嚴復在上海的主要任務是解決北洋水師與南洋水師的問題，附帶任務是嘗試與江蘇都督王有宏聯絡。
隨著人民黨進軍浙江與廣東，兩地與工農革命軍交手的北洋軍全軍覆沒，兩聲北洋軍呈現大崩潰的局面。鐵桿北洋軍紛紛逃往福建，反倒是在本地征集的北洋軍還嘗試守住城市。
嚴復原本并不太同意何汝杰提出的從海上運兵到福建的計劃，他并不敢完全相信北洋水師的薩鎮冰。海上運兵的確是好辦法，但是這必須建立在能夠保證航道的基礎之上。工農革命軍的海軍別說與日本海軍與英國海軍相比，與現在的北洋水師與南洋水師相比，都是單方面挨打的局面。
一艘船上能運幾千人，在沒有海上掩護的情況下派遣陸軍走海路，萬一薩鎮冰翻臉不肯投降，幾發炮彈過去，這幾千人就很可能全軍覆沒。工農革命軍自建軍到現在，縱橫萬里，打了這么多仗。前前后后戰死的同志也不到五萬。海上運兵一次損失五千人卻是分分鐘鐘的事情。有這五千人，工農革命軍甚至能夠從浙江與福建邊界一路打進福建。以相信薩鎮冰為基礎的軍事計劃風險太大，嚴復自然不肯同意。
作為內應，薩鎮冰的態度越來越積極。嚴復能夠想到自己這位老同學，老戰友的轉變理由。除了浙江諸城市已經被占據之外，工農革命軍已經在9月1日，苦戰兩日攻克了廣東。活捉了包括張人駿在內的大批廣東頭面人物。
整個中國能夠容納北洋艦隊與南洋艦隊能夠前往的非人民黨控制的港口，只剩上海與福建幾個小港口。薩鎮冰原來還說些云天霧地的咸淡話，現在他已經只討論人民黨給與北洋與南洋水師的待遇如何落實。
嚴復也明確表示了人民黨的態度，工農革命軍一定要活捉東南督軍馮國璋。絕對不允許馮國璋逃出國去。為此，薩鎮冰專門派遣何汝杰前來與嚴復交涉此事。
何汝杰提出了薩鎮冰的問題，“為何人民黨能夠放過孫中山，卻不能放過馮國璋？難道是因為孫中山也是革命黨么？”
“這與孫中山什么出身沒有關系。”嚴復果斷的答道，“孫中山到現在的所作所為都是個人行為。他投靠人日本人也好，自立政府也好。在這個時代里面，孫中山和他的追隨者們都是隨波逐流的自己選擇。他們或許許下過很多諾言，欠了不少人的錢，但是那頂多是個民事糾紛。而且就我們所知，孫中山當時許下封官的諾言，那些人是自己肯掏錢。可是馮國璋不同，他參與到412行動中，欠下了無數血債。馮國璋沒有親自殺人，但是他指示很多人屠殺群眾。這就是我們能夠不搭理孫中山，但是絕對不能放過馮國璋的原因。”
何汝杰見嚴復的態度如此堅定，思索了片刻之后，何汝杰終于說了薩鎮冰真正擔心的事情，“嚴先生，這次412里面，水師因為馮督軍的命令，也干了些事情。如果有人要窮追這件事，水師也不可能完全托了干系。卻不知道嚴先生準備怎么對待水師官兵呢？”
“你們親自參與屠殺群眾了？”嚴復問道。
“那當然沒有，不過我們參與運兵的事情是有的。”何汝杰正色答道，北洋與南洋水師都是師承英國，海軍還算是遵循“戴白手套”的騎士作風。因為與陸軍在軍餉待遇，操作武器價格，這些幾乎有天壤之別的具體問題，海軍與陸軍素來格格不入。海軍在海上四處漂泊，經常上艦之后就幾個月下不了，也沒空參與陸軍那些破事。馮國璋指揮的大屠殺和南洋水師海軍并無關系。更不用說412大屠殺的時候，北洋水師整個艦隊還留在天津那邊。
不過薩鎮冰與何汝杰都不是小孩子，所謂欲加之罪何患無辭，更別說人民黨消滅北洋的態度如此堅定。此時因為工農革命軍沒有海軍，不得不對北洋與南洋水師客氣一些，等到接管了軍艦后，工農革命軍翻臉不認人的可能性并非沒有。那時候隨便找個理由就能收拾掉海軍這些人。
嚴復當然能夠理解北洋南洋水師的擔心，眼下的局面發展趨勢，工農革命軍只靠陸軍也能干掉馮國璋。水師根本不可能挽救馮國璋的命運，薩鎮冰與何汝杰都沒有投靠外國人的打算，那么水師也只能考慮投降后自身安全的問題。所以嚴復耐心的說道：“汝杰，我反復說過人民黨的態度，你若是不信的話我也沒有任何辦法。我能保證的是，只要水師沒有參與親自屠殺，只是參與運兵行動。那么我們不會追究水師這個責任。若是把水師聽從馮國璋的軍事調遣當成水師的大罪，汝杰你不覺得這么做很可笑么？”
