時光飛馳，人類的足跡已經遍步地球，憑借智慧發展出高度發達的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人與人之間產生隔閡，心靈中充滿冷漠與悲哀，孤寂感迫使人類開始尋找新的生存之道。公元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一些吉普賽人偶然發現了死海文書，震驚了考古學界。其破譯工作持續了很多年，終于取得成功。其記載內容令人震驚，不但指出人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由adam與lilith所生的必將歸還本體，重新生長出生命之樹并產生新形態的生命體。在這一過程中，人類和使徒，哪一方控制adam是至關重要的，因為遺傳因子都從adam而出（所以adam也稱作第一使徒、最初的人），控制adam的一方回歸lilith之卵后，便可以成為新生命形態，或者說就是成為神，而失敗的一方只有死亡（贏的一方盡管也得死但靈魂卻得到拯救）。因此在這個約定時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。
為此目的，秘密組織seele成立了，它的德文意思是靈魂，以基路議長為首，制訂了人類補完計劃的劇本，或稱時間表，其下屬執行機構為稱為nerv‘神不為者，人為之’。seele在全世界招收研究人員。而美穗跟自己的導師就是這個組織當年招收的研究人員之一。
克隆人的出現，解決了生老病死的難題，成為戰爭的一大助力，但是沒有靈魂的克隆人只能完成像機器人一樣按部就班的完成指令，如果在輸入指令的時候遺漏了某些面對緊急情況的應對指令的話，那么克隆人戰士將會不知變通的執行下去。
《新世紀福音戰士》的世界當中。人類用科學的眼光去解析靈魂、生命等謎團。時間是可以緩解創傷的良藥，一萬七千五百二十個小時，是七百三十天。兩年的時間過去了。人類在經過七百三十個日夜后，漸漸恢復了平靜的生活，東京這座國際性的大都市已經成為過去的代言詞，地球上許多國際性的大都市已經成為過去。日本從新建立起了地標性建筑。為了紀念這次的災難，跟陣亡者，新的首都，取名為‘第三新東京市’。
新的‘第三新東京市’在幸存者辛勤的雙手下拔地而起，滿目瘡痍的‘東京市’成為過去，人口的銳減，破碎的家庭。讓這座‘第三新東京市’里頭的人們成了一個個丁克族，戀愛？虛偽而奢侈！能夠活下來的人們整天為了新的生活忙碌，路上的行人似乎都充滿了干勁。工作格外努力，每天十二個小時的上班時間也都不會抱怨，表面上看，這些幸存者是為了能夠活下來感恩的去拼命工作，其實是一個個孤寂的靈魂害怕一個人面對家里那寂寞的四面墻壁罷了。
曾經壓得人們喘不過氣的房價不再寸土寸金般昂貴，每個人都能夠住上百十來平米的房間。不過建筑的格局跟結構卻變了，變得更加堅固，鋼筋水泥混凝土墻面厚達八十公分。一個個封閉的房間內，隔音效果好的就算鄰居在聽著重金屬搖滾。隔壁的人都感覺不到嘈雜。
樓群也逐漸的以十層高度的建筑為主，長長的樓道排列著一間間房間，冰冷的鐵門上安裝著指紋識別鎖，往往一個樓層內會有三十到四十間房間。看起來像是冰冷的監獄一般。除了能夠自由出入之外，關上房門后，就像困在牢房里面的犯人。
不少人養成了抱著食物跟淡水。穿著衣服睡覺的習慣，有些人枕頭下面還藏著匕首或者槍支。因為你不知道災難什么時候會發生，多一樣保命的武器，在災難發生的時候，將會多一線生機。
有人的地方。就會有商機，美穗跟李舍隨著幸存者的人流，來到了‘第三新東京市’，罪犯、強盜、偷渡者、黑戶、這些都不重要了。只要在‘人工智能’電腦里從新登記過一遍個人信息，便被列為幸存者得到妥善的安置，會根據每一個人的情況安排工作分配房屋等等。似乎新的生活帶讓人們看到了希望，過去的污點像書頁一樣被翻過去，人生的新篇章在這‘第三新東京市’里，只要努力工作，就能過上美滿的生活。
‘第三新東京市’生機昂揚，這座年輕的城市依山而建，樹木在酸雨的侵蝕下，干枯死去，沒有了綠色植物的光合作用，空氣間的氧氣變得渾濁，可是這難不倒《新世紀福音戰士》這個世界當中擁有‘人工智能’科技的人類。快速繁殖的植被在人工養料的催發下短短的功夫已經成長成小樹。如今‘第三新東京市’相比起原來東京那鋼筋水泥都市森林來，綠意悠然。馬路上色彩斑斕的鮮花，漫山遍野郁郁蔥蔥的綠樹，讓人似乎回到了那個沒有工業污染的年代。
