這位年輕的天皇只是被匆匆擁立，并沒有迎娶一位正式的中宮，唯一地位較高的女御就是勸修寺晴子，到目前只為天皇生下一位內親王，只要沒誕下第一皇子就沒關系，她在朝廷的影響力只能說微乎其微。
源義時也沒打算動勸修寺晴子的地位，女御也就相當于貴妃到淑妃之間的某個級別，根據天皇的寵幸與否地位和獲得的待遇有不同的程度的升降，進入幕府時代有很多天皇因為財政拮據選擇放棄立中宮，到戰國時代這問題就更加明顯。
因為缺錢，所以天皇踐作登基的加冕儀式，要四處找鄉下土豪大名化緣花費整整十年才得以舉行，因為缺錢導致御崩的天皇棺槨停放在外，直到湊夠錢舉行入皇陵的儀式才讓故去先人入土為安，這就有點類似東周的周天子的情形。
所以當今這位天皇草草登基，壓根沒想過要立中宮的意圖，以為朝廷還會按照約定俗成的方式，一位女御誕下皇子就可以堵住所有人的嘴巴，卻未曾想源義時抓住這個機會，恭請天皇立中宮迎娶已故的従一位右大臣源朝臣足利義輝的嫡女，源二位右近衛大將義時的養女為中宮皇后。
這一下就堵住天皇的所有退路，他知道自己所寵愛的勸修寺晴子只有被打入冷宮，這個冷宮并非讓她出宮進尼姑庵隱棲，而是天皇與她的所有子嗣都將失去皇位繼承權，他的父親正親町上皇很期待這場披露宴，滿朝文武也很期待這場披露宴。
他知道這個結果已經遠超他的想象，不用被流放已是驚喜，女御勸修寺晴子也沒有被問罪更可謂寬宏大量，源義時是把架在朝廷頭頂的那把達摩克利斯之劍，高高舉起來然后輕輕放下，表明幕府無意鉗制朝廷，壓迫天皇甚至參與廢立的打算。
當然這么寬宏大量也不是白給的，給足朝廷面子當然也要有相應的回報。這個回報之一就是迎娶足利輝姬為中宮，按照朝廷的規矩嫁入天皇家要改稱源輝子，源義時再一次達成一件前兩代幕府將軍想做卻沒有做成的大事，把武家的女兒嫁給天皇做中宮，幕府將軍的血脈融入天皇家是多少代將軍的夙愿，只有通過親緣血脈的影響才能真正掌控朝廷，而他終于做到了。
舉行披露宴將足利義輝的嫡女，源義時的養女嫁給天皇做中宮，意味著源義時要與年輕的天皇講和，過去的就讓他隨風消逝去罷。朝廷和幕府要一起往前看。不要再糾結到底哪一方更具權威性。這讓朝廷上下對源義時的非常感激，包括正親町上皇，也包括當今天皇。
接下來就是朝廷的回饋，恰逢入冬是朝廷一年里的大朝會期決定官職升降調序。源義時獲得天皇任命正式開幕，辭去右馬寮御監，升敘正二位內大臣、右近衛大將如元、正親町院別當，征夷大將軍宣下、源氏長者宣下、淳和獎學兩院別當。
正親町院別當是正親町上皇的院政所別當，純粹的榮譽職以示正親町上皇對他的親近與厚愛，淳和獎學兩院別當是源氏長者配下的兩個院所在京都城內的領地食邑，在平安時代這兩個院所的食邑絕對是眼饞的肥缺，只不過到幕府將軍手里則純粹成為錦上添花的裝飾品。
開幕的儀式要拖后幾個月舉行，就像天皇迎娶中宮皇后的披露宴也不是兩三個月準備就能舉行的事。只不過這并不影響源義時的征夷大將軍宣下，從即日起他就是足利幕府新一代征夷大將軍，從此成為無可爭議的、源家棟梁。
源義時對朝廷表述自己的態度，幕府御所設置在江戶城不變，鎮守關東守護日本的東部心腹地帶非常重要。拋開大獲全勝的二十八萬東軍將士不談，早一些的鐮倉幕府的承久之亂，更早一些的平將門、平忠常之亂都是關東掀起的，不守東國則天下必亂。
