因為NERV的各支部紛紛被攻占，那8臺無人駕駛的Eva量聲機很快就陸續就停止了行動，地下都市中的戰斗并沒有持續太長時間。
在“原劇情”《Eva新劇場版》的“原劇情”中是沒有Eva量產機出場的，可是楚軒在獲得了赤木律子的所有記憶之后，對于主要是為了用在量產機上的“Dummysystem””始終保持著警惕，并且提前就聯絡好了幫手。
可是……
楚軒找來的這些幫手在戰斗結束之后，卻又紛紛將槍口對準了楚軒。
·一這并非是螳螂捕蟬，黃雀在后的陰謀，只不過是因為楚軒剛才的詭異行徑，讓拉克絲克萊茵不得不對他保持著一定的戒心，基拉等人只不過是在執行命令罷了。
不過基拉他們也對楚軒現在的形態產生了警惕，畢竟楚軒現在變成了一個巨人，而且構成他的身體的材料還是eva動號機和第十使徒！
“相良中士，請你聯系泰莎上校，將聯合研究所的4號實驗室頂棚打開。”
成為了巨人的楚軒很懂“規矩”，沒有做出什么容易引起誤會的動——·因為他根本就一動不動，只是“小聲”地開口向相良中士提出了一個和現在的狀況好像完全風馬牛不相及的請求。
不過，只要泰莎進到了口號實驗室之中就會明白的，因為在占地巨大的４號實驗室里，有一臺天頂晏人專用的轉換設備，可以讓天頂星人在巨人形態與人類形態之間來回轉換。
“楚軒，你現在還保有自己的意識嗎？這個巨人已經被你完全控制了嗎？”
駕駛著無限正義高達的阿斯蘭好像接到了拉克絲的指示，主動從駕駛艙里走了出來，“試圖”面對面地和楚軒進行對話，但其它幾臺高達卻仍然沒有移開對準了楚軒的槍口，果然粉紅切開里面都是黑的。
“不用擔心，這個巨人就是我本人。”
我只不過是變成了類似天頂星人的生命體，在４號實驗室里有一臺我改造的轉換設備，應該能順利地將這個身體重新變回人類。”
盡管楚軒已經降低了音量，但他一說起話來卻依然好像滾滾的雷聲似的，不過阿斯蘭卻沒有任何不適應，因為在人類對抗星際異蟲的小行星帶前線，他也曾和許多變成巨人形態的天頂星人戰士并肩作戰過。
接下來，楚軒先是請泰莎解救了被冷凍隔離的黑貓，又請她保護好綾波麗的“備用身體”，然后進入他自行改造過的轉換設備中，在巨大的罐子里泡了將近150天，才終于重新變回了人類的形態。
—原本天頂星人的轉換設備中是沒有液體的，楚軒所制造的液體其實有著他所改良的巨人化病毒技術和基因強化調整技術，使他成為了理論是最完美的“新巨人類“，今后可以不使用轉換設備，自由地在人類形態和巨人形態中轉換。
eva絕非“神”或“神的使者”，如果將《死海文書》看作一本某個外星種族在“荒涼的偏遠星球”··地球上研發生物戰斗兵器的實驗記錄的話，那么人類被認定為最后一個使徒“李林”，就可以解讀成人類是那個外星種族所制造的最為成功的生物戰斗兵器。
那么接下來呢？
接下來那個外星種族將人類之前的各種不成功的生物戰斗兵器——即“使徒”封存了起來，留下了一部分已經制造出來的人類和自愿留在這里進行后續觀察任務的外星人，并帶著人類的基因信息這種成功的“產品”離開了。
留在地球上的外星人寫下了隱晦地記錄了一切的《死海文書》——其中還有再次喚醒過去封存在地球上或地球附近的宇宙空間中的“使徒”的方法，以及某個“嶄新的想法”。
