城都聯盟 118.若葉鎮,吹起開始之風的城鎮!
119.投手的菊草葉 120.赫拉克羅斯對抗大甲(小智收服赫拉克羅斯)
121.頓甲之谷122.咕咕跟迷惑森林123.美麗花的戰斗之舞124.線球大搜索線125.布盧的華麗生活126.驚角鹿,幻影森林 127.好勝的菊草葉(小智收服菊草葉)
128.沼王和GS球129.芭瓢蟲之笛130.幸福蛋的快樂護士131.喇叭芽之塔大危機 132.桔梗道館,空中大戰(小智得到飛翼徽章)
133.愛哭鬼瑪力露134.暴走,尾立和波克比 135.再見了噴火龍,直到下一次重逢!(小智的噴火龍離隊)
136.向日花怪會場大恐慌137.菊草葉不高興了 138.毽子草飛跑了!大草原之戰!
139.神秘超級英雄,天蝎人登場140.咩利羊和牧場的少女141.巨鉗螳螂對抗赫拉克羅斯 142.收服火球鼠(小智收服火球鼠)
143.檜皮鎮的呆呆獸之井 144.榛果球與圓柑果實,后山之戰!(小剛收服榛果球)
145.檜皮道館,森林的戰斗場地(小智得到昆蟲徽章)
146.黑暗森林,尋找大蔥鴨 147.果然翁與神奇寶貝交換會(武藏的大舌頭交換到果然翁,小智的肯泰羅歸隊,赫拉克羅斯離隊)
148.杰尼龜隊燃燒斗志!像火一樣(小智的杰尼龜、肯泰羅離隊)
149.好多烏波150.胖丁對抗布盧151.黑暗神奇寶貝,戴魯比 152.小鋸鱷是誰的?小智對抗小霞(小智收服小鋸鱷,小霞的蚊香蝌蚪進化成蚊香蛙)
153.對抗盔甲鳥,鋼翼154.小鋸鱷,跳出愛的舞步 155.抓到漂亮的貓頭夜鷹(小智收服貓頭夜鷹)
156.圈圈熊嚇死人157.麒麟奇,超能力神奇寶貝之村158.占卜大混戰159.滿金道館,速度與力量 160.大.奶罐,復仇之戰(小智得到正式徽章)
161.收訊塔的戰斗,超越時空 162.捕蟲大會在自然公園收服他!
163.胡說樹在哪里?
164.古代神奇寶貝公園阿露福遺跡165.波波屋的傳信波波 166.超音蝠之館危險的迷宮(小剛的超音蝠進化大嘴蝠)
167.柯波朗對抗妙蛙種子格斗大對決168.叢林的三只溫泉戰斗169.金魚王,釣魚戰斗 170.再見了六尾,神奇寶貝選美大賽(小剛的六尾離隊)
171.壺壺對抗喇叭芽172.月精靈黑夜里的戰斗173.安飄蟲超越風之谷174.果然翁之村175.百變怪大師,與伊美蒂重逢176.喵喵跟布盧跟布盧皇177.阿利多斯,忍術戰斗 178.展翅吧,陽陽瑪,飛向明天的天空!
179.皮卡丘與皮丘180.毽子花,草系神奇寶貝的戰斗181.黑魯加跟波克比182.燒焦塔,小松登場 183.圓朱道館,鬼斯戰斗(小智得到魅影徽章)
184.伊布五姐妹,茶會大戰斗185.黑暗鴉,被奪走的徽章186.鐵炮魚的天空187.熊寶寶的秘密188.凍僵的向日種子之迷189.挖這里,小山豬,尋找溫泉190.急凍鳥VS胖丁,暴風雪之中191.風速狗與火之石192.土龍弟弟全都沒了193.果然翁遇難了 194.小剛暈倒?危險的露營事件!
195.大力鱷抵抗水箭龜相撲大戰斗(小智的貓頭夜鷹本集離隊后歸隊,卡比獸本集歸隊后離隊)
196.與神奇寶貝講話神奇寶貝的語言神奇寶貝的心情 197.大嘴蝠對假面女王武藏遺跡之戰(小剛的大嘴蝠進化成叉字蝠)
198.圖圖犬的遺跡旭日中的光輝199.尼多力諾和尼多娜,小剛的玫瑰生活 200.再見了菊草葉,電氣的迷宮(小智的菊草葉進化成月桂葉)
201.月桂葉到哪里去了?在藥草園抓住它!(月桂葉學會泰山壓頂)
202.天然雀的占卜預測未來的神秘203.神奇寶貝氣球大賽越過暴風雨204.迷唇娃迷死人超級巨星喜歡神奇寶貝 205.踏浪追蹤鐵甲暴龍!湖之戰!