只不過怎么守終歸有個說法，源義時的態度是未來的幕府將軍坐鎮江戶，遙領陸奧鎮守府將軍、九州太宰権帥鎮守四方，隱退的將軍返回京都出任太政官榮譽值，維護京畿的安寧穩定大局不變，為此他會在轉封上做進一步調整。
除去源義時升官以外，近衛前久攜家眷返回京都，他回來的那么晚的原因是足利勝姬又為近衛前久生下一個兒子，在年初近衛前久來到江戶之前，足利勝姬就已經懷孕，仲夏季節誕下近衛家的第四個嫡子，到十月初身體修養好才啟程返京。
這次近衛遷就回到京都是奪回失去的東西，二條晴良與其子九條兼孝、二條昭実被及兩個未成年的嫡子被流放到隱歧島，而他則年末朝會上恢復原職，還要趁機更進一步達到公卿頂峰，首先奪回従一位左大臣，接著是關白宣下、一座宣下、藤原氏長者宣下、內覽如元，一座代表著他將成為當朝第一公卿。
源義時的舅舅中院通為復出，在外甥的強力支持下復起之時得到超拔，遠遠超脫大臣家的極官，升敘従一位右大臣，不要小看正二位內大臣到従一位右大臣的這小小的一個臺階，這可是大臣家與清華家的家格天然分界線，大臣家升敘到正二位內大臣就已經是極限。
這還不是規矩出現些許異變的德川時代，這個看不見的天花板擋住中院家的升敘道路，而今天晉升従一位將意味著中院家的家格發生變化，源義時就是要這個變化，不但要變還要變的更徹底，那就是對朝廷的公卿集團做一次大手術。
首先是中院家抬家格入清華家，接著中院通実的嫡長子中院通勝過繼久我家，成為久我通堅的養子繼承久我家，并改名為久我通顕，這是把始于藤原北家嫡流的近衛家血脈重新變成村上源氏血脈，中院通実的嫡次子元服名為中院通勝繼承家門，嫡三子繼承已經絕嗣三百年的土御門家，嫡四子預備繼承堀川家，安倍晴明的土御門家改為藤谷家。
其次久我通堅才五歲的嫡子，回歸到宗家近衛家的體系內，作為伯父近衛前久的猶子。繼承已經絕嗣的五攝家之一鷹司家的家名，當月元服名為鷹司時平，敘官正五位下，隔幾天敘官従三位，升敘的速度堪比火箭躥升。
這一來一回其就變成把近衛家苦心布局的久我家拿走，轉手交給自己母親一系的公卿中院家，然后還給近衛家個絕嗣的五攝家之一鷹司家，這一來一回還是近衛家比較賺，堂侄兼猶子成為近衛家一系的鷹司家家督，這對近衛家未來在朝廷的話語權有著極大的增益。
接下來源義時的動作就更大。首先近衛前久年僅八歲的嫡長子元服。由源義時賜予上一字名為近衛義嗣。并迅速敘官到従三位，在把六歲的嫡次子過繼給無人繼承的二條家，改名為二條時基，再把兩歲的嫡三子過繼給一條家。改名為一條時經，最后嫡四子剛出生實在沒辦法元服暫且壓下，這個幼子將預定是繼承九條家的家門。
近衛家四個兒子，嫡長子繼承近衛家的家門，次子過繼二條家，三子過繼一條家，四子過繼九條家，堂侄兼猶子過繼鷹司家，等于把五攝家的血脈重新統一起來。仿佛讓藤原家又重新回到平安時代末期的樣子，看起來囂張跋扈至極，其實這只是東施效顰之舉動。
天皇家和二條家都有過繼嫡子繼承近衛家、鷹司家的沖動，只不過有源義時的意外出現而被迫打斷，二條晴良四個兒子里嫡長子過繼給九條家。次子繼承二條家，三子正準備送到真言宗寺院修行，四子還在考慮繼承鷹司家，他的打算就是用圍剿蠶食的方式一點點消滅政敵近衛家，沒有什么手段比讓政敵一脈絕嗣更狠的招數。
