商毅回到光州之后，城中又是一遍歡騰。商毅下令一面派人去打探闖軍的動靜，一面在城中休兵，同時又派人向廬州的吳甡報捷。
而謝科和彭瑞得知商家軍又一次打敗了流寇，而且戰果比上一次更大之后，悔得連腸子都青了。要是早知道是這樣，自己當時干嘛要逃呢！就該和商毅一起出兵，到羅川口去迎戰賊軍啊。也能分到一份功勞。
現在弄得到好，雖然在名議上，自己是跟著商毅一起出兵來攻取光州，結果商毅連打了兩次勝仗，都不關自己的事。簡直就是到手的功勞，自己卻又一手給推了出去。而且還把商毅給得罪了，因為兩次自己都畏戰不前，讓商家軍獨自頂在前面。商毅肯定會對自己有意見。
弄到了現在這一步，兩人也覺得沒有臉再去見商毅了，因此只是把人馬又都拉回來，扎在光州城邊，卻不敢進城去。同時兩個人也在心里賭咒發誓，下一仗不管怎么樣，也要跟著商毅出戰。那怕就是李自成帶著百萬大軍來了，只要是商毅說打，那就跟著去打。
商毅當然不管兩人現在是怎么想的。他們不敢來見自己。也樂得輕閑。反正這一仗自已又打勝了，而且這兩人還有臨陣脫逃的罪名，現在所有的道理都在自已這一邊，就算是自己殺了這兩個人，吳甡只怕還會拍手叫好，決不會怪罪自己。
事實上現在商毅正在為另外一件事情頭疼，那就是戰虜怎么處理。
在開戰之前，商毅對各種結果都想到了，但卻偏偏忘了一點，抓到戰虜怎么辦？闖軍的戰斗意志比起清軍來可要差得多，清軍在不利的情況下，就算明知不敵，還會咬牙苦戰，只到戰死為止，極少有主動投降的。因此商毅和清軍打了十幾戰，才抓到不到一千名俘虜，而且其中大部份都是漢軍或包衣，真正的八旗戰兵，那怕是輔兵，一共也不到兩百人。到北京去向崇禎獻俘的時候，還挑了一二十個包衣湊數。
而闖軍就不同，一但不敵，就立刻潰敗，跑脫不了，就會立刻舉手投降。現在才打了三仗，商毅就抓到了兩千多俘虜。這樣的軍隊，也就仗著人多勢眾，打一打腐朽的明軍還可以，一但碰上真正的精銳人馬，跟本就不是對手了。怪不得后來在一片石的激戰中，李自成的二十萬闖軍還干不過清軍和吳三桂不到十萬的聯軍。
但這是后來的問題，現在抓住的俘虜怎么辦？雖然目前的糧草還算充足，足夠支持一個月以上，但只要繼續和李自成開戰，俘虜只會越來越多，這個包袱也只會越背越大。以后就是抓到了萬兒八千的俘虜，那也不是不可能的。那時這個鴨梨可就不小了。
盡管俘虜中大部份都是窮苦百姓出身，但現在就算是分給他們田地，發給種子讓他們耕種，重新在變回百姓，以經是十分困難了。因為在這些百姓以前都屬于生存在社會最底層的一批人，縣里、鄉里、村里、只要是有一點身份地位的人，誰都可以欺負他們，踩上幾腳。
但參加了造反之后，一切就都變了，農民軍每打下一處地方，當地的富豪、官宦，那怕是皇親國戚，這些以前高高在上，跟本都不會拿正眼看看百姓們的大人物，也會跪伏在從前自己看不起的百姓的腳下，痛哭流涕，苦苦求饒。生死全都掌握在他們手里，百姓可以享受以前從享受的美酒佳肴，可以搶奪大人物的財尸，大人物的女人，肆意的報復。而這一切都是造反帶給他們的。
在以經償到了反叛的甜頭之后，那怕這種甜頭是以生命為代價的，但仍然是有著很強的吸引力。要想讓他們再回鄉去種地，重過挨饑受凍的那種不死不活的生活，恐怕是難上加難了。說白了就是心玩野了，就難以再收回來了。除非是把李自成和張獻忠馬上都滅掉，或者對這些俘虜進行一段時間的強制改造，才能徹底的讓他們死心塌地的再當農民。不過這樣是要花費大量的時間和精力，說句實話，還真就只有把他們全殺光成本最底。
商毅這才能夠理解，怪不得洪承疇也好，孫傳庭也好，在平叛的時候，都曾經大規模的屠殺過農民軍的俘虜，甚致是降卒。這里面確實是有一部份是迫不得已的因素。
