橘子聯盟 82.真新鎮，新的開始（小智的比比鳥進化成比雕，本集結束后離隊）
83.飛行船是不幸船 84.南國神奇寶貝與GS球（小剛離隊）
85.拯救乘龍（小建加入，小智得到乘龍）
86.橘子聯盟夏干道館（小智得到櫻花徽章）
87.消失的神奇寶貝之謎88.水晶大巖蛇89.粉紅神奇寶貝之島90.化石盔化石的秘密91.跳吧！神奇寶貝豪華油輪92.再見可達鴨，又來哥達鴨93.航海的喬伊，破浪前進吧 94.奈普魯道館，雪山之戰（小智得到白浪徽章）
95.大胃王卡比獸，大恐慌（小智收服卡比獸）
96.幽靈船跟幽靈神奇寶貝97.喵喵之島 98.飛天螳螂，戰士的尊嚴（小建收服飛天螳螂）
99.南方之島，全員大集合100.四天王科拿，冰之戰斗101.尼多朗的戀愛故事102.大平原的小磁怪103.地下道的怪物 104.柚子道館類型格斗三比三（小智的杰尼龜學會水炮，小智得到輪寶徽章）
105.皮卡丘對抗喵喵 106.噴火龍，就決定是你了！
107.滅火大戰，杰尼龜對抗卡咪龜 108.燃燒吧！卡比獸！
109.接棒決斗！最后的道館！（小智得到琉璃徽章）
110.鯉魚王進化的秘密 111.蚊香蝌蚪和小霞（小霞得到蚊香蝌蚪）
112.勝利者杯，全員大對決 113.最后戰斗，快龍登場（小智得到橘子聯盟勝利者杯）
114.再見了乘龍（小智的乘龍離隊）
115.頑皮蛋大爆炸 116.真新鎮，我回來了（小剛加入，小建離隊）
117.宿敵對決，小智對抗小茂