源義時這是以其人之道還治其人之身，喜歡過繼別人家不如先把你自己家給過繼了，五攝家全部換成近衛家的血脈，徹底結束自源平時代開始的近衛、九條兩派攻伐的場景，以后朝廷里就是其樂融融的一家人，起碼短期內是這樣。
原本盤踞在朝廷里的二條晴良一黨被清理一空，受到二條晴良清離影響的花山院家與大炊御門家也受到貶斥，今出川晴季晉升正二位権大納言，其嫡長子年僅五歲變過繼花山院家，元服改名為花山院忠熙。
大炊御門家則被親幕府的西園寺公朝次子，大炊御門經孝繼承家門，正二位権大納言德大寺実維無嗣，由早年客居關東的德大寺公教之子，德大寺実久繼承家門并迅速晉升従四位下參議、左近衛権中將，這樣一來清華家與攝關家一樣被親幕府派的公卿徹底掌握。
通過養女聯姻新天皇，變向保證天皇的皇位合法性，自然的也要承認新天皇的改元年號，在年初新天皇登基改元的年號是元龜，于是在年底的朝會上就商量著把這一年是所有歷法全部改為元龜元年，此時這紛亂的一年也漸漸走到末尾。
元龜二年（1570年）正月的朝會，大概是近幾十年規模正龐大的一次，源義時以內大臣的身份與關白左大臣近衛前久、右大臣中院通為主持朝會，在大朝會上除去一些禮儀性質的活動以外，還有最重要的一個議題，滿朝公卿的御料所配給。
原本整個天下都是朝廷的，天皇家的莊園幾千座，攝關公卿的莊園也有幾千座，結果被武士出身的地頭們篡奪地方的實權，建立一套別出朝廷之外的武家幕府體系，承久之亂天皇家的莊園被剝奪的寥寥無幾，到應仁之亂更是連所剩無幾的皇家莊園也被地方國人霸占，這個個時候朝廷就非常希望新將軍能站出來給他們恢復那些莊園的征稅權。
關系到吃飽肚子的問題就沒有小事，公卿么夢寐以求的無非是吃的好住的好，從這些年源義時與朝廷的愉快合作來看，這位新將軍還是非常好說話的一位武士，所以他們才敢大著膽子提出自己的一些殷切希望，包括正親町上皇、坐朝的新天皇，以及關白近衛前久、舅舅中院通為在內的所有人都在關心這個問題。
源義時看他們伸長脖子眼巴巴的表情很有意思，輕笑一聲便說道：“余亦知禁中、公卿御料地所入不多，前度戰亂頻發致使朝廷困窘公卿受難，余亦有意扶住朝廷以保社稷，只是考慮到遠國莊園征稅不易，且因戰亂影響土民流離失所。下向遠國坐鎮地方亦難征幾分稅賦，如若碰到奸猾之輩與諸君糾纏周旋鬧出訴訟，難道還要我等堂堂公卿，放下面子鬧訴訟否？這有失體面啊！”
公卿們窘的抬不起頭很是尷尬，諸家公卿哪個家族沒有家督親自下向督促稅賦經歷，尋常鬧出點訴訟折騰個十年八年不算奇怪，比如二十年前，山科言繼就為他家的御料所稅收權力，幾次三番的給前幕府將軍足利義晴送禮。
再比如源義時的舅舅，當朝従一位右大臣中院通為。他年期公的時候就為自家莊子的稅賦征收而在加賀國糾纏十幾年。不是他死皮賴臉就想訛那點錢。而是那莊子就是他們家的莊園，沒有莊園的糧食收入他就沒飯吃，所以當他和一向宗的刁民糾纏十幾年積累豐富的經驗，便得到朝廷的大力任用提拔。就是讓他幫朝廷和鄉下的惣村打官司，打贏官司才能收到稅賦。
年輕的天皇不禁垂詢道：“源卿有何解答之策？”
源義時躬身行禮道：“臣思一策可解諸難，請朝廷將遠國的禁中、公卿御料地的所有權轉交幕府，然后由幕府在畿內劃分一塊御料所歸于禁中、公卿御料地，余鄭重地向諸君承諾，所得預料地一定會讓陛下、諸君感到滿意。”
