宣布勝利，并不意味著此戰中暴露出來的問題就過去了。尤其是楊國昌等老軍官在對待航空作戰上的失誤，最后時刻面對數倍日機時的不冷靜，引發海軍內部的強烈地震。在艦隊回到基隆的當夜，23艦隊司令楊國昌，參謀長林若盛均被解職，隨后被調往海軍大學，雖然沒有降級，但也意味著兩人的海軍一線生涯到此結束。同時臺灣海軍守備司令，參謀等十幾名高級軍官也被解職。四川號更是接受到開戰以來的最嚴厲處罰，因為在吃到四枚魚雷和五枚炸彈后，四川號本來還有希望挽救，但損管卻出現嚴重疏漏，在夜晚風浪加大后沒有采取加固措施，導致航母翻覆，所以包括艦長、負責損失管理的軍官等二十五人被逮捕送交軍事法庭。
與世界各國海軍一樣，民國海軍也有戰列艦派和航母派，甚至因為當年的青島海戰，還多出了潛艇派。但琉球海戰后，戰列艦派和潛艇派都意識到航母成為主力已經不可阻擋，于是一批年富力強的新生代航空派軍官開始嶄露頭角。針對飛行員匯報，閃電明明技術占優，但大家卻很不適應的問題，海軍也積極應對。在統計后發現，此次損失絕大部分都是因為不熟悉日軍的作戰方式和零式戰斗機超強的小半徑盤旋能力，很多飛行員都用對付西線蘇聯空軍的方法去打靈活性很強的零戰，而一直被用于模擬零戰的厲風在盤旋和垂直能力上都不如機體更輕的零戰，所以第二天海軍部就下發調令，將章鵬、雷少保和劉宇等幾名優秀飛行員調回海軍航空兵學院，向大家傳授對付零戰和日本軍艦的方法。
“不能推遲關島戰役！”
面對海軍希望將偷襲關島的時間推遲的想法，楊秋狠狠地一拍桌子：“不就丟了一艘航母嗎？就把你陳紹寬嚇死了？山本五十六才幾艘航母？有什么擔心的。本土和東南沿海的安全不用你操心。我只要關島。馬里亞納和西南太平洋！就算全打光，也要拿下來！”
總統府內，楊秋的臉色也不好，這番怒火與其說是教訓海軍，不如說一大半是在說自己。因為現在想來，其實不應該派23艦隊執行琉球海戰的任務，就算留下鳳翔和瑞風號，兩艘輕型航母也不會構成多大威脅。陳紹寬和海軍其實是代他受過。因為派23艦隊去是他決定的，海軍只是盡職的執行總統的作戰計劃。才使得23艦隊兩艘航母一死一傷，也導致偷襲關島的計劃將缺失了重要空中力量。這也是典型地外行指揮內行的戰役，因為他除了知道航母是未來霸主外，連航母起降怎么安排都不懂，更別提零式戰斗機的弱點這些專業問題了。
陳紹寬被罵后臉色鐵青。垂頭坐在邊上不說話。王正廷在楊秋身邊時間最長，看出他其實是自責，只是這種場合下還是要照顧總統的面子，所以主動插嘴緩和氣氛：“厚甫，你也別生氣，總統要是不支持你們海軍，早幾年就不會擠出牙縫撥款造那么多軍艦。”見到陳紹寬臉色稍有緩和。他繼續問道：“對了，我記得36年海軍計劃時就開工四艘遼寧級，38年補充計劃補充六艘，去年對蘇宣戰后又增加六艘。怎么一點周旋余地都沒有呢？”
“36年的四艘我們是按照常規建造速度要求船廠的，速度慢卻可以節約成本。前四艘中，遼寧號在印度洋艦隊，二號艦安東號已經交付第二艦隊開始海試。三號廣東和四號廣西的舾裝都接近完工。”陳紹寬介紹道：“38年的六艘建造速度比較快，但大部分也都才下水舾裝。開戰后的六艘有半數還沒鋪龍骨呢，所以我手里現在只有五艘能打的艦隊航母和四艘護航航母。印度艦隊的三艘不能動，那是準備打安達曼群島和緬甸用的，還要策應波斯灣、防止德意進軍蘇伊士運河。第一艦隊的兩艘北海已經去基隆，第二艦隊的安東號還沒形成戰斗力。除這些外，第二批六艘護航航母已經改造過半，最快月底就能交付一艘。不過護航航母速度慢，就算現在出發去也要十天后才能到關島......。”
