時間，又回到了公元4157年。新人類經過歷經十年慘烈的天堂之路戰役，終于艱難地來到了他們向往已久的夢想地——阿爾法宇宙，并在這里休養生息。
轉眼間，一千五百年過去了。
正當新人類元氣漸復，憧憬著新宇宙美好未來的時候，他們卻驚恐地發現，巨大的蟲洞已經再次開啟……從無盡的黑暗中駛來的，正是人類揮之不去，如影隨形并延續了千年的噩夢，令人戰栗的機器人大軍。
既然這是兩個種族都無法擺脫的宿命，那就戰吧！正當雙方撕殺得如火如荼之時，在人跡罕至的阿爾法宇宙南方星域，另一股神秘的勢力正在悄然崛起。天人族，這個逐漸被遺忘的掌握了心靈力量的神秘種族，在深淵中掙扎了近千年以后，終于慢慢覺醒。百年來，他們通過超級屏障冷眼旁觀著新人類和機器人的戰爭。現在，屏障已經被打破，是巧合，還是命運？他們無從回答。因為，他們無奈的發現自己已經被卷入戰爭的旋渦。
在沉寂萬年之后，阿爾法宇宙即將迎來一場暴風驟雨……;