他這么一說反而引起許多公卿的好奇心，今出川晴季便問道：“不知預料地所在的區域是？”
源義時說道：“山城、丹波、丹后這三國所領，糧食平均產量約在六十五萬石上下，刨除災年兇作的因素以年貢六成計算。每年可征收糧食約合四十萬石，再刨除京都的稅賦不計算，間別錢、棟別錢等稅收約合八萬貫文左右，余的意思是將這三國劃為朝廷的御料地，不知諸君意下如何？”
“哇！這么多……”年僅八歲的小外甥。卻已是従三位左近衛中將的近衛義嗣驚呼一聲，在朝的公卿們也皆是面面相覷，每年四十萬石糧食，八萬貫永樂錢到底是什么概念，起碼也是百萬石的大大名一年的總收入才敢比擬的，源義時就這么大大方方的給朝廷了。
源義時笑著說道：“多嗎？其實并不多，余可以向陛下，滿朝公卿保證，這三國之地由幕府委派代官管轄，年年精耕歲歲開荒，不用三十年這總石高增長到八十萬石問題不大，而后整修街道合并村莊，修建河提開挖新堀川，最多百年辰光就可以還朝廷百萬石，僅年貢就可以收獲六十萬石！”
公卿不禁驚呼一聲，激動的差點跳起來歡呼，全賴多年的宦海歷練把這一股沖動壓下來，務實的公卿們立刻拋棄那一腔熱血沸騰，積極的投入到劃分各家御料領所有的過程之中，首先確定的是天皇的御料地，畢竟那是貴族集團的首領，天皇得比大臣們的御料地多出很多。
接下來是五攝家，近衛、九條、鷹司、二條、一條，再下面輪到九清華，久我、三條、西園寺、德大寺、中院、花山院、大炊御門、今出川、土御門，這里面中院家是抬家格，土御門是中院家過繼復興的鐮倉名門，給這一族清華家也是看在源義時的面子上，其后的大臣家、羽林家、名家、半家、地下家次第排序。
經過長達十幾天的激烈爭論，最終得出一套分領方案，天皇家地位尊貴理所當然的拿到最大的一塊，分部在丹波、丹后的二十萬石禁中御料地，五攝家為大臣之冠，每家所領為兩萬五千石，九清華門第顯貴地位尊崇，每家所領一萬兩千石。
大臣家只剩下三條西家與正親町三條家，因為中院家抬家格的緣故，給這兩家的石高特殊照顧，每家以接近清華家的一萬石，羽林家與名家合計四十家，每家平均分潤到四千石，這就用掉六十一萬石，剩下的六七萬石分別由半家的十六家，地下家的六十二家次第分享。
至于那八萬貫文永樂錢，則按照相同的方案分割，天皇可以抽取其中的兩萬貫，五攝家兩千五百貫文，九清華一千兩百貫文。大臣家一千貫文，羽林家及名家四百貫文，半家及地下家則得到幾百貫文到幾十貫文不等，有錢有糧衣食無憂，天皇與朝臣對這個方案非常滿意，拿到手的數字比他們想象中的要多十倍不止，真是不能更滿意了。
正月一過正是天皇大婚之期，大內里舉行披露宴，源義時作為女方的養父出席，有幕府將軍支持的婚禮儀式當然很奢華。鮮花鋪道金鼓齊鳴。披露宴上特別請來明國江南廚師主勺烹制。知道天皇家的忌口是走獸，特意選取海中游魚為主料，搭配各色蔬菜烹制二十四道精美的菜式，讓滿朝公卿大開眼界也大飽口福。
婚禮舉辦的非常成功。年輕的天皇對源輝子的美麗非常著迷，大大的夸贊源家不愧是天皇之，在披露宴結束的時候卻忽然對源義時說道：“朕對輝子甚是鐘意，只是朕心中一直有個遺憾啊！”
“臣下明白了！”源義時沉吟道：“不如這樣，可以給藤原晴子所生的親王一個宮號，就叫有棲川宮親王如何？”