大量種植綠色植物雖然說是為了使得植物的光合作用獲得充分的氧氣，可是另一方面，也是為了用色彩斑斕的鮮花，去緩解幸存者們緊張而又脆弱的神經。因為活下來的幸存者們都是適者生存的‘強者’，都擁有那段黑暗的回憶，更加自我的人們隨身帶著武器，一點小事一句口角，都會導致拔刀相向的流血事件發生。承受不住心靈譴責的人們在空曠的房間內割開自己的脈搏，吞吃安眠藥的事件每天都在發生。人類縮減一半的族群承受不起這樣每日人口減少的打擊，所以色彩斑斕的鮮花，清新的香味很大程度上能夠緩解人的神經。
有人的地方就會有對物質的需求，人群聚集多的地方，商業將會慢慢的發展起來。美穗跟李舍兩人以夫妻的名義，得到了一間一百平米大小的套間。正南的房子能夠得到充足的陽光，三樓的高度剛好能夠聞到對面馬路上的花香。當初李舍跟美穗兩人被救援組織發現的時候，說出兩人是夫妻這句話的時候。美穗這個剛強的女人，雙眼中閃動著點點淚光，雖然知道李舍在另一個世界肯定有很多女人，不過在《新世紀福音戰士》的世界里，他是自己的丈夫，這就足夠了。哪個女人不希望擁有一個可以遮風擋雨的港灣？
‘嘩啦嘩啦…’浴室內從蓮蓬頭噴出的流水聲。打破空曠房間內的死寂。兩個依偎摟在一起的男女似乎要把對方融到自己身體里面一般，鏡子里頭上的水蒸氣朦朧的照射出那名光頭女子全身的紋身。的碰撞在這個十平方大小的浴室當中回蕩。當女子嘶聲裂肺的嬌喘聲飆出嗓門之后，男子這才停下鞭撻。
“死鬼…人家原來想好好洗個澡的，現在被你弄成這樣，看來還要再洗一遍了！趕緊給老娘滾出去！！別妨礙我洗澡！”面色潮紅的美穗朝著李舍嚷道。
李舍聳了聳肩，笑道：“是你讓我幫你拿毛巾進來的好不？沒穿褲子你就不認賬了？光頭女流氓！”
美穗白了李舍一眼軟軟的坐在浴缸當中泡起澡來。一手剛剛好覆蓋住的雙峰蕩漾在水中，渾身上下都刺滿紋身，就連女人神秘的三角地帶也不放過，剃光體毛之后。在那誘人的洞口刺了個鎖頭的紋身，令李舍一陣無語，不過對于嘗試過王語嫣、李云羅、綱手那嬌嫩白皙的身體后，卻帶來異樣的刺激。
看到美穗不搭理自己，李舍自己站著蓮蓬頭地下沖起熱水來。“對了..你聯系上赤木律子了？”李舍轉過頭來問道。
躺在浴缸當中的美穗，慵懶的閉著眼睛，潮紅的臉頰好似回味著剛剛巔峰的快感。“嗯..赤木律子是我的大學同學，她的媽媽赤木尚子。曾經也是我的老師，在nerv里頭擔任研究室的執行負責人。對了那些黃金處理掉一部分好了。換成現金，你也做點生意吧。到時候進入nerv的話，他們肯定會對我再次審核的，我們是用夫妻的名義登記在幸存者名單內的。說不定他們也會考核你呢…”
“嗯.開個酒吧咯，人類受到靈魂的創傷，除了時間之外。就只有酒精能夠麻木人類的靈魂了。酒吧的生意很定不錯。”李舍想了想說道。
“呵呵..可以啊，開間酒吧的話，想用酒精來麻醉自己的客人肯定很多。生意估計不用愁，不過唯一擔心的是貨源呢，現在這個樣子。一般人在市面上可是很難弄到酒呢！”美穗閉著眼睛淡淡的說道。說著睜開眼睛，含著春色的雙眸似乎具有萬種風情，奏起小鼻子笑道“不過，我可是‘金手指美穗’！有了我這個好老婆，什么東西都可以幫你弄到！老..公..大..人..”恢復體力的美穗沖著李舍勾了勾手指，一場盤腸大戰在浴缸中再次展開。浴缸中的水花被兩人的碰撞溢了出來。
第二天，美穗跟李舍兩人將三塊金條兌換成了現金，美穗的投資目光卻是不錯，選定了一個未來會相當繁華的路段，買下了一家臨街的鋪面，經過幾天的忙碌，門口被設計成了一個‘舵’的形狀，一個個透明的平底杯內點燃著白色的蠟燭，燈光以溫暖的黃色調為主。門口寫著一行小字‘避風者的天堂’。招牌上‘港灣’兩個大字在燈箱中發出黃色的光芒。
酒水貨源也在美穗這個‘金手指’的幫助下，從黑市或者軍隊中弄了不少，原本平常的啤酒此時也翻了十倍的價格，不過對于那些想要用酒精來麻醉自己，讓自己忘卻那段不堪回憶的人們來說，都不算什么。十二個小時的工作，人類在人群中尋找著那點人氣以緩解孤寂的靈魂，害怕下班后一個人面對冰冷的墻壁，‘港灣酒吧’的出現，讓附近工作居住的人們流連忘返。每晚都是爆滿的人流，讓‘港灣酒吧’成了附近知名的夜店，帥氣迷人的調酒師兼老板還有那一頭紋身的老板娘，另類的組合讓人羨慕，因為這些活下來的幸存者們，大多數不再相信愛情了。有些人，親手殺死自己的愛人，為了活命將對方的尸體吃掉，有些人親手掐死自己的子女，易子而食的情況也不是沒有發生。李舍這樣帥氣迷人的調酒師兼老板，自然引來不少為了尋求刺激的女人，光頭老板娘美穗跟李舍如膠似漆的恩愛，讓那些感嘆。不少幸存者，來到這里并不是沖著酒水來的，有些人是為了看看這一對另類的愛人。希望能溫暖自己那冰冷的靈魂。
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