。為了讓信基督教的獄友相信他是上帝的使者，因而幫助他拿回日記本。
他便利用這一張紙，回到了幼兒園，刺穿自己的雙手。
回到現實，獄友眼睜睜的看著，蘇葉的雙手，原本沒有疤痕，卻漸漸的浮現，驚為天人。幫助他爭取時間，取得了日記本。驚心動魄之間，蘇葉終于回到了過去，余浩燒狗的那一次。
他給了李杰一把利器，讓李杰不要再膽小，不要在害怕余浩。
他的本意是勸李杰把那只狗放走，這樣余浩就不會燒死它，更不會被關進少管所。因而就不會在少管所受虐待，一切都會向好的方向發展。
可是，他的一番話，卻讓一直受余浩起伏的李杰理解錯了，從背后捅死了余浩。
回到現實，一切再次改變。
李杰被關進監獄。
余浩死亡，余娜也因為余浩的死，一度墮落，成為了妓女。這不是蘇葉想要的結果，但是連續兩次改變過去，都造成了比之前還惡劣的現實，這讓蘇葉很困惑。決定去找同樣有失憶情況的父親，問問清楚，看他有沒有改變的辦法。
通過日記，他回到了在醫院見到父親的那一天。
通過與父親的對話，他才明白，自己小時候的失憶，包括這一次，都是自己妄圖改變世界所造成，每一次改變，都會對大腦造成不可磨滅的損傷，出現記憶壞死的情況。蘇葉想要找到讓一切都好的辦法。
父親告訴他沒有辦法，一切悲劇都應該從他開始了結。
蘇葉不信，父親這才打算殺死他。于是才有了電影前面的故事，父親突然掐住了他，最終被警察失死。
不信邪的蘇葉，決定再回過去，改變一切。
他回到了爆炸事件當場，決定救人，卻因為太激動，導致被炸彈波及，炸斷了自己的手和腳。回到現實，他成了殘廢，所有人的命運都有了改變。余浩重新做人，余娜跟李杰在一起，只有他，仿佛是世界上多余的。
承受不住這樣的打擊，加上父親當初說的，他不能扮演上帝，改變未來。否則只會讓現實越來越糟。
灰心的蘇葉，決定自溺。卻被室友救下來。并帶他去探望住院的母親。母親因為蘇葉的手腳被炸斷，一度陷入瘋狂的吸煙之中，導致了肺癌，病入膏肓。
電影放到這里，影院中一片沉默，劇情壓抑的可怕。
萬小虎回頭看了看四周，所有人都專心的看電影，顯然是被劇情所吸引。這讓他十分滿意，電影連他們這些明星導演記者都能吸引，還怕吸引不了觀眾嗎。
不過，接下來的結局，是不是能被大家接受，萬小虎還有點忐忑。
他設計了兩個版本的結局。
黑暗版的走向是徹底壓抑，以蘇葉回到嬰兒時代，自己用臍帶勒斷自己的脖子為結局。
現在影院播放的是開放結局版本，是和原版《蝴蝶效應》不同的一個結局。
蘇葉看到病入膏肓的母親，悲哀的無以復加，認為是自己的錯，才讓母親落得如此下場，是他要改變一切，要做上帝，才有了這樣的結果。蘇葉充滿了自責，但是蘇葉的母親，拉著他的手，斷斷續續的說。
這一段，正是電影開頭的一段劇情，首尾呼應。
“在你出生之前，我流過兩次產，我很怕失去你。但是老天保佑，你順利的挺到了醫院……”
“護士推著手推車，把我快速的往產房推著……”
“當你嗚嗚的哭聲響起來，我告訴自己，我是這個世界上，最幸福的媽媽……”
隨著蘇葉母親含著笑的講述，蘇葉聽得出神。
“那天你去上課，老師說，今天要畫畫。還對我說，蘇葉畫畫畫得好，我說蘇葉在家里就喜歡畫畫，畫小人，畫房子，畫太陽……”
聲音漸漸戰斗，畫面也漸漸水波一樣抖動。
蘇葉猛然發現，自己回到了幼兒園，手腳全是好的。
老師在講臺上說：“小朋友們，今天我們來畫畫好不好？”
“好。”奶聲稚氣的回答。
蘇葉看著這一切，想到了很多很多，母親、父親、余浩、李杰，還有每個世界中認識的朋友。最后想到了余娜，他在車上寫給余娜的那張紙。
“我會回來找你。”
提起筆，蘇葉畫了一個小男孩，和一個小女孩，手牽著手，站在一起。