天皇感激地點點頭：“這樣朕就能安心了。”
二月初天皇大婚，月末則是開幕府的儀式，所謂儀式就是把幕府的精銳派出來，從京都的七口進入在城內巡游。雄赳赳氣昂昂的武士挎刀策馬而行威風凜凜，環繞京都一周來到石清水八幡宮祭祀，然后由近衛前久宣布開幕。
幕府的御所定在江戶，這是事先與朝廷溝通過的，接下來宣布的則是幕府的恩賞。這也是幕府功臣們最關心的，源義時高聲說道：“自三河起兵至今二十載，全賴諸君勇猛將士用命，才有我幕府重立之日，今度海內承平天下靜謐，當行恩賞以酬諸君之功也！首功則為藤原朝臣行従三位彈正尹、檢違非使別當，上杉輝虎入道謙信！”
上杉謙信為首功是無可置疑的，他得到的恩賞是越后半國，九州筑前、筑后、肥后三國合計兩百三十萬石恩賞，之所以賞賜這么多當然是有原因的，源義時下向越后國借的上杉謙信的兵打天下，最后把上杉謙信也變成自家的家臣，就有那么點不太好意思。
乍看這恩賞非常多，其實越后半國一百五十萬石本就是上杉謙信的直領，這些年陸續恩賞一些越中、加賀、武藏、上総、常陸等國的分郡也有五十萬石左右，這次實際加增的恩賞只有三十萬石，實在是地方太少分的人太多，只有給他兩百三十萬石的恩賞。
如果換個家臣有這么多恩賞，源義時肯定會考慮找個機會廢掉他，可是上杉謙信絕對不會有問題，他一生篤信神佛遵守清規戒律，自從多年前飲酒發病之后連酒水和葷腥都一并戒掉，每日吃齋念佛茹素也沒有娶妻生子。
唯一的領地繼承人便是源義時的嫡子，他的小外甥和唯一的門生足利義泰，即便給他再多領地恩賞最終還是交給足利義泰，而作為室町幕府末代關東管領，江戶幕府初代御相伴眾別當，得到這么多恩賞也沒人會找茬提出抗議。
次功為真田幸隆，雖然他是降將出身從軍略晚，但是他立下的功勞卻非常大，從十余年前只有五萬石的恩賞，憑借一次次合戰立下功勞，證明他是一位可以放心大膽的委派一路總大將的優秀武士，源義時決定給他紀伊一國四十萬石恩賞。
再其后則是山本道鬼，這位老臣在十年前就基本淡出幕府體系，近幾年一直在御相伴眾掛名不問世事，但是不可否認的是他對源義時的幫助是巨大的，二十多年前三河國西條城的那個小男孩能成長為幕府將軍、，這位老臣的作用是居功至偉的。
山本道鬼得到的恩賞是阿波、淡路合計四十萬石，由于他的政治繼承人是沼田佑光的嫡長子山本幸光，沼田佑光便順勢提出放棄自己那份恩賞的請求，父親和兒子領受兩份恩賞有點占幕府便宜的企圖，當初他把自己的嫡長子送給山本道鬼做繼承人也沒想過占便宜，這到是把他給弄的很不好意思。
再接著是最上義光，雖然他的戰功不大影響也只在羽奧，妹妹最上義姬還是源義時的夫人，早早的成為譜代家老混的地位非常高，他得到的恩賞是豐前國三十五萬石，領地從十幾年前出羽國表高三十萬，其中直領只有十萬石增加到三十五萬石。這個數字也是非常夸張的增幅。
北條時政得到的恩賞也不少，作為南下關東時期的主要降將雖然追隨源義時很晚，卻是影響非常深遠的一位家臣，北條家臣團全面吸收入幕府體系里，對關東的奉行體系是一次巨大的充實和完善，經過優化的評定眾體系以及五色備體系也給幕府帶來很多啟發。
最重要的是北條氏康這個活化石級別的武士，對源義時的決策幫助非常大，北條家原有的相模國十五萬石領地也在不斷的立功恩賞增長到二十五萬石，源義時決定給他豐后國四十五萬石，恩賞增長二十萬石。