206.變隱龍在哪里?看不見的神奇寶貝,大混亂207.討厭水系神奇寶貝的喬伊小姐,小霞的憤怒208.圣母大.奶罐,沙漠的秘密209.光輝燈塔!淺蔥市的戰斗 210.湛藍道館,正面決斗,格斗大對決(小智得到打擊徽章)
211.漩渦列島,新的挑戰!
212.波波與大波波,飛向未曾見過的天空!
213.向大海出發吧,燈籠魚大游行 214.太陽珊瑚好朋友!黃巖島的對決(小霞收服太陽珊瑚)
215.巨翅飛魚跟沉船,神秘神奇寶貝的秘密 216.章魚桶跟鐵炮魚!漩渦列島大賽預賽!
217.漩渦列島大賽,在水的運動場大戰斗!
218.小智對抗小霞,漩渦列島大賽最后的戰斗!
219.保護地鼠的村子,陷阱大作戰 220.銀色之翼的傳說,銀巖島的戰斗!
221.神秘的神奇寶貝!X!
222.被抓走的洛奇亞!
223.與洛奇亞的約定 224.飛吧咕咕號!以淺蔥市為目標!
225.淺蔥市VS大鋼蛇(小智得到鋼鐵徽章)
226.再見妙蛙種子!大木家后院大冒險!(小智的妙蛙種子離隊)
227.太陽精靈與櫻花!再次回到圓朱市!
228.水君與米那基!鳳王的傳說!
229.在神奇寶貝勁速賽中向前沖!(小智得到蛋)
230.名偵探君莎,蛋不見了,大解謎 231.蛋要孵化了(小智的蛋孵化成小小象)
232.火箭隊跟信使鳥233.霧中的九尾234.巴爾郎與空手道王信彥235.天然鳥的大預言236.渡與紅色暴鯉龍237.紅色暴鯉龍的憤怒238.長毛豬與冬天的柳伯 239.卡吉道館,冰之對戰(小智得到冰之徽章)
240.美麗花VS霸王花!草原的和平 241.熔巖蝸牛,用火熱的心來收服!
242.神奇寶貝魔法大變身243.閃電鳥跟水晶,湖的秘密244.雙胞胎的寶寶丁對抗胖丁245.呆呆獸之悟,小智之悟 246.真假大木博士,神奇寶貝川柳對決!
247.皮寶寶跟皮皮跟流星 248.蚊香蛙的進化(小霞的蚊香蛙進化成牛蛙君)
249.競技公園VS水箭龜、噴火龍、妙蛙花250.牛蛙君跟拉拉隊251.冰之洞窟252.小樁與迷你龍253.煙墨道館的龍之牙 254.快龍!逆鱗立起!(小智的噴火龍歸隊)
255.煙墨道館!最后的徽章(卡比獸歸隊,噴火龍離隊,小智得到升龍徽章)
256.道館徽章與小果然翁257.龍宮道館,水中之戰 258.乘龍之歌(小智與乘龍重逢,并被托付一顆蛋)
259.保護神秘蛋!在暴風雨中誕生新生命(蛋孵化成由基拉)
260.炎帝與溫泉的伙伴(小剛的榛果球進化成佛烈托斯)
261.河馬王,王者的信物!
262.奈奈與電擊怪(小次郎的大食花交換到口呆花,口呆花進化成大食花,大食花離隊)
263.加油吧!由基拉264.不可思議的未知圖騰 265.班吉拉與由基拉(由基拉離隊)
266.狃拉與圣火 267.白銀大會!與小茂再度重逢!
268.聯盟預賽!火巖鼠火焰戰斗!
269.大菊花VS妙蛙種子草系神奇寶貝的尊嚴 270.決勝淘汰賽全體戰斗6VS6
271.勁敵對決!水箭龜VS噴火龍!
272.遭遇火焰雞!與葉越的對決!
273.全力戰斗之后!!各人的道路!!(小智止步白銀大會8強)
274.再見和啟程(小剛,小霞離隊,小智的除皮卡丘以外的神奇寶貝都寄放在大木研究所)
275.和皮卡丘的分離