今天第二更，求推薦，求訂閱！
當黑珍珠號躍出海面，重回現實世界的時候，爭執卻又再次來到。
巴博薩、伊莉莎白斯旺、杰克斯派洛、威爾特納四個人互相用火槍指著對方，試圖通過談判來達成自己的目的。
巴博薩希望杰克斯派洛前往沉船灣參加海盜王的聚會，而杰克斯派洛卻不希望參加一群海盜的聚會，他只希望離這些紛爭遠遠的。伊莉莎白斯旺和威爾特納也希望杰克斯派洛參加，又把矛頭對準了杰克；但是如果不參加聚會，杰克斯派洛又依舊需要受到戴維瓊斯的控制，這也是他不愿意的。
最后，杰克斯派洛第一個扣動了扳機，卻發現，火藥早就被海水浸濕了，根本就無法打火，噴出來的全部都是水，這一場爭斗也十分無趣地就結束了。
當黑珍珠號在一個小島上靠岸補充淡水的時候，卻發現戴維瓊斯的章魚海怪寵物的尸體，這是卡特勒貝克特命令戴維瓊斯做的處決，這也讓杰克斯派洛頗有些兔死狐悲的心情。“世界還是一樣大，只是我們的空間小了。”說出這句話之后，杰克斯派洛也終于決定前往海盜王的聚會，加入抵抗卡特勒貝克特的聯盟。
但是還沒有等杰克斯派洛一行人找到淡水，就發現，他們已經被邵峰的手下控制住了。威爾特納為了得到黑珍珠號，出賣了巴博薩、杰克斯派洛等一行人。杰克斯派洛這才發現，威爾特納是為了救自己的父親才來找自己的，伊莉莎白斯旺則是因為內疚，巴博薩是為了海盜王聚會，甚至沒有一個人是因為思念他才來救他的，這讓杰克斯派洛頗有怨言。
不過杰克斯派洛并沒有太多時間怨天尤人，因為邵峰和卡特勒貝克特也達成了交易。威爾特納以巴博薩、杰克斯派洛一伙人作為交換，與邵峰達成協議。贏得黑珍珠號，卻沒有想到邵峰卻又把他一起出賣給了卡特勒貝克特；同時，邵峰不認為這一群烏合之眾可以打敗飛翔荷蘭人號，所以他站到了卡特勒貝克特的一邊。以這一群人換來黑珍珠號的控制權，但卻沒有想到，卡特勒貝克特控制了所有人之后，直接就毀約，還是帶走了黑珍珠號。
在這種情況下，巴博薩說服邵峰加入海盜王組織，一起對抗卡特勒貝克特。邵峰卻認為卡特勒貝克特有了飛翔荷蘭人號。又有了黑珍珠號，海盜組織根本沒有對抗的資本；而巴博薩則說，他們擁有科莉布索！科莉布索，海洋女神，因為她當年控制了海洋，脾氣暴躁無常，最終導致了當年第一屆海盜工會九大海盜王一起使用咒語將其封印，現在巴博薩就希望重新聚集這一輩的九大海盜王。匯集信物，使用咒語將科莉布索釋放出來，這就可以打敗卡特勒貝克特了。
邵峰同意了這個提案。不過交換條件時，伊莉莎白斯旺必須跟他一起走。其實邵峰認為伊莉莎白斯旺就是封印科莉布索的人類軀體。雖然威爾特納一再反對，但伊莉莎白斯旺卻責備是因為威爾特納的一意孤行讓他們陷入到這個境地，于是同意了這個條件。
另一方面，杰克斯派洛也與卡特勒貝克特達成了協議，他帶著卡特勒貝克特前往沉船灣，并弄清楚所謂的“九枚西班牙銀幣”有什么作用；那么卡特勒貝克特就勒令戴維瓊斯將杰克斯派洛的債務一筆勾銷。
黑珍珠號和邵峰的船隊兵分兩路離開了，卡特勒貝克特追隨黑珍珠號而去，然后派了詹姆斯諾林頓去追邵峰的船隊。
詹姆斯諾林頓帶著飛翔荷蘭人號追上了邵峰船隊之后，發起了攻擊。邵峰意外死亡，在臨死之前，他把自己海盜王的位置傳給了伊莉莎白斯旺，并且把信物交給了伊莉莎白斯旺。而詹姆斯諾林頓也再次和伊莉莎白斯旺相見。
伊莉莎白斯旺還是責備詹姆斯諾林頓沒有保護好自己的父親，于是進入了飛翔荷蘭人號的監獄里。在監獄里，她見到了比爾特納。可是此時的比爾特納已經成為了船體的一部分，記憶幾乎都已經要消失殆盡，也就是為即使威爾特納救出了父親，也已經太遲了，這讓伊莉莎白斯旺頓時感到心力交瘁。
詹姆斯諾林頓私自放走了伊莉莎白斯旺和邵峰的船員們，讓他們回到了邵峰的船隊上。詹姆斯諾林頓表示了自己的歉意，伊莉莎白斯旺要求他一起離開，但卻發現比爾特納發現了他們的逃離，并且試圖預jǐng，于是詹姆斯諾林頓留下來斷后。結果，詹姆斯諾林頓卻被失去記憶的比爾特納所殺，換來了伊莉莎白斯旺等人的逃離。