這些數字是這半年里奉行眾親自去九州測量開墾出來的土地、未開墾的荒地灘涂。再綜合開墾難度、土壤質量。以及歷年的氣候、收成得出來的準確數字。在越后關東開發新田十幾年，這點眼力還是有的。
增長超過二十萬石的只有這些，再往下就是佐竹義重轉封陸奧國會津郡三十萬石，這里原是蘆名盛氏的領地。開發度很高也非常富庶，算起來佐竹義重的領地也增長十五萬石左右，這是一個非常理想的數字。
武田信繁是白旗之亂期間的降將，得到的恩賞卻非常有意思，源義時讓他帶著甲斐武士轉封到安蕓國二十五萬石，看起來這個毛利元就起家的地方石高也不比甲斐高多少，實際上只需要開發一下就可以增長到三十萬石。
憑借長長的海岸線以及豐富的漁業資源，還有最重要的溫暖濕潤的氣候，可以確保武田家在這里過的非常舒適。以后甲斐的土鱉武士再也不用抱怨山窩窩里太窮，這日子沒法過嚷嚷著要出去打拼造反。
中條時秀領地在大和國北部十五萬石，柿崎景家得到南近江十萬石，齋藤朝信的領地在和泉國十萬石，瀧川時益的領地則在北近江十萬石。島時勝回到大和國平群谷十萬石，大河內國綱在若狹國九萬石。
細川藤孝在河內國得到十五萬石，松井友閑在南近江十萬石，松井正之和他弟弟做伴得到五萬石，伊奈忠家攝津國五萬石，三井虎高在遠江獲得五萬石，蜷川親長、大館晴忠、柳沢元政皆以三萬石得賞，大河內國綱在西三河五萬石，其従弟大河內秀綱也在老家西三河五萬石。
本多時正在東三河獲封十萬石，其弟本多正重在甲斐也有三萬石，渡邊守綱、內藤正成、加藤教明、皆獲得八萬石，作為資歷老能力出色，但沒有獨當一面能力的武士，這個石高還算一個讓人滿意的數字。
北畠顕房是公卿身份，被源義時抬家格入羽林家，只不過他的俸祿是從幕府拿的，在元龜三年升敘正三位権中納言，作為幕府體系多年任官的公卿，他的石高別表另算享受美濃國十萬石的特殊待遇。
織田信忠作為源義時的女婿，且又是西軍總大將織田信長的遺孤，收攏織田家舊臣的作用和意義非常大，源義時給他尾張國半國二十萬石領地，算的上給織田信長一個完整的交代，自己并沒有虧待他的孩子。
伊達輝宗這些年功勞也有一些，只不過當年站錯隊領地被減封過一次，這次只是轉封到出羽國莊內領二十萬石作為恩賞，他的親戚蘆名盛氏及其子蘆名盛隆沒有立下多少功績，當年又站錯隊減封過一次，這次被轉封到米澤十八萬石。
結城晴朝轉封到陸奧國福島五萬石，小山秀綱轉封到二本松五萬石，大掾貞國轉封南信濃伊那郡五萬石，其親族一門也轉封到信濃等地，經過幕府允許著武藏千葉氏家督千葉宗，把嫡子過繼給下総千葉氏家督千葉富為嗣子，兩家合并舉族轉封到南信濃諏訪郡、筑摩郡十萬石。
立花道雪轉封到薩摩國五萬石，高橋紹運轉封到大隅國三萬石，鍋島直茂轉封日向國五萬石，大友家、龍造寺家、相良家、秋月家等愿意降服幕府的遺臣皆轉封到南九州薩摩、大隅兩國，源義時對這兩國的分割非常的細碎，絕對不給他們一家獨大的機會，當然也不會給他們合縱連橫的機會。
而薩摩、大隅兩國領主的島津家則得到極大的褒獎，被轉封到肥前國六十萬石，比起薩摩、大隅兩國窮苦之地。雨水充沛土壤肥沃且有發達的貿易港口，這個肥前國簡直是島津家夢寐以求的家園，以后薩摩武士也不用在抱怨自家日子過的艱難。