哐當。
屏幕的左上角，出現了一個獨立的小畫面，畫面的里的蘇葉，參加完余娜的葬禮，繼續過著他的心理學研究生活。
屏幕的右上角，出現了另一個獨立的小畫面，畫面里的蘇葉刑滿釋放，余娜在監獄門口接他。
屏幕的左下角，也出現了一個獨立的小畫面，畫面里的蘇葉被同學推著輪椅，在外面曬太陽。
屏幕的右下角，同樣出現了一個獨立的小畫面，畫面里是病床的母親說話，并沒有回到幼兒園，而是回到了胚胎時代，蘇葉母親腹中一陣絞痛，流產了。
四個畫面，圍繞著蘇葉的畫，漸漸又模糊開來。
小男孩和小女孩的手，漸漸變成了真正的手。
手部特寫漸漸拉遠，原來是一幅結婚時候拍的全家福，蘇葉和余娜帶著微笑手牽手。旁邊是蘇葉的母親、父親，余娜的父親、哥哥，還有李杰等等一幫子好朋友。
哐當。
屏幕黑暗，七個大字浮現。
“萬小虎導演作品”
七個大字退去，一段尾音響起。
“一只南美洲亞馬孫河流域熱帶雨林中的蝴蝶，偶爾扇動幾下翅膀，可以在兩周以后引起美國德克薩斯州的一場龍卷風。一副幼兒園時候的涂鴉，也許可以改變所有人的命運……”
接著，似乎是蘇葉的聲音。
“量子力學的平行多宇宙解釋說，在交叉小徑的花園里，總會有一條道路，讓人們在生命中的每一個節點都得到幸福，在那條完全幸福的道路上，有且僅有一個你在行走……”
哐當，屏幕徹底熄滅。
95分鐘的電影結束了。
嘩啦啦，五十多人的影廳，響起了熱烈的掌聲。
“拍的很好，萬小虎導演，你讓我改變了對華語科幻片的觀念。”劉真偉拍著手，大聲說。
萬小虎站起來，帶點不好意思，又帶點得意的說：“謝謝，能入大家法眼，我就高興了。”
“電影不管從立意，結構，還是拍攝的手法上，都非常的完美。很難相信，這樣一部科幻電影，竟然是一部說國語的電影。年輕人，不可限量。”王晶說。
“萬導，祝賀你啦，這是一部很優秀的電影。”劉佳玲走過來，微笑著對萬小虎伸出手。
這位就是梁超偉的老婆，也是與華誼兄弟確定要簽約進軍內地市場，今天自然很給面子的過來捧場。
“謝謝。”
“萬導，前半部我看的一頭霧水了，后面漸漸恍然大悟，尤其是結局，非常有沖擊力。”
“萬導，《蝴蝶效應》可以說是亞洲最好的科幻片，祝票房大賣。希望有機會你能夠合作。”
每個明星導演，都過來與萬小虎說上兩句，夸一下電影拍的不錯。
等散場過后，王忠磊、林小明和萬小虎三個人，站在電影院里，哈哈笑起來。《蝴蝶效應》的第一場點映，效果完美。看完電影，幾乎都一致叫好，票房絕對沒得跑了。
“走，晚上我們邀請前來影院的導演明星吃頓飯。讓他們好好把電影宣傳宣傳。”林小明提議。
“走吧。”
三個人，分別代表制作公司蒲公英，內地和海外發行商華誼兄弟，香港和臺灣發行商寰宇電影，電影收獲好評，最終得益的就是他們。
酒足飯飽，萬小虎回到賓館，第一時間打給蘇雅，報告這個好消息。跟蘇雅吹牛比幾句，萬小虎這才躺在床上，一陣輕松。電影他拍出來了，和原版有很大的不同，究竟能不能得到認可，這對他來說，壓力也蠻大的。
好在，得到了別人的認可。
尤其是他修改的結局，并未遭到詬病，反而有人覺得結尾非常贊，升華了電影的主題。這對萬小虎來說，才是最大的肯定。
雖然他知道自己本事還不到家，拍攝電影也是借鑒原版，但是誰不喜歡別人的贊揚呢。何況結尾就是他自己修改設定的，這種贊揚，能聽起來舒服到骨髓里。
“接下來還有三場點映，等香港的口碑炒熱了，就是征服大陸了。揚名立萬，不在話下呀！我有預感，我要紅了！”
萬小虎的預感不錯。
第二天，香港的《星島日報》上，赫然刊登了關于他和《蝴蝶效應》的文章，極盡吹捧。
“華語電影科幻大師誕生，《蝴蝶效應》引爆科幻風暴。”