聽完介紹后，文職官員才明白，海軍不是缺航母，而是恰好處于一個空檔期。畢竟從1936年至今，就已經有十幾艘艦隊航母陸續開工，所以陳紹寬才想將關島戰役推遲到十月。空軍司令賀寧想想說道：“厚甫，我有個想法。遼寧號服役至今也沒聽說有什么設計缺陷和故障，你不如立刻結束海試，將貴州號的第六航空大隊調上去。這樣既能把安東號立刻拉出來，也能確保戰斗力。再把四川號的第五航空大隊加強給兩艘護航航母，湊三艘先去支援關島。只要機場拿下來，我立刻派兩個天權大隊支援你。天權的航程應該可以穩住整個群島的形勢，對海進攻也可以用轟炸機和俯沖機配合。只要守到年底，你也有七八艘航母可以用了。”
賀寧的話提醒了大家，顧維鈞也獻計獻策：“賀寧這個辦法好，我看廣東和廣西號也可以縮短海試，要是還不夠，干脆把一些不重要的舾裝任務停掉，確保先服役，后面有時間再慢慢裝。”
“是啊，厚甫。戰時就別扣得那么緊。你看我們，交付的坦克都冒著黃油味，連發動機試車都沒做過，還不是照打不誤。”
眾人的建議中，岳鵬也輕輕咳嗽兩聲，打斷道：“我同意總統的意見，關島不能推遲！根據最新的情報，羅斯福提出的租借法案已經進入國會審核程序，從反饋看美國國會和民眾對參戰抱有懷疑，但對英法卻有相當大的同情，所以三周后的參議院全體會議上通過的可能性很大！一旦通過這部法案，美國參戰的道路也就基本鋪平，羅斯福肯定會在十月連任后正式參戰！所以這是我們控制西南太平洋的最后機會，必須在十月前將關島和馬里亞納群島拿在手里，戰后才能取得托管權，切斷威克島至菲律賓的航線。只有這樣，才能確保美國參戰后履行美菲保護協議，以菲律賓為跳板長期的插手西南太平洋！”
在座的誰不知道，戰爭只是表象，背后各大國的角逐才是關鍵。歐戰一舉奠定英法二十年的超級大國地位，隨著中美蘇德的崛起，世界已經到了重新劃分的時刻。即使是盟友，誰不是留著幾個心眼，恨不能拉對方墊背。現在的關島和馬里亞納還不是美國領土，所以趁美國參戰前控制，就等于切斷了從夏威夷至菲律賓的航線，如果能從日本手中搶到拉包爾、所羅門和新幾內亞，就可以宣布除澳大利亞外的西南太平洋全部成為民國內海，到時就就算美國回國菲律賓，也起不到遏制作用，因為民國可以隨時切斷美菲的海上聯系。
所以回到海軍部后，陳紹寬還是接受了楊秋的想法，連夜召開會議，決定將海試的安東號航母立即編入現役，同時調第五航空大隊前往，以便迅速形成戰斗力、還派軍代表去船廠，一定要趕在年底前將廣東和廣西號兩艘航母完工。而38年初開造的第二批六艘遼寧級也被排到最優先位置，所需資源全部開綠燈，確保最早在明年初陸續服役，最后還啟動了第三批六艘護航航母的改裝工作。
盡管琉球海戰余波還在擴散，但西南太平洋的戰云并未散去，相反戰鼓還越來越密集。海軍已經意識到，必須再來一場海上大決戰。所以在琉球海戰結束當夜，第二艦隊兩艘將軍級護航航母離開湛江接替23艦隊馳援關島，同時三都澳的安東號也在第二天清早急追而。第一艦隊兩艘北海級航母進駐基隆，同時北京號和南京號戰列艦被調往第二艦隊接替兩艘安海，增調三個岸基海航大隊進駐臺灣、婆羅洲和納土納。在兩艘航母一死一傷的情況下，僅用一天一夜時間，民國海軍又在西南太平洋云集起七艘航母，1000余架海軍戰機。加上空軍，從納土納到臺灣的西南太平洋，總部署戰機數量超過2000架，這還沒算上海以北沿海的海空力量。
面對中國海軍咄咄逼人的態勢，日本聯合艦隊總司令山本五十六卻頭疼無比。雖然源田實的計劃取得效果，但還是被三艘主力艦逃走，而且飛行員的損失相當大！從羽地內海到結束，一個白天日本海軍就損失約130名有經驗的精銳飛行員。誰都知道，飛機好造，飛行員難養。尤其是日本海軍的精兵政策，更導致海航飛行員奇缺，讓他空有航母卻無法進攻。不過他也和民國一樣，立即致電東京，要求立即建造更多航母和飛機。
就在他到處想辦法籌措飛機和航母時，卻不知道夜襲和琉球海戰僅僅是整個中國海軍突襲計劃的一部分，更大的災難還在等待著他和日本。
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