明智光秀得到北近江小谷城附近的三郡，原屬于淺井長政的領地，這塊領地足有二十萬石，作為這些年一直通風報信暗自協助幕府的獎賞，源義時還特別準許他恢復土岐氏的苗字，并拜認土岐賴蕓作為養父，把老人家接到小谷城安度晚年。
說起來也挺有趣，當年明智光秀的祖父把女兒嫁給齋藤道三做正室。他的父親和叔叔支持齋藤道三趕走宗家土岐賴蕓。時隔四十年一番輪回又回到原點。明智光秀把他父親和叔叔趕走的土岐賴蕓迎過來作為養父，自己也改苗字土岐賴秀以替宗家傳承家業，真不知道明智光秀見到年老多病的土岐賴蕓時，會如何評價三十年前的風風雨雨。
轉封到這里還沒算完。轉封的重頭戲這才剛剛開始，不過他并沒有急著完成所有轉封，而是利用整整一年的時間不斷的調整轉封策略，給予各地國人領主安堵本領的文書，保證只要他們不觸犯幕府的底線，不會行減封改易之令。
在京都忙碌一整年，直到元龜三年（1571年）春天，天皇與中宮源輝子誕下第一皇子和仁親王的時候，他才意識到已經在京都呆了整整一年。準備帶著家卷返回江戶，又被寺社眾的安置牽絆著短時間脫不開身。
幕府眾與畿內各寺的高僧爭吵不休，為一點一滴的利益可以興致勃勃的辯論幾個月，哪怕脾氣再好也受不了，源義時就很生氣地說道：“余的意志表達的很明確。寺社眾豢養僧兵是治世的頑疾，山法師困擾朝廷幕府近千年，就連白河院這樣的雄主也無可奈何，余決不會允許寺社豢養僧兵，任何名義上的都不允許。”
北畠顕房也很不高興，這幾個月里不是就幕府轉封的方案爭吵，就是聽這些大和尚爭吵，那么多事情沒做完就是被這些自詡高僧的家伙拖住，陰著臉說道：“公方殿下的諭令爾等也不聽嗎？不要忘記你們是跳出紅塵外不在五行中的方外之人，要那么多僧兵又豈會是沒有私心，護院有幕府官軍，要他們有何用？”
來自畿內各方的僧眾閉口不語，沒過片刻根來寺的僧團便抗議道：“護院僧兵可以不要，但是寺產是絕對不能削減的，紀州藩主真田幸隆帶著幕府官軍強占我根來寺的寺領，迫害我僧徒坊官其罪當誅，請公方殿下為我等做主！”
源義時冷哼一聲道：“這個問題余已經解釋過很多遍了，在這里最后重申一遍！幕府法令規定寺院不得惡意蓄產，由幕府寺社奉行虎哉宗乙大師管理僧籍僧錄，根據各寺的寺丁撥付糧食、燈油、佛香、緇衣、麻鞋，寺社之中為逝者做水路法事、開光灌頂、化緣、舉辦法會、經營墓園等事物，這些收入足夠讓爾等豐衣足食不愁度日艱難，爾等切勿為貪圖那些村莊寄進的領地而自誤！”
一眾僧眾看到幕府將軍的面色不愉，座下大將個個殺氣騰騰，頓時想起這位將軍可不是以前那些軟弱的征夷大將軍，他坐下那些個武士全是關東殺出來的可怕武士，一個眼神就能把人嚇的兩腿發軟，舉起太刀能讓猛士轉身逃跑，如地獄里的修羅夜叉讓人驚懼。
幕府將軍說最后一次重申，對他的家臣來說就一定是某種暗示，下一次說不定這些武士就舉起手中的太刀砍殺他們，萬一腦袋搬家豈不是虧到血本全無，畢竟腦袋是吃飯的家什，腦袋搬家再貪圖那些便宜也就沒意義了。
源義時深吸一口氣，說道：“這些領地是幕府的而不是屬于你們的！考慮到近畿各寺的特殊情況，余再給你們一年的時間，從今日起計算日期直至來年春天截止，在幕府奉行官的指引下把所有寺產交出來，期限內完成的寺社將既往不咎，超過期限也不用來找余下哭訴，等待你們的只有幕府的官軍清剿，何去何從爾等自己掂量吧！”