而離開地球的外星人則將人類的基因帶回他們的戰爭前線，并用其制造出了天頂星人，和數量眾多的星際異蟲進行了長達上萬年的戰斗。
—在被林明美的歌聲“打敗”之前，天頂星人是一種男女分開，只知道戰斗的種族，但他們和人類的基因卻是完全相同的，只不過在無性繁殖之后又利用天頂星科技變成了巨人而已，這絕不是用“巧合”就能夠解釋的。
如果楚軒的推測沒錯的話，那個正體不明的外星種族應該就是《星際爭霸》劇情中的“薩爾那加”，不光是使徒、人類和天頂星人，甚至連尚未出現的“星靈”和正在宇宙中肆虐的“星際異蟲”也都是他們制造的生物戰斗兵器。
只不過后來星際異蟲泛濫到連他們自己都無法收拾了，所以他們不得不在勉力抵擋著星際異蟲的侵襲的同時，再制造出一個繁殖能力足夠強大（相對星靈而言），智力又足夠高的生物戰斗兵器——人類來。
但即使如此，薩爾那加人最后還是滅亡或逃跑了倘若薩爾那加人獲勝了的話，那么地球人類和天頂星人不可能再沒有獲得過任何有關薩爾那加人的消息，被留在地球上的薩爾那加觀察員也不必在壽命將盡前留下《死海文書》了。
當楚軒從轉換設備中出來的時候，季節已經從夏天變成了冬天，BERV和SEELE的事情全都被聯合國與萊茵哈特皇帝解決了，楚軒完全沒有插手——也壓根就輪不到他插手。
將保存在他身體內的綾波麗靈魂完整地轉移到了一具“備用身體”中之后，楚軒帶著黑貓和綾波麗去探視了已經被軟禁了將近半年，始終一言不發的綻源堂。
在一座環境清幽的別墅里，楚軒與舒舒服服地被軟禁在這里的硅源堂見面了，除了臉上的肉多了一些之外，看上去和之前沒什么兩樣的碇源堂在見到楚軒……或者說見到綾波麗之后，終于開口問道：
“你想從我這里知道什么？”
“只不過是想確定一下‘真相’罷了。”
楚軒面無表情地推了下反光的眼鏡，淡淡地對他說道：
“生曰想要實現留下《死海文書》的那個制造了所有使徒——也包括‘李林’的外星種族記錄在最后的那個‘嶄新的想法”將所有追悔莫及的‘李林’重新聚合成一體，以‘集體’的方式獲得戰勝異蟲的強大力量，至不濟也可以不停地逃跑。
而你則在其中作了點手腳，打算讓自己的兒子成為這個‘集體’的主導意識甚至唯一意識是這樣沒錯吧？”
說到這里，楚軒停頓了一下，然后盯著疑源堂那張木頭的臉十分鄭重地問道：
“你所做的一切，都是為了讓表面上漠不關心的兒子‘成神”沒錯吧？”
綻源堂沉默了一會兒，然后用低沉而平靜的聲音說了聲“你走吧”，然后就再也不肯開口了。
起身離去的楚軒打開了會談室的房門，眼睛里泛著淚光的綻真嗣就站在門外，但綻源堂好像卻一點也不覺得驚訝，或許他早就察覺到了楚軒的真正用意。
“爸合…謝謝你。”
站在門口遠遠地望著父親的碇真嗣雖然很想沖進來，但他直到最后也沒有穿過那扇門，只是扶著門框哽咽地向父親道了聲謝。
“嘩…”
即使兒子已經知道了的良苦用心，但綻源堂仍舊沒有表現出什么鐵漢柔情來，輕哼了一聲之后便不再搭理哭哭啼啼的兒子了，不過認識了楚軒這么久的縫真嗣想必早已經習慣了這種面癱眼鏡男的存在。
楚軒拍了拍仍然一邊流淚一邊微笑著凝望父親的綻真嗣的肩膀，然后帶著黑貓和綾波麗離開了這個房間，當他經過在走廊里溫柔地注視著碇真嗣的霧島真名和渚薰的時候，小聲地對他們說道：
“你們的身份問題已經解決了，今后好自為之。”
“謝謝…”