另外在黑珍珠號上，其實威爾特納也暗中與卡特勒貝克特達成了交易，在之前新加坡與邵峰達成交易時，邵峰就是通過威爾特納與卡特勒貝克特搭上的，只是威爾特納沒有預料到邵峰居然踢開了自己直接和卡特勒貝克特又有協議。此時，威爾特納就將尸體綁在酒桶上，然后扔在海面上，通過尸體吸引海鷗的方式給卡特勒貝克特指明方向。
同樣與卡特勒貝克特達成交易的杰克斯派洛發現了這一點，杰克斯派洛答應，由他來殺死戴維瓊斯，掌控飛翔荷蘭人號，給予比爾特納zìyóu，然后威爾特納不僅拯救了父親，又可以和伊莉莎白斯旺在一起，而杰克斯派洛則可以成為永遠在海上漂泊。達成了協議之后，杰克斯派洛就把威爾特納扔下了海，讓威爾特納直接去與卡特勒貝克特匯合，而他則繼續留在黑珍珠號上。
當黑珍珠號抵達沉船灣的時候，提亞朵瑪試圖離開，卻被巴博薩留了下來，原來女巫提亞朵瑪就是科莉布索，而當年與戴維瓊斯相愛的也就是她。只是，科莉布索當年失去了控制。戴維瓊斯也不知道科莉布索到底是不是真的愛自己，無奈之下，才聯合了其他八名海盜王，封印了已經喪失理智的科莉布索。
而科莉布索――也就是提亞朵瑪愿意去拯救杰克斯派洛。也就是因為，當初九名海盜王一起封印了她，要接觸封印也必須有九名海盜王！
很快，世界九大海盜王一起聚集在了沉船灣，他們分別是加勒比海盜王杰克斯派洛，南中國海海盜王伊莉莎白斯旺，里海海盜王巴博薩。印度洋海盜王薩巴吉，黑海海盜王安曼，地中海海盜王歇瓦勒，太平洋海盜王清夫人，大西洋海盜王喬卡德，亞得里亞海海盜王維蘭紐。這久違擁有最強實力的海盜王舉行了一場重要的會議。
在會議上，他們關于是正面迎戰卡特勒貝克特，還是躲在沉船灣這個不可摧毀的堡壘里發生了激烈的爭議；另外關于是否應該釋放科莉布索。九個人也是有不同的意見。無奈之下，他們只能請出了法典。
最后，杰克斯派洛建議根據法典選出一位海盜王。來做出最后的抉擇。各個海盜王都選擇了自己，而杰克斯派洛則出人意料地選擇了伊莉莎白斯旺。于是，伊莉莎白斯旺成為海盜王。
伊莉莎白斯旺主張戰斗，但是出去之后才發現，卡特勒貝克特的船隊實在太過強大，無奈之下只能選擇談判。
海盜一方的代表是伊莉莎白、巴博薩和杰克，另外一方的代表則是貝克特、威爾和戴維。最終，杰克和威爾互相交換，而在杰克離開之前，巴博薩使了計策。將杰克斯派洛封印科莉布索的信物留了下來。隨后，戰爭一觸即發。
杰克斯派洛正如預期，登上了飛翔荷蘭人號，他接下來要做的，就是找到戴維瓊斯的心臟，刺穿。然后取代戴維瓊斯成為飛翔荷蘭人號的船長，然后幫助黑珍珠號調頭去對付卡特勒貝克特。
回到了黑珍珠號上，巴博薩成功地將科莉布索釋放了出來，引發了劇烈的海嘯。在海嘯之中，黑珍珠號和飛翔荷蘭人號展開了激烈的交火。
杰克斯派洛歷經千辛萬苦終于拿到了戴維瓊斯的心臟，但就在他要舉手刺下去之前，戴維瓊斯卻先一刀刺穿了威爾特納的心臟。在這種情況下，杰克斯派洛只能放棄了自己成為不死海盜船長的夢想，手握威爾特納的右手，刺穿了戴維瓊斯的心臟。戴維瓊斯死亡了，而飛翔荷蘭人號也得到了解放，同時，威爾特納則成為了新任的飛翔荷蘭人號船長。
飛翔荷蘭人號在威爾特納的帶領下，與杰克斯派洛的黑珍珠號左右夾擊，一起擊沉了卡特勒貝克特上將的戰艦進取號！卡特勒貝克特在明白事情的經過之后，被震驚了，所有船員都棄船而逃時，他卻留在了船上，在漫天飛舞的木屑之中，他壯烈地被火光所吞沒。
勝利后的威爾特納把心交給了伊莉莎白特納，然后帶著僅剩的比爾特納船員，駕駛著飛翔荷蘭人號重新踏上了旅程。而巴博薩船長則丟下了杰克斯派洛，帶上了黑珍珠號去尋找不老泉，但是他離開之后才發現，航海圖的中間部分全部都被杰克斯派洛挖走了，而被拋棄的杰克斯派洛則帶著神秘海圖駕駛著小帆船，開始了他新的海盜之旅！
在電影結束之后，所有字幕都播放完畢時，還有一個小彩蛋。那就是十年后，伊莉莎白斯旺帶著她和威爾特納的兒子，在夕陽之下，與威爾特納再次相見。十年才能登陸一天，這是何其的艱辛和困難，但卻因為這個對象而變得美好不已！
至此，“加勒比海盜3”落下了帷幕，也為整個海盜三部曲落下了帷幕！