何汝杰當然能看得出嚴復內心的不耐煩，其實這么絮絮叨叨的說這么多，何汝杰自己也煩了。不過很多問題不是薩鎮冰一個人提出的，北洋與南洋水師的高層已經開過會，在會上達成投奔人民黨的原則性共識，不過每個人都有自己的擔憂，何汝杰作為中間人，不得不把所有問題都給問一遍。聽了嚴復的好多回答可以說是滴水不漏，何汝杰心里面對嚴復這個六十多歲的老頭子也是頗為欽佩的，年輕人也未必能夠拿出這等精力回答這么多問題，何汝杰終于開始詢問自己的疑惑了，“嚴先生，就我個人只想問一個問題。人民黨為什么不選擇對我們秋后算賬？”
“汝杰，我們人民黨的作風是實事求是。北洋水師與南洋水師的官兵們，有投身水師來報國的，有跟我一樣因為家里面窮，只能去上不要錢的南洋水師學堂。最后干了水師這一行的。想來這里面沒有因為想與我們人民黨為敵，這才加入水師的人吧？”
“這自然是沒有。”何汝杰連忙答道。
“那么大家以前加入水師，站到了人民黨對立面上，我們人民黨為什么要秋后算賬呢？這世上沒有這個道理。”嚴復說道。
何汝杰連連點頭，這話的確是堂堂正正。不過何汝杰還沒輕松片刻，嚴復繼續說道：“但是，一旦水師投奔了人民黨，成為工農革命軍的海軍。那么海軍就是人民黨的海軍，就得服從人民黨的章程。我前面說的一年期過渡期，絕對不食言。一年過后，不僅僅是水師的官兵愿意不愿意留在海軍里面繼續干，我們人民黨也會選擇我們認為適合繼續在海軍工作的官兵。這時候絕對不是我們要秋后算賬，而是既然是工農革命軍的海軍，就必須符合工農革命軍的章程。這點還請汝杰想明白，也對水師的官兵說明白。”
何汝杰的心情隨著這句話一下子落入了谷底，北洋與南洋水師的真正想法是能夠像現在一樣壟斷水師，把水師建成這個派系控制的領地。他們當然可以效忠嚴復，效忠人民黨，效忠陳克。不過除了效忠的義務之外，他們不想放棄水師。嚴復的話卻清楚明白的表明了這種想法是不可能實現的。即便是知道嚴復的要求一點都不過分，何汝杰心里面還是覺得頗為沉重。畢竟大家在水師這么多年，被迫離開的話也很是為難。可這種想法實在是難以說出口，最后何汝杰提出了一個要求，“嚴先生，能否將過渡期延長到三年，最少也得兩年半。”
嚴復想了想答道：“兩年半，不能再久了。”
何汝杰心中一陣輕松，一年的過渡期實在是令人不能接受，兩年半的話，情況就大大不同。想離開水師的人也有比較充足的時間給自己謀取后路。
達成了協議后何汝杰等不及離開上海親自回福建向大家回復，他直接通過無線電向薩鎮冰發報，匯報了最新談判的情況。得知嚴復不會對水師實施欲加之罪的處理方法，而且過渡期延長到了兩年半。薩鎮冰經過一天的討論之后，向嚴復傳達了同意起義的決定。當然，這也是有條件的，北洋與南洋水師因為缺乏物資與維修，大部分船只根本無法開動。工農革命軍一旦打到福州和馬尾，水師就會投降。
中央對嚴復傳遞的情報十分高興，立刻指示嚴復馬上把這件事的細節給敲定。現在中國僅存的北洋與南洋水師是非常珍貴的資源，人民黨能夠拿到的話，對于整個國家的海上體系算是一次飛躍性的發展。
所以嚴復除了得到了全權，還得到了很大的自主權。畢竟嚴復是老海軍出身，學生們遍布北洋與南洋水師，這里面的規矩與各種彎彎繞，還是嚴復最清楚。
而嚴復很快就回復了一個驚人的請求，他請求帶領一直小部隊，以及一部分銀元親自到福建薩鎮冰那里。“任何事情都有風險，我已經老了，所學的東西也都全部交給了海軍學院的學生們。馮國璋到了狗急跳墻的時候，肯定會指揮海軍做出什么瘋狂的行為。若是能夠因為我親自到福建去，能夠減少一些海軍的損失，那我愿意冒任何風險。”
這等請求其他同志自然不敢輕易下決定，嚴復不僅是工農革命軍海軍中的元老與締造者之一，也是陳克的老師。雖然大家都認為嚴復的想法很對，此時能夠多保存一艘軍艦，哪怕是一艘小軍艦，也是極大的利益。但是在風險面前，誰也不敢打包票。畢竟沒人愿意說，一艘軍艦的價值比嚴復的性命更重要。
最后陳克還是拍板了，“同意嚴復同志的請求，不過這次告訴福建方面，我們將派遣兩個團的部隊一起從海路抵達福建，請他們做好接應的準備。”
薩鎮冰考慮了一天后，給了回復，“同意嚴先生與兩個團的部隊前往福建。”
1916年9月9日，一艘貨輪和兩艘福建的巡邏艇組成的隊伍從上海啟程開往福建。福建水師方面果然按照原先的計劃，順利接應這批人在福建登陸。
不過到了9月13日，嚴復親自發電報給武漢黨中央，“我部已于12日逮捕了試圖乘船從福建逃跑的馮國璋，部隊已經攻占福州以及福建督軍府，在起義海軍的協助下封鎖了福州港。請求陸軍的同志迅速進軍福州，幫助穩定當地形勢。”