但商毅從小所受的教育，和他長大以后形成的人生觀都決定了，他不可能釆用全殺光戰俘的這種極端手段。如果是對滿淸軍，或許他還能下得了這個狠心，但農民軍和滿淸畢竟不同，他們中間的絕大多數都是因為活不下去了，才走上了造反的道路，把他們推上這一步的，是這個社會，這個大明朝廷。
同時商毅還有一個打算，就是想從俘虜中招集一部份補充到商家軍的隊伍中來，擴大兵源。這種做法在歷史上經常可見，漢光武帝劉繡就曾招降過赤眉軍，而唐太宗李世民也招收過瓦崗軍。因此商毅寧可走一條路更為艱難的道路，那就是強制改造。
強制改造首先就要對俘虜們有震懾力，同時也不是對所有人都效，有一部人過去本身就是無業游民、地痞無賴，甚致是兵痞出身，怎樣改造也是改造不好了。
因此商毅首先下令，對受傷的俘虜進行治療，這也是對俘虜們作出一個姿態，表示商家軍不會殺光他們，否則也就沒有必要給他們治療了。
而接下來，就是要把俘虜中的各級軍官都找出來，因為能在闖軍中出任軍官的，基本就是造反心最徹底的一批人，而且他們在俘虜中還有一定的號招力，也是最不穩定的因素，因此必須把他們除掉，不僅是淸除不安定因素,而且也是殺一敬百。而找出軍官的辦法到也簡單，就是讓俘虜們互相揭發舉報。而且舉報者有獎，不僅可以單獨關押，不用怕被別人報復，同時將每餐的伙食也從三兩飯提升到四兩飯。
事實證明，中國人的窩里斗絕對是有歷史傳統的。這個命令一經頒布，在第一天就有五個俘虜進行了舉報，一共舉報出七名軍官，有一個俘虜就舉報了三個人。其中居然還有一個右英武將軍，混在俘虜里有幾天了，可是一條不小的魚。
而就在當天，這五個人就被提走，另行關押，但吃飯還是在一起，而其他俘虜也都能看見，這五個人碗里的飯明顯比自己的要多。由其是那個舉報了三人的俘虜，商毅當看眾俘虜的面，將一大塊三四兩重的肉放在他的碗里。作為特殊獎勵。雖然只是一塊馬肉，但對連續幾天都只能吃個半飽的俘虜來說，卻絲毫也不亞于一份美食，那名俘虜也吃得津津有味。也看得其他人饞涎欲滴。
有了這五個人的例子，舉報活動一下子就變得涌躍了起來，第二天居然有二十七人檢舉，一共舉報出四十二個大小將領，有一個俘虜舉報最多，一個人舉報了六個。還有兩個本身就是頭目，居然也跳出來舉報別人，結果自己反而被其他人給舉報了出來。而被舉報出來的闖軍將領也知道自已怕是兇多吉少了，因此也不能便宜別人，把一些還沒被舉報出來的將領也給揪了出來。結果只用了三天的功夫，就舉報出了六十三名大小將領。
就在第四天，商毅下令，將這六十三名大小將領，當著所有俘虜的面，全都斬首。也給這些俘虜一個巨大的震懾力。
隨后，商毅向俘虜公布了俘虜的紀律，大原則有四條：一是絕對服從命令，不許有任何違抗；二是不許逃跑，老老實實接受勞動改造；三是禁止俘虜之間互相打斗。四是如果在改造期間，表現良好，可以得到一定的獎勵，甚致有可能被釋放，并分給田地耕種。而其他細則，一共有十三條。
具體的辦法是積分制，每個俘虜毎天參加固定的勞動工作，都會得到五分的積分，但飯食都將在積分中扣除，一餐要扣除一分，當然如果想吃肉、喝酒，也能用積分來換取，包括一些生活用品，毛巾、杯子、碗、衣服，床被也都能用積分來換取。如果是商家軍安排不用參加勞動工作，毎天也可以獲得兩分的積分。但如果是因為自己生病，或其他事情請假未能參加勞動，將沒有積分，一但積分被扣光了，那就沒有飯吃，只能餓死。
另外如果違返規定的紀律，相應都會扣除不等的積分。而如果俘虜有特殊表現，也會獲得額外的積分做為獎勵。比如這次檢舉軍官，毎舉報了一名，就可以獲得十分的獎勵，那名一口氣舉報了六名軍官的俘虜也就一下子獲得了六十分的獎勵。同時將俘虜的積分分為五個檔次，每個檔次都能享受一些不同的優惠侍遇，并且在以后的編組分隊，將由積分靠前的人出任組長隊長。
而最后一點，也重要的一點就是，如果有人積滿了三千分，就可以獲得釋放，并發給十畝田地耕種。